| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 26,303,425 – 26,303,545 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.705512 |
| Location | 26,303,425 – 26,303,545 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.22 |
| Mean single sequence MFE | -56.70 |
| Consensus MFE | -33.83 |
| Energy contribution | -34.12 |
| Covariance contribution | 0.29 |
| Combinations/Pair | 1.46 |
| Mean z-score | -1.89 |
| Structure conservation index | 0.60 |
| SVM decision value | 0.36 |
| SVM RNA-class probability | 0.705512 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 26303425 120 - 27905053 UUUGUAGAUCUCCAAGCGCCUUUCCAGCUGCAGCUGCUCGUGGUGGGCGGCGUUCCGGGGCGUUGAGUGCGCCAAUCGCGGAGGCGGCUGCAUCUUCCUGGGCGUGGUCAGGAGCUCGUG ......((.((((..((((((....((.((((((((((((((((.(((((((((....)))))......)))).))))))..)))))))))).))....)))))).....)))).))... ( -54.50) >DroVir_CAF1 33068 120 - 1 UUGGUAGAGCUGCAGGCGACGCUCGCGCUGCAGCUGCUCGUGGUGGGCCGCAUUGCGGGGCGUGGAAUGUGCCAGACGCGGUGGUGGUUGCAUUUUGCGGGGUGUGGUGAGCAGUUCGUG ......(((((((..((.((((((.(((((((((..((.((((....))))((((((.((((.......))))...))))))))..))))))....))))))))).))..)))))))... ( -57.90) >DroPse_CAF1 29137 120 - 1 CUGGUAGAGCUGCAGGCGGCGCUCCAGCUGCAGCUGCUCGUGGUGGGCGGCGUUGCGGGGCGUGGAGUGGGCCAGCCGCGGGGGCGGCUGCAUCUUCCGAGGCGUGGUGAGGAGCUCGUG ......(((((.(..((.((((..(((.((((((((((((((((((.(.((.(..((...))..).)).).))).)))))..)))))))))).))...)..)))).))..).)))))... ( -59.50) >DroGri_CAF1 30963 120 - 1 CUGGUAGAGCUGCAGGCGACGCUCGCGCUGCAGCUGCUCGUGGUGAGCGGCAUUGCGGGGCGUGGAGUGUGCGAGACGCGGUGGUGGUUGCAUUUUGCGCGGCGUCGACAGCAGCUCGUG ......(((((((...((((((((((.((((((((((((.....)))))))..))))).)))......((((((((.((((......)))).)))))))))))))))...)))))))... ( -63.70) >DroMoj_CAF1 36338 120 - 1 CUGGUAGAGCUGUAGCUGACGCUCGCGUAGCAGCUGCUCGUGGUGGGCAGCGUUGCGCGGCGUCGAAUGGGCUAGGCGCGGUGGUGGUUGCAUUUUGCGGGGUGUGGUAAGCAGCUCGUG ......(((((((...((((((.((((((((.(((((((.....))))))))))))))))))))).....((((.((.(.((((((....))))..)).).)).))))..)))))))... ( -58.30) >DroAna_CAF1 31303 120 - 1 CUGGUAGAUUUGCAACUUGCGCUCCAGCUGCAACUGCUCCAGGUGGGCGGCAUUUCGGGGCGUGGAAUGGGCCAGCCUCGGUGGAGGUUGCAUUUUUCUUGGGGUGACCAGAAGCUCAUG (.((.(((..((((((((.(((....(((((.(((......)))..)))))....((((((.(((......)))))))))))).))))))))..))))).)((....))........... ( -46.30) >consensus CUGGUAGAGCUGCAGGCGACGCUCCAGCUGCAGCUGCUCGUGGUGGGCGGCAUUGCGGGGCGUGGAAUGGGCCAGACGCGGUGGUGGUUGCAUUUUGCGGGGCGUGGUCAGCAGCUCGUG ......(((((((...(.((((.(.((.(((((((((((.....))))..(((((((((((.........)))..))))))))..))))))).....)).))))).)...)))))))... (-33.83 = -34.12 + 0.29)
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