Locus 9751

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	25,815,376 – 25,815,535
Length	159
Max. P	0.612977

overview

Window 4

Location	25,815,376 – 25,815,495
Length	119
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.94
Mean single sequence MFE	-49.20
Consensus MFE	-28.49
Energy contribution	-30.22
Covariance contribution	1.73
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-1.68
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	-0.00
SVM RNA-class probability	0.532131
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25815376 119 - 27905053
ACUGGGCAACCAUCUUCGCAGAGCUCGAGCAUUGCAAUCACACACUAUCGGAUUGCUGGCCAAUCCUUGGAGCUGCAGACUGGCCCUGCGAUCUUCUAGAGCGUUUAAAAACUGUGGCA
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>DroVir_CAF1 77198 119 - 1
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>DroPse_CAF1 62570 119 - 1
GUUGGGCAGCCAGCGCCGCAGAGCCCGGGCGUUGCAGUCGCACACGAUGGGAUUGCUGGCCAGACCCUGCAGCUGCAGACUGGCACGGCGAUCCUCCAGAGCAUUGAGGAACUGCGGCA
(((((....)))))(((((((..((((((((((((....))).))...(((((((((((((((...((((....)))).))))).)))))))))).....)).))).))..))))))). ( -60.80)
>DroWil_CAF1 62681 119 - 1
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(((......((((((((((((((.(((((.((.((((((.((......)))))))).))))))))))))).........((((...(.....)..))))))))))..))......))). ( -44.70)
>DroAna_CAF1 61945 119 - 1
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(((((....)))))(((((((.((....)).)))).)))........(((.....)))(((..(((....(((.....))).(((((.((.....))))))).....))).....))). ( -38.60)
>DroPer_CAF1 66067 119 - 1
GUUGGGCAGCCAGCGCCGCAGAGCCCGGGCGUUGCAGUCGCACACGAUGGGAUUGCUGGCCAGACCCUGCAGCUGCAGACUGGCACGGCGAUCCUCCAGAGCAUUGAGGAACUGCGGCA
(((((....)))))(((((((..((((((((((((....))).))...(((((((((((((((...((((....)))).))))).)))))))))).....)).))).))..))))))). ( -60.80)
>consensus
GCUGGGCAGCCAGCGCCGCAGAGCUCGGGCAUUGCAGUCGCACACAAUCGGAUUGCUGGCCAGACCCUGCAGCUGCAGACUGGCACGGCGAUCCUCCAGAGCGUUGAGGAACUGCGGCA
(((((....)))))(((((((.((....))..(((.((.....))....((((((.(((((((...((((....)))).))))).)).))))))......)))........))))))). (-28.49 = -30.22 +   1.73)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	25,815,416 – 25,815,535
Length	119
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.47
Mean single sequence MFE	-52.27
Consensus MFE	-27.76
Energy contribution	-29.68
Covariance contribution	1.92
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-1.72
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	0.16
SVM RNA-class probability	0.612977
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25815416 119 - 27905053
GGUAGGCAGGCGAGGCACAGGUGACAUCCGGCAUACCGGAACUGGGCAACCAUCUUCGCAGAGCUCGAGCAUUGCAAUCACACACUAUCGGAUUGCUGGCCAAUCCUUGGAGCUGCAGA
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>DroVir_CAF1 77238 119 - 1
GAUAGGAUGGUUCGCGGCAGACGAGCUCCGGCAUGCCCGAGCUGGGCAGCCAGCGGCGCAGAGCGCGUGCAUCGCAAUUGCAGUUAAUCGGAUUGCUGGCCAAACCCUGCAGCUGCAGG
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>DroPse_CAF1 62610 119 - 1
GGAAGGCCGGUGCCUGGCAGGUCACAUCGGGCAUCCCCGAGUUGGGCAGCCAGCGCCGCAGAGCCCGGGCGUUGCAGUCGCACACGAUGGGAUUGCUGGCCAGACCCUGCAGCUGCAGA
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>DroWil_CAF1 62721 119 - 1
AAUAGGGCGGCGCUUGGCACCUCAGCUCCGACAUGCCGGAGCUGGGUAGCCAACGUCGCAGGGCUCUGGCAUUGCAGUCGCACACUAUUGGAUUGCUGUCCAGACCCUGCAAUUGUAGA
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>DroAna_CAF1 61985 119 - 1
GGUAUGGUGGGGACUGGCAGGUGACAUCCGGCAUCCCCGAGUUGGGCAACCAACGGCGCAGAGCUCUGGCAUUGCAGUCACACACAAUAGGAUUACUGGCCAGUCCGCGAAGCUGUAAG
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>DroPer_CAF1 66107 119 - 1
GGAAGGCCGGCGCCUGGCAGGUCACAUCGGGCAUCCCCGAGUUGGGCAGCCAGCGCCGCAGAGCCCGGGCGUUGCAGUCGCACACGAUGGGAUUGCUGGCCAGACCCUGCAGCUGCAGA
....(((((((((.((((.(.(((..(((((....)))))..))).).)))))))))((((..((((..((((((....))).))).)))).)))).)))).....((((....)))). ( -58.70)
>consensus
GGUAGGCCGGCGCCUGGCAGGUCACAUCCGGCAUCCCCGAGCUGGGCAGCCAGCGCCGCAGAGCUCGGGCAUUGCAGUCGCACACAAUCGGAUUGCUGGCCAGACCCUGCAGCUGCAGA
....(((((((....(((........(((((....)))))(((((....))))))))((((.((....)).))))...................))))))).....((((....)))). (-27.76 = -29.68 +   1.92)

alignment

secondary structure

dotplot

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