Locus 9784

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 25,960,090 – 25,960,187
Length 97
Max. P 0.849707
window15627

overview

Window 7

Location 25,960,090 – 25,960,187
Length 97
Sequences 6
Columns 97
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.73
Mean single sequence MFE -39.76
Consensus MFE -24.33
Energy contribution -25.42
Covariance contribution 1.09
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.849707
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25960090 97 + 27905053
GGCUUUUAGUACCUCCGCCGUAACACCACCCACAGUGGGUCGGUUCUGGUCCAUGGUGGGGAUGGUGUGGUGGUUCCGAUGAUACGGGAAUCGCUGG
(((...........(((((...(((((((((((.((((..((....))..)))).)))))..)))))))))))(((((......)))))...))).. ( -41.00)
>DroSec_CAF1 12258 97 + 1
GGCUUUUAGUACCUCCGCCGUAACACCACCCACAGUGGGUCGGUUCUGGUCCAUGGUGGGAAUGGUGUGGUGGUUCCGAUGAUAUGGGAAUCGCUGG
(((.............)))...(((((((((((.((((..((....))..)))).)))))..))))))(((((((((.((...)).))))))))).. ( -41.52)
>DroSim_CAF1 12248 97 + 1
GGCUUUUAGUACCUCCGCCGUAACACCACCCACAGUGGGUCGGUUCUGGUCCAUGGUGGGAAUGGUGUGGUGGUUCCGAUGAUAUGGGAAUCGCUGG
(((.............)))...(((((((((((.((((..((....))..)))).)))))..))))))(((((((((.((...)).))))))))).. ( -41.52)
>DroEre_CAF1 10221 97 + 1
GGUUUUUAGAACCUCCGCCGUCACACCACCCACAGUGGGUCGGUUCUGAUCCAUGGUGGCGGUGGUAUGGUGGUUCCGCUGAUAUGGGAGCCGCUGG
(((((...))))).((((((((((..........((((((((....)))))))).))))))))))...(((((((((.(......)))))))))).. ( -44.10)
>DroYak_CAF1 10305 97 + 1
GGUUUUUAGCACCUCCGCCGUCACACCACCCACAGUGGGUCGGUUGUGAUCCAUGGUGCGGAUGGUAUGCUGGCUGCGAUGAAAUGGGAGGCGCUGG
......((((.(((((((((.((.(((((((((.((((((((....)))))))).))).)).)))).)).))))..((......))))))).)))). ( -42.00)
>DroAna_CAF1 13260 94 + 1
CCCCUUCACCACAUCCACCGUCAACCCUCCAACGGUGGGCUGGUUCAUGUCCAUGGUGGUGCU---CCAGUGGUACUGGUUCUUUAGUGGUUGCCGC
......((((((.((((((((..........)))))))).(((.......)))..))))))..---...(((((((((.(.....).))).)))))) ( -28.40)
>consensus
GGCUUUUAGUACCUCCGCCGUAACACCACCCACAGUGGGUCGGUUCUGGUCCAUGGUGGGGAUGGUGUGGUGGUUCCGAUGAUAUGGGAAUCGCUGG
......((((....(((((((...(((((((((.((((((((....)))))))).)))))..)))))))))))(((((......)))))...)))). (-24.33 = -25.42 +   1.09)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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