Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 25,946,966 – 25,947,067 |
Length | 101 |
Max. P | 0.807096 |
Location | 25,946,966 – 25,947,067 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.80 |
Mean single sequence MFE | -29.20 |
Consensus MFE | -21.62 |
Energy contribution | -21.02 |
Covariance contribution | -0.61 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -3.40 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 0.64 |
SVM RNA-class probability | 0.807096 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 25946966 101 + 27905053 AAAAUGUUCAUAGUUUUU--UGCUGGAAGGCUCAAACAAGUUUUUUGGUGAUGGUUGUAUUCUGGUUUAUAACUUUCAAGCAAAAAUGCUGUGACGAGAAA------AA ....(((.((((((((((--((((((((((((......))))))))..(((.(((((((........))))))).))))))))))).))))))))).....------.. ( -27.10) >DroPse_CAF1 77142 101 + 1 AAAAUGUUCAUAGCUUUUGCUGCUCGAAGGCUCGAAGAGGUU-UUUGGUGAUGGUUGUAGUUGUUUUUAUGACUUUCAAGCUCAAAAGCUGUGGCGA-AAA------AA ....(((.(((((((((((..(((((((((((......))))-)))).(((.(((..(((......)))..))).)))))).)))))))))))))).-...------.. ( -31.60) >DroSec_CAF1 80979 101 + 1 AAAAUGUUCAUAGUUUUU--UGCUGGAAGGCUCAAACAAGUUUUUUGGUGAUGGUUGUAUUCUGUUUUAUAACUUUCAAGCAAAAAUGCUGUGACAACAAA------AA ....(((.((((((((((--((((((((((((......))))))))..(((.(((((((........))))))).))))))))))).))))))))).....------.. ( -27.80) >DroEre_CAF1 81726 101 + 1 AAAAUGUUCAUAGUUUUU--UGCUGGAAGGCUCAAACAAGUUUUUUGGUGAUGGUUGUAUUCUGUUUUAUAACUUUCAAGCAAAAAUGCUGUGACAACAAA------AA ....(((.((((((((((--((((((((((((......))))))))..(((.(((((((........))))))).))))))))))).))))))))).....------.. ( -27.80) >DroAna_CAF1 73517 105 + 1 AAAAUGUUCAUAGUU-UU--UGCUGGAAGGCUCAAACAAGUUU-UUGGUGAUGGUUGUAUUCUUUUUUAUAACUUUCAAGCGCAAAAGCUGUGACGACAAAAAAAAAAA ....(((((((((((-((--(((..(((((((......)))))-))..(((.(((((((........))))))).)))...)))))))))))))..))).......... ( -29.30) >DroPer_CAF1 76087 101 + 1 AAAAUGUUCAUAGCUUUUGCUGCUCGAAGGCUCGAAGAGGUU-UUUGGUGAUGGUUGUAGUUGUUUUUAUGACUUUCAAGCUCAAAAGCUGUGGCGA-AAA------AA ....(((.(((((((((((..(((((((((((......))))-)))).(((.(((..(((......)))..))).)))))).)))))))))))))).-...------.. ( -31.60) >consensus AAAAUGUUCAUAGUUUUU__UGCUGGAAGGCUCAAACAAGUUUUUUGGUGAUGGUUGUAUUCUGUUUUAUAACUUUCAAGCAAAAAAGCUGUGACGACAAA______AA ....(((.((((((.......((..(((((((......)))))))..))((.(((((((........))))))).))..........)))))))))............. (-21.62 = -21.02 + -0.61)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:42:02 2006