Locus 9735

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	25,754,204 – 25,754,308
Length	104
Max. P	0.925536

overview

Window 2

Location	25,754,204 – 25,754,308
Length	104
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	73.74
Mean single sequence MFE	-32.42
Consensus MFE	-19.18
Energy contribution	-19.66
Covariance contribution	0.47
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.79
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	1.17
SVM RNA-class probability	0.925536
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25754204 104 + 27905053
CAGCUGAUCGACAACACGGUGGCCAGGCAGCGCCACUGCUUGAUGAUCAUCCAGCGGGUCAUCGACAACCACCUGGCCAACAGCCAGCUCUAGAGC----UCU-A--GGGC
..((((((((......))))((((((((((.....))))(((((((((........))))))))).......))))))..))))..(((((((...----.))-)--)))) ( -43.10)
>DroVir_CAF1 25954 91 + 1
CAGCUAAUUGAUAAUACCAUAGCCAGGCAGCGGGAUUGCAUGCGGAUUAUUCAGGUGGUAAUCGAUAAUCAUCUGGCCAACAGUCAGCUUU--------------------
.((((.((((.((......))(((((((((((....))).))).(((((((..(((....))))))))))..)))))...)))).))))..-------------------- ( -22.30)
>DroPse_CAF1 23695 97 + 1
CAGCUGAUCGACAACACUGUGGCCAGGCAGCGGCACUGCAUGAGGAUCAUUCAGGUCGUCAUCGACAAUCAUCUGGCCAAUAGUCAGCUUUAGGGG------------A--
.(((((((..(((....)))((((((((((.....))))((((.((((.....)))).))))..........))))))....))))))).......------------.-- ( -33.70)
>DroMoj_CAF1 23472 109 + 1
CAGCUGAUAGACAAUACUAUAGCCAGGCAAAGGGAUUGCAUGCGCAUCAUACAGGUGGUCAUCGACAAUCACCUGGCCAAUAGCCAGCUCUGAGUAAAGCUAACG--GAAU
...(((.(((....((((..(((..(((....((..(((....))).....((((((((........)))))))).))....))).)))...))))...))).))--)... ( -29.50)
>DroAna_CAF1 27286 103 + 1
CAACUUAUUGAUAAUACGGUGGCCAGGCAGCGGCACUGCAUGGAGAUUAUCCAGGUGGUGAUUAAUAAUCACCUGGCCAAUAGUCAGUUGUAAGCU--------AGAGCAA
((((((((((......))))).(((.((((.....)))).))).(((((((((((((((........)))))))))...)))))))))))...((.--------...)).. ( -32.20)
>DroPer_CAF1 23757 97 + 1
CAGCUGAUCGACAACACUGUGGCCAGGCAGCGGCACUGCAUGAGGAUCAUUCAGGUCGUCAUCGACAAUCAUCUGGCCAAUAGUCAGCUUUAGGGG------------A--
.(((((((..(((....)))((((((((((.....))))((((.((((.....)))).))))..........))))))....))))))).......------------.-- ( -33.70)
>consensus
CAGCUGAUCGACAACACUGUGGCCAGGCAGCGGCACUGCAUGAGGAUCAUUCAGGUGGUCAUCGACAAUCACCUGGCCAAUAGUCAGCUUUAGGGG____________A__
.(((((((...........(((((((((((.....))))..............(((.((.....)).)))..)))))))...)))))))...................... (-19.18 = -19.66 +   0.47)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	25,754,204 – 25,754,308
Length	104
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	73.74
Mean single sequence MFE	-30.24
Consensus MFE	-22.79
Energy contribution	-21.38
Covariance contribution	-1.41
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.02
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.81
SVM RNA-class probability	0.855287
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25754204 104 - 27905053
GCCC--U-AGA----GCUCUAGAGCUGGCUGUUGGCCAGGUGGUUGUCGAUGACCCGCUGGAUGAUCAUCAAGCAGUGGCGCUGCCUGGCCACCGUGUUGUCGAUCAGCUG
((.(--(-((.----...)))).)).(((((.((((((((..((.(((...)))((((((..((.....))..)))))).))..)))))))).((......))..))))). ( -43.00)
>DroVir_CAF1 25954 91 - 1
--------------------AAAGCUGACUGUUGGCCAGAUGAUUAUCGAUUACCACCUGAAUAAUCCGCAUGCAAUCCCGCUGCCUGGCUAUGGUAUUAUCAAUUAGCUG
--------------------..((((((.((.(((((((..((((((((.........)).)))))).(((.((......)))))))))))).........)).)))))). ( -22.90)
>DroPse_CAF1 23695 97 - 1
--U------------CCCCUAAAGCUGACUAUUGGCCAGAUGAUUGUCGAUGACGACCUGAAUGAUCCUCAUGCAGUGCCGCUGCCUGGCCACAGUGUUGUCGAUCAGCUG
--.------------.......((((((..((((((.........))))))(((((((((.(((.....)))((((.....)))).......))).))))))..)))))). ( -28.00)
>DroMoj_CAF1 23472 109 - 1
AUUC--CGUUAGCUUUACUCAGAGCUGGCUAUUGGCCAGGUGAUUGUCGAUGACCACCUGUAUGAUGCGCAUGCAAUCCCUUUGCCUGGCUAUAGUAUUGUCUAUCAGCUG
....--.(((((((((....)))))))))...((((((((..(..(((...)))....((((((.....))))))......)..))))))))................... ( -31.50)
>DroAna_CAF1 27286 103 - 1
UUGCUCU--------AGCUUACAACUGACUAUUGGCCAGGUGAUUAUUAAUCACCACCUGGAUAAUCUCCAUGCAGUGCCGCUGCCUGGCCACCGUAUUAUCAAUAAGUUG
......(--------((((((......((...((((((((((((.....))))))...((((.....)))).((((.....)))).))))))..))........))))))) ( -28.04)
>DroPer_CAF1 23757 97 - 1
--U------------CCCCUAAAGCUGACUAUUGGCCAGAUGAUUGUCGAUGACGACCUGAAUGAUCCUCAUGCAGUGCCGCUGCCUGGCCACAGUGUUGUCGAUCAGCUG
--.------------.......((((((..((((((.........))))))(((((((((.(((.....)))((((.....)))).......))).))))))..)))))). ( -28.00)
>consensus
__U____________CCCCUAAAGCUGACUAUUGGCCAGAUGAUUGUCGAUGACCACCUGAAUGAUCCUCAUGCAGUGCCGCUGCCUGGCCACAGUAUUGUCGAUCAGCUG
......................((((((....(((((((..((((((((.........)).)))))).....((((.....)))))))))))..(......)..)))))). (-22.79 = -21.38 +  -1.41)

alignment

secondary structure

dotplot

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