Locus 9845

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 26,197,401 – 26,197,517
Length 116
Max. P 0.964600
window15716

overview

Window 6

Location 26,197,401 – 26,197,517
Length 116
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.71
Mean single sequence MFE -34.95
Consensus MFE -30.02
Energy contribution -29.75
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.36
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 1.57
SVM RNA-class probability 0.964600
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26197401 116 + 27905053
CAAAGUUGAA--AUGGCAAACUGAUCGAUAAUU-AUCGAUUGGCGUCGAUAGGCAAGCAGAGUCUGAGGACCACACCACGAAUUCUGUUCGAUCCAUAGUUUCAGCCCAACUUUGCUUC
((((((((..--..((((((((((((((...((-((((((....))))))))....(((((((.((.((......)).)).)))))))))))))...)))))..))))))))))).... ( -36.20)
>DroSec_CAF1 179101 116 + 1
CAAAGUUGAA--AUGGCAAACUGAUCGAUAAUU-AUCGAUUGGCGUUGAUAGGCAAGCAGAGUCUGAGAACCACUCCACGAAUUCUGUUCGAUCCAUAGUUUCAGCCCAACUUUGCUUC
((((((((..--..((((((((((((((...((-((((((....))))))))....((((((((.(((.....)))...).)))))))))))))...)))))..))))))))))).... ( -31.70)
>DroSim_CAF1 185072 116 + 1
CAAAGUUGAA--AUGGCAAACUGAUCGAUAAUU-AUCGAUUGGCGUCGAUAGGCAAGCAGAGUCUGAGGACCACACCACGAAUUCUGUUCGAUCCAUAGUUUCAGCCCAACUUUGCUUC
((((((((..--..((((((((((((((...((-((((((....))))))))....(((((((.((.((......)).)).)))))))))))))...)))))..))))))))))).... ( -36.20)
>DroEre_CAF1 189128 116 + 1
CAAAGUUGAA--AUGGCAAACUGAUCGAUAAUU-AUCGAUUGGCGUCGAUAGGCAAGCAGAGUCUGAGGACCACACCACGCAUUCUGUUCGAUCCAUAGUUUCAGCCCAACUUUGCUUC
((((((((..--..((((((((((((((...((-((((((....))))))))....(((((((.((.((......)).)).)))))))))))))...)))))..))))))))))).... ( -36.20)
>DroYak_CAF1 189963 116 + 1
CAAAGUUGAA--AUGGCAAACUGAUCGAUAAUU-AUCGAUUGGCGUCGAUAGACAAGCAGAGUCUGAGGACCACACCACGCAUUCUGUUCGAUCCAUAGUUUCAGCCCAACUUUGCUUC
((((((((..--..((((((((((((((...((-((((((....))))))))....(((((((.((.((......)).)).)))))))))))))...)))))..))))))))))).... ( -36.20)
>DroAna_CAF1 190169 116 + 1
CAAAGUUGAUUGGAGGAAGAGUGAUCGAUAACCGGUCGAUAG--GUCGAUAGGCAGGCAGAGUCUGAGGAACACAUCGC-AAUUCUGUUCGAUCCAUAGUUUCAGCCCAACUUUGCUUC
((((((((...((..((((...((((((...((.(((((...--.))))).))...(((((((.(((........))).-.))))))))))))).....))))..)))))))))).... ( -33.20)
>consensus
CAAAGUUGAA__AUGGCAAACUGAUCGAUAAUU_AUCGAUUGGCGUCGAUAGGCAAGCAGAGUCUGAGGACCACACCACGAAUUCUGUUCGAUCCAUAGUUUCAGCCCAACUUUGCUUC
((((((((......((((((((((((((...((.((((((....)))))).))...(((((((.((.((......)).)).)))))))))))))...)))))..))))))))))).... (-30.02 = -29.75 +  -0.27)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:43:24 2006