Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 25,833,731 – 25,833,851 |
Length | 120 |
Max. P | 0.665250 |
Location | 25,833,731 – 25,833,851 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.89 |
Mean single sequence MFE | -49.88 |
Consensus MFE | -31.34 |
Energy contribution | -31.18 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -1.78 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.28 |
SVM RNA-class probability | 0.665250 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 25833731 120 - 27905053 CGAUUGGCUGCCCAAGUACCAGUUGAACUUCCUGGCCAUGGAUGUGGUGGCGGGUCUCACCGUGGGCCUCACAGCCGUGCCACAGGCCAUAGCCUACGGAGCUGUGGCCAAUCUGCCACC (((((((.(((....)))))))))).((.(((.......))).))((((((((((......((((....(((....))))))).((((((((((....).))))))))).)))))))))) ( -54.20) >DroPse_CAF1 5381 120 - 1 AGAUUGGCUGCCGAAGUACCAGCUGAACUUUCUUCCGAUGGACAUUGUGGCGGGUCUGACGGUGGGCCUCACGGCUGUGCCGCAGGCCAUAGCCUAUGGGGUGGUGGCCGAUCUGCCCCC ((((((((..(((.....(((.(.(((.....))).).))).(((...(((.((((((.(((((((((....)))).)))))))))))...))).)))...)))..))))))))...... ( -53.10) >DroEre_CAF1 5727 120 - 1 CGAUUGGCUGCCCAAGUACCAGUUGAGCUUCCUGGCCAUGGAUGUGGUGGCGGGUCUCACUGUGGGCCUCACAGCCGUACCACAGGCCAUUGCCUAUGGAGCUGUGGCCAAUCUGCCGCC (((((((.(((....))))))))))((((((..(((.((((.(((((((((((((((......))))))....)))..))))))..)))).)))...))))))(((((......))))). ( -52.90) >DroWil_CAF1 5493 120 - 1 CGGAUGGUUGCCCAAAUAUCAAUUGAAAUAUCUUCUAAUGGACUUCGUGGCCGGAUUGACUGUAGGCCUGACAGCCAUACCCCAAGCCAUAGCCUACGGAGCUGUGGCGAAUCUCCCACC .(((((((((........(((...(((.....)))...)))...(((.((((............)))))))))))))).))....(((((((((....).))))))))............ ( -36.00) >DroAna_CAF1 7868 120 - 1 CGACUGGCUGCCCAAAUACCAGUGGAGCUUCCUGCCCAUGGACCUGGUCGCGGGUCUCACCGUCGGCCUCACAGCCGUACCCCAGGCCAUUGCCUACGGAGCGGUGGCCAACCUCCCCAC .....(((((........(((.(((.((.....))))))))....((((((((......))).)))))...)))))........((((((((((....).)))))))))........... ( -50.00) >DroPer_CAF1 5388 120 - 1 AGAUUGGCUGCCGAAGUACCAGCUGAACUUUCUUCCGAUGGACAUUGUGGCGGGUCUGACGGUGGGCCUCACGGCUGUGCCGCAGGCCAUAGCCUAUGGGGUGGUGGCCGAUCUGCCCCC ((((((((..(((.....(((.(.(((.....))).).))).(((...(((.((((((.(((((((((....)))).)))))))))))...))).)))...)))..))))))))...... ( -53.10) >consensus CGAUUGGCUGCCCAAGUACCAGUUGAACUUCCUGCCCAUGGACAUGGUGGCGGGUCUCACCGUGGGCCUCACAGCCGUACCACAGGCCAUAGCCUACGGAGCGGUGGCCAAUCUGCCCCC .(((((((..(......(((.((((....(((.......))).....)))).)))....((((((((......(((........)))....))))))))....)..)))))))....... (-31.34 = -31.18 + -0.16)
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