Locus 9690

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	25,638,378 – 25,638,529
Length	151
Max. P	0.905143

overview

Window 2

Location	25,638,378 – 25,638,492
Length	114
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.26
Mean single sequence MFE	-44.96
Consensus MFE	-20.74
Energy contribution	-23.18
Covariance contribution	2.45
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-2.21
Structure conservation index	0.46
SVM decision value	1.04
SVM RNA-class probability	0.905143
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25638378 114 + 27905053
AAUCAGCAGCGGGAGCUGUUGAGCAAGCAACUGGAGGCUACCCUGCUGCCGGCACC---CAUCCCGAGUACCAGCACUCUGGUGGAGCCCACCACAUCAUAUGCGGCGGUGGUGGCC
..((((((((....)))))))).............((((((((((((((.(((..(---((.((.((((......)))).))))).))).............))))))).))))))) ( -49.64)
>DroPse_CAF1 6197 114 + 1
AACCAUCAGCGCGAGCUGUUGAGCAGGCAACUGGAGGCUACACUGCUGCCAAGGCC---CAACAGCAGCAGCAGUACUCUGGUGGAGCCAACCACAUCGUAUGCAGCAGUGGUGGCU
...((.((((....)))).))..(((....)))..((((((((((((((...((((---((.(((.((........))))).))).))).((......))..)))))))).)))))) ( -47.70)
>DroGri_CAF1 5578 111 + 1
AAUCAUCAGCGUGAAAUGCUGACCAGGCGGCUGGAGGAAACACUGCUGCCAGCGAC---CAGU---AAUAACAGCGUGUUGGUGGAGCCAACUACUUCGUAUGCCGCGGUUGUUGCU
..((.(((((((...)))))))...((((((.((.(....).))))))))...)).---.(((---((((((.(((.((...(((((.......)))))...))))).))))))))) ( -39.60)
>DroMoj_CAF1 5281 111 + 1
AAUCAACAGCGUGAGCUGCUGAGUAAGCGACUGGAGGAGACGCUGCUGCCAGCGCC---UAGC---AACAACAGCGUCUUGGUGGAGCCGAGCACAUCGUAUGCAGCUGUUGUGGCA
..(((.((((....)))).)))....(((.((((((.((...)).)).))))))).---..((---.(((((((((((((((.....))))).))...(....).)))))))).)). ( -45.80)
>DroAna_CAF1 5408 117 + 1
AACCAGCAGAAGGAGCUACUGAGCAAGCAGCUGGAGGCUACUCUGGUACCGGCGCCAAGCAAUACCACUACGAGUACGCUGGUAGAGCCCACCACAUCCUACGCUGCCGUAGUGGCA
..((.......)).(((((((.....(((((.(((((((....(((((...((.....))..)))))((((.((....)).)))))))).......)))...)))))..))))))). ( -39.31)
>DroPer_CAF1 6157 114 + 1
AACCAUCAGCGCGAGCUGUUGAGCAGGCAACUGGAGGCUACACUGCUGCCAAGGCC---CAACAGCAGCAGCAGUACUCUGGUGGAGCCAACCACAUCGUAUGCAGCAGUAGUGGCU
...((.((((....)))).))..(((....)))..((((((((((((((...((((---((.(((.((........))))).))).))).((......))..)))))))).)))))) ( -47.70)
>consensus
AACCAUCAGCGCGAGCUGCUGAGCAAGCAACUGGAGGCUACACUGCUGCCAGCGCC___CAACA_CAGCAACAGCACUCUGGUGGAGCCAACCACAUCGUAUGCAGCAGUAGUGGCU
...((.((((....)))).))...............(((((((((((((......................(((....)))((((......)))).......))))))).)))))). (-20.74 = -23.18 +   2.45)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	25,638,418 – 25,638,529
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.98
Mean single sequence MFE	-39.87
Consensus MFE	-21.58
Energy contribution	-21.38
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.73
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.06
SVM RNA-class probability	0.565037
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25638418 111 + 27905053
CCCUGCUGCCGGCACCCAUCCCGAGUACCAGCACUCUGGUGGAGCCCACCACAUCAUAUGCGGCGGUGGUGGCCGGCUCCACUCCGAAGUCCAGCGUCAGCGACACCAAAG
...((..((((((..(((((((((((......))))((((((...))))))..........)).)))))..))))))..)).......(((..((....)))))....... ( -40.20)
>DroPse_CAF1 6237 108 + 1
CACUGCUGCCAAGGCCCAACAGCAGCAGCAGUACUCUGGUGGAGCCAACCACAUCGUAUGCAGCAGUGGUGGCUGGGGCUACACCAAAGGUCG---CCAACGAGACCAAAG
(((((((((...((((((.(((.((........))))).))).))).((......))..)))))))))(((((....)))))......((((.---.......)))).... ( -41.00)
>DroEre_CAF1 5350 108 + 1
CCCUGCUGCCGGCACCCAUCCCAAAUACCAGCACUCUGGUGGAGCCCACCACAUCCUAUGCGGCGGUGGUCGCCGGCGCCACUCCGAAGGCCA---CCAGCAACACCAAAG
...((((((((((..(((((((....(((((....)))))(((..........))).....)).)))))..))))))(((........)))..---..))))......... ( -39.60)
>DroYak_CAF1 5355 108 + 1
CCCUGCUGCCGGCACCCAUCCCAAGUACCAGCACUCUGGUGGAGCCCACCACAUCCUAUGCGGCGGUGGUGGCCGGUGCCACUCCGAAGGCCA---CCAGCGACACCAAAG
...(((((...((...........))..)))))((.(((((..((((.((.(((...))).)).))((((((((..((......))..)))))---)))))..))))).)) ( -39.80)
>DroMoj_CAF1 5321 105 + 1
CGCUGCUGCCAGCGCCUAGC---AACAACAGCGUCUUGGUGGAGCCGAGCACAUCGUAUGCAGCUGUUGUGGCAGGCGCCAUACCCAAGUCCA---GUGGAGAAACCAAAG
(((((((....((((((.((---.(((((((((((((((.....))))).))...(....).)))))))).))))))))........))..))---)))............ ( -38.00)
>DroPer_CAF1 6197 108 + 1
CACUGCUGCCAAGGCCCAACAGCAGCAGCAGUACUCUGGUGGAGCCAACCACAUCGUAUGCAGCAGUAGUGGCUGGGGCUACACCAAAGGUCG---CCAACGAGACCAAAG
.((((((((....((......)).))))))))....(((((.((((..((((((.((.....)).)).))))....)))).)))))..((((.---.......)))).... ( -40.60)
>consensus
CCCUGCUGCCAGCACCCAUCCCAAGCACCAGCACUCUGGUGGAGCCCACCACAUCGUAUGCAGCGGUGGUGGCCGGCGCCACACCGAAGGCCA___CCAGCGACACCAAAG
..(((((((...................(((....)))((((......)))).......)))))))..(((((....)))))............................. (-21.58 = -21.38 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	25,638,418 – 25,638,529
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.98
Mean single sequence MFE	-48.83
Consensus MFE	-22.98
Energy contribution	-21.52
Covariance contribution	-1.46
Combinations/Pair	1.41
Mean z-score	-2.00
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	0.01
SVM RNA-class probability	0.540962
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25638418 111 - 27905053
CUUUGGUGUCGCUGACGCUGGACUUCGGAGUGGAGCCGGCCACCACCGCCGCAUAUGAUGUGGUGGGCUCCACCAGAGUGCUGGUACUCGGGAUGGGUGCCGGCAGCAGGG
((((((((..((....(((((.((((.....))))))))).....(((((((((...)))))))))))..))))))))(((((((((((.....)))))))))))...... ( -56.20)
>DroPse_CAF1 6237 108 - 1
CUUUGGUCUCGUUGG---CGACCUUUGGUGUAGCCCCAGCCACCACUGCUGCAUACGAUGUGGUUGGCUCCACCAGAGUACUGCUGCUGCUGUUGGGCCUUGGCAGCAGUG
....((((.(....)---.))))(((((((.((((..((((((................)))))))))).))))))).(((((((((((((....)))...)))))))))) ( -42.69)
>DroEre_CAF1 5350 108 - 1
CUUUGGUGUUGCUGG---UGGCCUUCGGAGUGGCGCCGGCGACCACCGCCGCAUAGGAUGUGGUGGGCUCCACCAGAGUGCUGGUAUUUGGGAUGGGUGCCGGCAGCAGGG
(((((((((((((((---((.((........))))))))))))..(((((((((...))))))))).....)))))))(((((((((((.....)))))))))))...... ( -54.20)
>DroYak_CAF1 5355 108 - 1
CUUUGGUGUCGCUGG---UGGCCUUCGGAGUGGCACCGGCCACCACCGCCGCAUAGGAUGUGGUGGGCUCCACCAGAGUGCUGGUACUUGGGAUGGGUGCCGGCAGCAGGG
((((((((..(((((---(((((...((.......))))))))))(((((((((...)))))))))))..))))))))(((((((((((.....)))))))))))...... ( -58.60)
>DroMoj_CAF1 5321 105 - 1
CUUUGGUUUCUCCAC---UGGACUUGGGUAUGGCGCCUGCCACAACAGCUGCAUACGAUGUGCUCGGCUCCACCAAGACGCUGUUGUU---GCUAGGCGCUGGCAGCAGCG
.....(((.((((.(---(......))....(((((((((.((((((((.((((.....))))..((.....)).....)))))))).---)).))))))))).)).))). ( -37.40)
>DroPer_CAF1 6197 108 - 1
CUUUGGUCUCGUUGG---CGACCUUUGGUGUAGCCCCAGCCACUACUGCUGCAUACGAUGUGGUUGGCUCCACCAGAGUACUGCUGCUGCUGUUGGGCCUUGGCAGCAGUG
....((((.(....)---.))))(((((((.((((..((((((................)))))))))).))))))).(((((((((((((....)))...)))))))))) ( -43.89)
>consensus
CUUUGGUGUCGCUGG___UGGCCUUCGGAGUGGCGCCGGCCACCACCGCCGCAUACGAUGUGGUGGGCUCCACCAGAGUGCUGGUACUGGGGAUGGGCGCCGGCAGCAGGG
(((((((...((((....))))...(((.......)))((((((((..(.......)..))))).)))...)))))))(((((.((((.......)))).)))))...... (-22.98 = -21.52 +  -1.46)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:39:58 2006