Locus 9808

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	26,073,659 – 26,073,783
Length	124
Max. P	0.975801

overview

Window 3

Location	26,073,659 – 26,073,764
Length	105
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.61
Mean single sequence MFE	-31.36
Consensus MFE	-29.90
Energy contribution	-29.90
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.20
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	0.07
SVM RNA-class probability	0.568988
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26073659 105 + 27905053
AUGAGGAAAAAAAAGUAAU---------AUUAAC---CUGACAGCGGUGGGAUUCGAACCCACGCCCUUUCGGACUGGUGCCUAAAACCAGCGCCUUAGACCGCUCGGCCACGCUGC
.(.(((.............---------.....)---)).)((((((((((.......)))))(((....(((.(((((((.........)))))..)).)))...)))..))))). ( -29.97)
>DroVir_CAF1 96107 112 + 1
ACCAGGAAAAAA--AAAAUAGAAAGCAUCUCAAC---UUGACAGCGGUGGGAUUCGAACCCACGCCCUUUCGGACUGGUGCCUAAAACCAGCGCCUUAGACCGCUCGGCCACGCUGC
............--....................---....((((((((((.......)))))(((....(((.(((((((.........)))))..)).)))...)))..))))). ( -29.90)
>DroPse_CAF1 70170 105 + 1
UCGAAGCAAAAAAUCUCUU---------UCGUUU---CUGACAGCGGUGGGAUUCGAACCCACGCCCUUUCGGACUGGUGCCUAAAACCAGCGCCUUAGACCGCUCGGCCACGCUGC
..(((((.(((......))---------).))))---)...((((((((((.......)))))(((....(((.(((((((.........)))))..)).)))...)))..))))). ( -33.60)
>DroGri_CAF1 82581 100 + 1
ACCA---AAAAU-AAACUUGUAAA-------------CUGACAGCGGUGGGAUUCGAACCCACGCCCUUUCGGACUGGUGCCUAAAACCAGCGCCUUAGACCGCUCGGCCACGCUGC
....---.....-...........-------------....((((((((((.......)))))(((....(((.(((((((.........)))))..)).)))...)))..))))). ( -29.90)
>DroAna_CAF1 74876 104 + 1
ACAAA--AAAUGUAAGGAU-----------AAACCCACUGACAGCGGUGGGAUUCGAACCCACGCCCUUUCGGACUGGUGCCUAAAACCAGCGCCUUAGACCGCUCGGCCACGCUGC
.....--........((..-----------....)).....((((((((((.......)))))(((....(((.(((((((.........)))))..)).)))...)))..))))). ( -31.20)
>DroPer_CAF1 72847 105 + 1
UCGAAGCAAAAAAUCUCUU---------UCGUUU---CUGACAGCGGUGGGAUUCGAACCCACGCCCUUUCGGACUGGUGCCUAAAACCAGCGCCUUAGACCGCUCGGCCACGCUGC
..(((((.(((......))---------).))))---)...((((((((((.......)))))(((....(((.(((((((.........)))))..)).)))...)))..))))). ( -33.60)
>consensus
ACGAAG_AAAAAAAAUCAU___________GAAC___CUGACAGCGGUGGGAUUCGAACCCACGCCCUUUCGGACUGGUGCCUAAAACCAGCGCCUUAGACCGCUCGGCCACGCUGC
.........................................((((((((((.......)))))(((....(((.(((((((.........)))))..)).)))...)))..))))). (-29.90 = -29.90 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	26,073,659 – 26,073,764
Length	105
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.61
Mean single sequence MFE	-41.85
Consensus MFE	-39.60
Energy contribution	-39.60
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.28
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	1.76
SVM RNA-class probability	0.975801
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26073659 105 - 27905053
GCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAG---GUUAAU---------AUUACUUUUUUUUCCUCAU
(((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).)))))).((---(..((.---------.........))..)))... ( -40.10)
>DroVir_CAF1 96107 112 - 1
GCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAA---GUUGAGAUGCUUUCUAUUUU--UUUUUUCCUGGU
(((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).)))))).((---((......))))........--............ ( -40.40)
>DroPse_CAF1 70170 105 - 1
GCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAG---AAACGA---------AAGAGAUUUUUUGCUUCGA
(((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).))))))..(---((.(((---------(((....)))))).))).. ( -43.50)
>DroGri_CAF1 82581 100 - 1
GCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAG-------------UUUACAAGUUU-AUUUU---UGGU
(((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).))))))...-------------....((((...-...))---)).. ( -40.70)
>DroAna_CAF1 74876 104 - 1
GCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAGUGGGUUU-----------AUCCUUACAUUU--UUUGU
(((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).))))))..(((((...-----------...)))))....--..... ( -42.90)
>DroPer_CAF1 72847 105 - 1
GCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAG---AAACGA---------AAGAGAUUUUUUGCUUCGA
(((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).))))))..(---((.(((---------(((....)))))).))).. ( -43.50)
>consensus
GCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAG___GUUC___________AAGAUUUUUUUU_CUUCGU
(((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).))))))........................................ (-39.60 = -39.60 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	26,073,684 – 26,073,783
Length	99
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.32
Mean single sequence MFE	-48.02
Consensus MFE	-43.38
Energy contribution	-43.38
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.75
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.74
SVM RNA-class probability	0.975140
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26073684 99 - 27905053
---------------------CGCUUGGCGCCUCAUUGCGGCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAG
---------------------.((.(((....)))..))((((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).))))))).. ( -45.10)
>DroVir_CAF1 96139 117 - 1
UAGAGUUGUGUGUCUGAAAUCGGGCAGGCGUCA---UAUGGCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAA
....(.(((.((((((....)))))).))).).---..(((((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).)))))))). ( -55.40)
>DroGri_CAF1 82601 117 - 1
UUAAGUUGUAUGCCAGAAAAUAGGACGGCGCCA---UACGGCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAG
.......................(((((((((.---...))).(.((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))))))))))).. ( -47.90)
>DroWil_CAF1 87306 94 - 1
-----------------------CAUGGCGACA---CAAGGCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAA
-----------------------..((....))---...((((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).))))))).. ( -44.10)
>DroMoj_CAF1 93273 117 - 1
GAAAGUUGUGGGCUUGAAAUCACAUUGCCGCCA---UAUGGCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAA
((.(((.(((((.(((((..(((..(((((((.---...)))(((((((((....))))....))))).......))))...((((....)))))))..)))))..))))).))).)).. ( -52.10)
>DroAna_CAF1 74900 86 - 1
---------------------CA-------------UGCGGCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAG
---------------------..-------------...((((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).))))))).. ( -43.50)
>consensus
_____________________AGCAUGGCGCCA___UACGGCAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUUAGGCACCAGUCCGAAAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGUCAA
.......................................((((((((((.(((((.(((((((((....))))))))).(((((((....)))).))))))))....))).))))))).. (-43.38 = -43.38 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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