Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 26,185,677 – 26,185,779 |
Length | 102 |
Max. P | 0.587804 |
Location | 26,185,677 – 26,185,779 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.21 |
Mean single sequence MFE | -32.48 |
Consensus MFE | -24.89 |
Energy contribution | -24.83 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -1.26 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.587804 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 26185677 102 + 27905053 CCUCCUU-------ACAUUUCCAGGUUAAAUACGAGGGACGCACUCUCUACUUGACCUGUGUUUGCAUGAGCUGCCUGGACGGAACCUCCAGCAGCCGGGCCAUCAACU .......-------.......((((((((.((.(((((.....))))))).))))))))((...((.((.(((((.((((.(....)))))))))))).))...))... ( -32.50) >DroVir_CAF1 232518 105 + 1 --CUUUCAU--ACCCUCCUUCCAGGUCAAAUACGAGGGACGCAUGCUCUACUUGACCUGUGUGUGCAUGAGCUGCCUGGAUGGCACCUCCAGCAGUCGUGUCAUCAGCU --.......--..........((((((((.((.(((.(.....).))))).)))))))).(((.((((((.((((.((((.(....))))))))))))))))))..... ( -32.10) >DroPse_CAF1 180232 97 + 1 CC------------UCCCUUGCAGGUCAAAUACGAGGGACGCACGCUCUACUUGACCUCUGUGUGCAUGAGCUGCCUGGACGGAACCUCCAGCAGUCGCCUCAUCAGCU ..------------(((((((...........))))))).((((((..............))))))(((((((((.((((.(....)))))))))....)))))..... ( -30.44) >DroGri_CAF1 217111 106 + 1 CCACCUUUC--UCU-GCCUUGCAGGUUAAGCACGAGGGACGCAUGCUUUACUUGACCUGUGUGUGCAUGAGCUGCCUGGAUGGCACCUCCAGCAGUCGUGUCAUCAGCU .........--...-((...((((((((((...((((........)))).))))))))))(((.((((((.((((.((((.(....))))))))))))))))))..)). ( -33.80) >DroMoj_CAF1 241136 105 + 1 --UUCUUGU--UCUCCCAUUCCAGGUCAAAUACGAGGGACGCAUGCUCUAUUUGACCUGCGUAUGCAUGAGCUGCCUGGAUGGCACCUCCAGCUGUCGUGUCAUCAGCU --.....((--((...(((.((((((((((((.(((.(.....).)))))))))))))).).)))...)))).((...((((((((..(.....)..)))))))).)). ( -35.60) >DroPer_CAF1 182148 106 + 1 CCUCUCUCCCC---UCCCUUGCAGGUCAAAUACGAGGGACGCACGCUCUACUUGACCUCUGUGUGCAUGAGCUGCCUGGACGGAACCUCCAGCAGUCGCCUCAUCAGCU ...........---(((((((...........))))))).((((((..............))))))(((((((((.((((.(....)))))))))....)))))..... ( -30.44) >consensus CCUCCUU_______CCCCUUCCAGGUCAAAUACGAGGGACGCACGCUCUACUUGACCUGUGUGUGCAUGAGCUGCCUGGACGGAACCUCCAGCAGUCGUGUCAUCAGCU .....................((((((((.((.(((.(.....).))))).)))))))).((.((.(((((((((.((((.(....))))))))))....)))))))). (-24.89 = -24.83 + -0.05)
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