Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 26,249,892 – 26,250,007 |
Length | 115 |
Max. P | 0.827272 |
Location | 26,249,892 – 26,250,007 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 73.70 |
Mean single sequence MFE | -36.53 |
Consensus MFE | -19.53 |
Energy contribution | -20.37 |
Covariance contribution | 0.84 |
Combinations/Pair | 1.45 |
Mean z-score | -1.77 |
Structure conservation index | 0.53 |
SVM decision value | 0.70 |
SVM RNA-class probability | 0.827272 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 26249892 115 - 27905053 GAGCAGCUUCACGUUCUUGUAGUGCGGCUCGAUGCUGUGCUUGCAUAGGAUGCACUGCUGGGGGUCCUUUUCAUAGGGAUUCUUUAUGUCGAUCGGCAGAUCCAAGUCGGACGAC----- ...((((....(((((((((((..((((.....))))..).)))).))))))....))))(((((((((.....)))))))))....((((.(((((........))))).))))----- ( -43.20) >DroVir_CAF1 397 120 - 1 CAGUAGCUUCACGUUCUUGUAGUGCGGUGUUAUGUUGUGCUUGCACAAUAUGCACAGCUGACGAUCCUUUUUAUAGGGAUUUGCUAUGUCUAUCGGUUCGUCCGGGUUUGCUGCCGUCAA (((((((((.(((..((.((((.(((((((.((((((((....))))))))))))(((....(((((((.....))))))).))).))))))).))..)))..))).))))))....... ( -35.90) >DroGri_CAF1 512 112 - 1 UAGCAGCUUCACAUUCUUGUAGUGCGGCACAAUGUUGUGCUUGCACAAGAUGCACUCCUGGCGAUCCUUCUCGAAGGGAUUCGCCAUUUCGAUCGGUUCGUCAGAUUCUGCU-------- .((((((.(((((....))).((((((((((....))))).)))))..)).))....(((((((.((...((((((((.....)).))))))..)).)))))))....))))-------- ( -40.80) >DroEre_CAF1 147 115 - 1 AAGCAGCUUCACGUUCUUGUAGUGCGGCUCGAUGCCGUGCUUGCACAGGAUGCACUGCUGGGGUUCCUUUUCAUAUGGAUUCGUUAUGUCAAUUGGAAAAUCCGAGUCGCUUGAU----- ((((.......(((((((((((..((((.....))))..).)))).))))))....(((.(((((((..((.((((((.....)))))).))..)))..)))).))).))))...----- ( -36.30) >DroWil_CAF1 177 114 - 1 CAGCAAUUUCACAUUCUUGUAAUGAGGAUGGAUGUUGUGCUUGCACAGUAUACACUGUUGCGGAUCCUUUUGAAAGGGAUUUGUUAUGUCAAUUGGUUCAUCCGGAUUGC-UGUU----- (((((((((.(((....))).....((((((((((((.((..(((((((....)))).)))((((((((.....)))))))).....))))))..)))))))))))))))-))..----- ( -35.30) >DroAna_CAF1 72 112 - 1 CAGCAGCUUAACAUUUUUGUAGUGUGGGGCAAUGUUGUGCUUGCACAAGAUACACUUCUGAGGAUCCUUUUCGUAAGGAUUCGUAAUGUCAAUUGGUAAAUCCGAAUCC---GGC----- (((..(((..(((((.....)))))..))).((.(((((....))))).))......))).((((((((.....))))))))..........((((.....))))....---...----- ( -27.70) >consensus CAGCAGCUUCACAUUCUUGUAGUGCGGCUCGAUGUUGUGCUUGCACAAGAUGCACUGCUGGGGAUCCUUUUCAUAGGGAUUCGUUAUGUCAAUCGGUACAUCCGAGUCGG_UGAC_____ ...((((....(((((((((((..((((.....))))..).)))).))))))....)))).((((((((.....))))))))..........((((.....))))............... (-19.53 = -20.37 + 0.84)
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