Locus 9764

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 25,857,522 – 25,857,642
Length 120
Max. P 0.823059
window15598 window15599

overview

Window 8

Location 25,857,522 – 25,857,642
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.61
Mean single sequence MFE -53.72
Consensus MFE -39.29
Energy contribution -39.97
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.74
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.823059
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25857522 120 + 27905053
CGUGAGCGGGCCGCCAGCUGGCACGUGCAGUGCCAGCGGCAGUGUGUACGGUCCCUCGACUUCGGCCAGCUCCAGCGGCUCAAUAAGCGCCACCGACACACUGCCCCGCAGCUCCACGCU
.(((.(.((((.((..((((((((.....))))))))((((((((((.((((....((.(((.((((.((....))))))....)))))..))))))))))))))..)).))))).))). ( -60.90)
>DroVir_CAF1 13587 120 + 1
CGGGGCUCCGUUGCCAGCUGGAACUUGUAGUGCCAGCGGCAGCGUUUACGGGCCAUCAACGUCAGCUAGCUCCAGUGGCUCCAUCAGUGCCACAGACACACUGCCACGCAGCUCUACACU
.((((((..((((((.(((((.((.....)).)))))))))))(((.(((.........))).))).)))))).(((((.(.....).)))))(((....((((...)))).)))..... ( -45.20)
>DroGri_CAF1 12987 120 + 1
CGGUGCGGUGAUGCCAGCUGGCACAUGUAGUGCCAGCGGCAGUGUUUACGGUCCAUCAACGUCAGCCAGCUCCAGUGGGUCGAUCAGUGCCACAGACACGCUGCCACGCAGCUCCACACU
.((((.((.(.(((..((((((((.....))))))))((((((((...((..((((....((......))....))))..))....((.......))))))))))..))).).)).)))) ( -49.90)
>DroWil_CAF1 839 120 + 1
CGUGACUGGACCGCCAGCUGGUACAUGUAGUGCCAGCGGCAGUGUGUACGGUCCAUCGACAUCGGCUAGUUCAAGUGGAUCUAUCAGUGCCACCGACACACUGCCGCGCAGUUCCACGCU
((((((((...(((..((((((((.....))))))))((((((((((.((((.(((.((.(((.(((......))).)))...)).)))..)))))))))))))))))))))..)))).. ( -55.50)
>DroYak_CAF1 4247 120 + 1
CGUGAGCGGGCCGCCAGCUGGCACGUGCAGUGCCAGCGGCAGUGUGUACGGUCCAUCGACCUCGGCCAGCUCCAGCGGCUCCAUCAGCGCCACCGACACACUGCCACGCAGCUCCACGCU
.(((.(.((((.((..((((((((.....))))))))((((((((((..((((....)))).(((...((....))(((.(.....).))).)))))))))))))..)).))))).))). ( -61.20)
>DroMoj_CAF1 18083 120 + 1
CGGUACAGCGCUGCCAGCCGGCACAUGCAGUGCCAGUGGCAGUGUGUAUGGUCCAUCAACGUCAGCUAGCUCCAGUGGCUCAAUCAGUGCCACCGACACGCUGCCGCGCAGCUCCACAUU
.........(((((.....(((((.....))))).((((((((((((.(((..(..............)..)))(((((.(.....).)))))..)))))))))))))))))........ ( -49.64)
>consensus
CGGGACCGGGCCGCCAGCUGGCACAUGCAGUGCCAGCGGCAGUGUGUACGGUCCAUCAACGUCAGCCAGCUCCAGUGGCUCAAUCAGUGCCACCGACACACUGCCACGCAGCUCCACACU
.........((.((..((((((((.....))))))))((((((((((.((((............((........))(((.(.....).)))))))))))))))))..)).))........ (-39.29 = -39.97 +   0.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 25,857,522 – 25,857,642
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.61
Mean single sequence MFE -56.73
Consensus MFE -43.90
Energy contribution -45.10
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.05
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.46
SVM RNA-class probability 0.743925
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25857522 120 - 27905053
AGCGUGGAGCUGCGGGGCAGUGUGUCGGUGGCGCUUAUUGAGCCGCUGGAGCUGGCCGAAGUCGAGGGACCGUACACACUGCCGCUGGCACUGCACGUGCCAGCUGGCGGCCCGCUCACG
.(.((((.(((((..((((((((((((((..((((..(((.(((((....)).)))))))).))....)))).))))))))))((((((((.....))))))))..))))))))).)... ( -66.50)
>DroVir_CAF1 13587 120 - 1
AGUGUAGAGCUGCGUGGCAGUGUGUCUGUGGCACUGAUGGAGCCACUGGAGCUAGCUGACGUUGAUGGCCCGUAAACGCUGCCGCUGGCACUACAAGUUCCAGCUGGCAACGGAGCCCCG
..(((((.((((.((((((((((....(((((.(.....).))))).((.((((.(.......).))))))....)))))))))))))).))))).(((((....(....)))))).... ( -47.60)
>DroGri_CAF1 12987 120 - 1
AGUGUGGAGCUGCGUGGCAGCGUGUCUGUGGCACUGAUCGACCCACUGGAGCUGGCUGACGUUGAUGGACCGUAAACACUGCCGCUGGCACUACAUGUGCCAGCUGGCAUCACCGCACCG
.((((((.(((((...)))))((((.(((((..(..((((((((((....).))).....)))))))..))))).))))((((((((((((.....)))))))).))))...)))))).. ( -51.40)
>DroWil_CAF1 839 120 - 1
AGCGUGGAACUGCGCGGCAGUGUGUCGGUGGCACUGAUAGAUCCACUUGAACUAGCCGAUGUCGAUGGACCGUACACACUGCCGCUGGCACUACAUGUACCAGCUGGCGGUCCAGUCACG
..(((((.(((((..((((((((((((((((((.((.(((.((.....)).)))..)).)))).....)))).))))))))))(((((.((.....)).)))))..)))))....))))) ( -50.90)
>DroYak_CAF1 4247 120 - 1
AGCGUGGAGCUGCGUGGCAGUGUGUCGGUGGCGCUGAUGGAGCCGCUGGAGCUGGCCGAGGUCGAUGGACCGUACACACUGCCGCUGGCACUGCACGUGCCAGCUGGCGGCCCGCUCACG
.(.((((.(((((..(((((((((((((((((.(.....).)))((....))..)))))((((....))))...)))))))))((((((((.....))))))))..))))))))).)... ( -68.20)
>DroMoj_CAF1 18083 120 - 1
AAUGUGGAGCUGCGCGGCAGCGUGUCGGUGGCACUGAUUGAGCCACUGGAGCUAGCUGACGUUGAUGGACCAUACACACUGCCACUGGCACUGCAUGUGCCGGCUGGCAGCGCUGUACCG
...(((.(((.((((((((((...((((((((.(.....).)))))))).))).)))).)))................(((((((((((((.....))))))).)))))).))).))).. ( -55.80)
>consensus
AGCGUGGAGCUGCGUGGCAGUGUGUCGGUGGCACUGAUGGAGCCACUGGAGCUAGCCGACGUCGAUGGACCGUACACACUGCCGCUGGCACUACAUGUGCCAGCUGGCAGCCCAGUCACG
........(((((..(((((((((((((((((.(.....).)))))))....((((....)))).........))))))))))((((((((.....))))))))..)))))......... (-43.90 = -45.10 +   1.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:41:41 2006