| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 25,749,914 – 25,750,034 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.628130 |
| Location | 25,749,914 – 25,750,034 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 69.34 |
| Mean single sequence MFE | -44.97 |
| Consensus MFE | -16.81 |
| Energy contribution | -18.35 |
| Covariance contribution | 1.54 |
| Combinations/Pair | 1.45 |
| Mean z-score | -1.81 |
| Structure conservation index | 0.37 |
| SVM decision value | 0.19 |
| SVM RNA-class probability | 0.628130 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 25749914 120 + 27905053 ACGUGCGGGGUACGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGAUGAUGUCGCCACUGCCCACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGGUGCGGAUGCUG .(((((...)))))...(((((.(((((((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))))))).)).((((((.(((((((....)))))))....)).))))...))) ( -49.00) >DroPse_CAF1 16210 120 + 1 ACAUGGGGAGUGCGGAUCAGAGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCACUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAUGUCGUUGCGGUGCACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGGUGCGGAAGCUG ......((..(.((.(((.....(((((((((..(((..(..((((((...))))))..))))..)))))))))(((.((((((((((...)))))))))).)))..))).)).)..)). ( -51.20) >DroSim_CAF1 18126 114 + 1 ACAUGGGGAGUCCUGAUCAGGGCCAAAUCAUGAUCGAGU------CCAACGUAGUGGGGAUAUCUGAUAAAGUUCUCACUGCUGACAGUGUGGCGGAACGCAGGUUCGUUGUAGUUGAUG .(((((.(.(((((....))))))...)))))(((((.(------.(((((((((((((((..........))))))))))).(((..((((......)))).))).)))).).))))). ( -38.30) >DroEre_CAF1 15065 120 + 1 ACGUGCGGGGUGCGGAUCAGAGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGAUGAUGUCGCCACCGCCCACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUACGCAGACUG .....(((..((((((((((...(((((((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))))))).(((.(((((((...)))))))...)))..)))))).))))..))) ( -49.10) >DroAna_CAF1 22018 114 + 1 ACGUGAGGGGUGCGGAUCAAAGAUAUAUCCUGAUCAAGA------CCACGAUAGUCGGGAUACAUGAUAAAGUUCUCCCGGCCGACGGUGUGUCUUAGAGAAGGCUGGUUGUAGUUGGUG .(((.......))).(((((..(((...(((..((((((------((((....(((((((.((........))..))))))).....))).))))).))..))).....)))..))))). ( -31.00) >DroPer_CAF1 19692 120 + 1 ACAUGGGGAGUGCGGAUCAGAGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCACUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAUGUCGUUGCGGUGCACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGGUGCGGAAGCUG ......((..(.((.(((.....(((((((((..(((..(..((((((...))))))..))))..)))))))))(((.((((((((((...)))))))))).)))..))).)).)..)). ( -51.20) >consensus ACAUGGGGAGUGCGGAUCAGAGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCC_CUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGAUGAUGUCGUCACGGCCCACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGGUGCGGAUGCUG ................((((.(.((((.((((((.(((...(((((((......))))))).))).)))))).)))).)......((((((......)))))).))))............ (-16.81 = -18.35 + 1.54)
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