Locus 9679

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 25,605,645 – 25,605,880
Length 235
Max. P 0.588895
window15467 window15468

overview

Window 7

Location 25,605,645 – 25,605,762
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.27
Mean single sequence MFE -52.08
Consensus MFE -37.66
Energy contribution -38.33
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.588895
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25605645 117 - 27905053
UGAUGAGCUGCUGUUCCGGGCAGACGCAGCUAUCGGAUUUCGAUGGACGCAGUCCCCGGAACAUGCUCAUCGCCGGCUUCCAGGAGUUGUCCCACCGGGAGCAUCCUGUUGUGGGUA
.(((((((...(((((((((..(((((..((((((.....))))))..)).)))))))))))).)))))))(((.((...(((((((..((((...)))))).)))))..)).))). ( -58.70)
>DroSec_CAF1 32642 117 - 1
UGAUGAGCUGCUGUUCCGGGCAGACGCAGCUAUCGGACUUCGAUGGACGCAGUCCCCGGAACUUGCUCAUCGCCGGCUUCCAGGAGCUGUCCCACCGGGAGCAACCUGUGGUGGGAA
.(((((((....((((((((..(((((..((((((.....))))))..)).)))))))))))..)))))))..((((((....))))))((((((((((.....)))..))))))). ( -61.30)
>DroSim_CAF1 33451 117 - 1
UGAUGAGCUGCUGUUCCGGGCAGACGCAGCUAUCGGACUUCGAUGGACGCAGUCCCCGGAACUUGCUCAUCGCCGGCUUCCAGGAGCUGUCCCACCGGGAGCAGCCUGUGGUGGGAA
.(((((((....((((((((..(((((..((((((.....))))))..)).)))))))))))..)))))))..((((((....))))))((((((((((.....)))..))))))). ( -61.50)
>DroEre_CAF1 33610 117 - 1
UAAUGACCUGCUGUUCCGGGCAGACGCAGCGCUCGGGCUUCGAUGGACGCAGUCCCCGGAAUUUGCUCAUCGCCAGCUUUCAGGAGUUGACCCACCGGGAGCAUCCUGUUGUGGGAA
....((...((.((((((((..(((...(((..((........))..))).)))))))))))..))...))..((((((....)))))).(((((((((.....))))..))))).. ( -42.70)
>DroYak_CAF1 34744 117 - 1
UAAUGACCUGCUGUUCCGGGCAGACGCAGCGCUCGGGCUUCGAUGGACGCAGUGCCCGAAAUUUGCUUAUCGCCGGCUUCCAGGAGUUGACCCACCGGGAGCAGCCUGUUGUGGGAA
..(..((..((((((((.((.....((((...((((((..((.....))....))))))...)))).......((((((....)))))).....)).))))))))..))..)..... ( -41.10)
>DroAna_CAF1 34463 117 - 1
UGAUGGGCUGCUGUUGCGGUCGCUCCGAGCAGGAGGACUUCGAUGGCCGCAAUCCACGAAGCCUGCUCGUCUCCAGUUACCAAGAGCUGAAGGACCGCGACGAUCCAGUGGUGGGCA
......((((.((((((((((....((((((((....(((((.(((.......)))))))))))))))).((.(((((......))))).))))))))))))...))))........ ( -47.20)
>consensus
UGAUGAGCUGCUGUUCCGGGCAGACGCAGCUAUCGGACUUCGAUGGACGCAGUCCCCGGAACUUGCUCAUCGCCGGCUUCCAGGAGCUGACCCACCGGGAGCAUCCUGUGGUGGGAA
.(((((((....(((((((((....)).......(((((.((.....)).))))))))))))..)))))))..((((((....)))))).(((((((((.....))))..))))).. (-37.66 = -38.33 +   0.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 25,605,762 – 25,605,880
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.05
Mean single sequence MFE -49.40
Consensus MFE -27.06
Energy contribution -26.62
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.50
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.00
SVM RNA-class probability 0.535086
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25605762 118 - 27905053
UUCGGCGAGGAUAGCUGGUUCGUCAGCUCCACGCCGCUGGCCGAGGUGAUGGGCGUGGCCGACGGCGUGGGCGGUUGGCGGGACUUGGGCGUGGAUGCGGGUCGUUUCGCCAAGGAGC
..((((.......))))((((....((.((((((((.((((((..((.....)).)))))).))))))))))..((((((..((...(((.((....)).)))))..)))))).)))) ( -55.70)
>DroVir_CAF1 43486 118 - 1
UAUGGUGAGGAUAGCUGGUUUGUCAGCAGCACGCCAAAGGCUGAGACAAUGGGCGUGGCCGAUGGCGUGGGCGGCUGGCGUAAAUUGGGCAUAGACGCAGGAGUCUUUGCCCGAGAGC
.............(((.....((((((..(((((((..(((((...(....)...)))))..)))))))....)))))).....(((((((.((((......)))).))))))).))) ( -48.80)
>DroGri_CAF1 44837 118 - 1
UUCGGCGAGGACAGUUGGUUUGUGCACAGUGCGCCCAAGUCGGAAACUAUGGGCGUGGCCGAUGGCGUGGGCGGCUGGCGUCAAAUGGGCAUCGAUUCCGGUGUCUUUGCCAAGCAGC
...(((((((((.(((.((((((((.((((.((((((.(((((..((.......))..)))))....))))))))))))).))))).)))((((....)))))))))))))....... ( -55.00)
>DroWil_CAF1 38319 118 - 1
UAUGGCGAGGAUAGCUGGUUUAUUAGCUCAACGCCCAAGGCUGAGGUUAUGGGCGUGGCCGAUGGCGUAGGUGGUUGGAGUGAGUUGGGCAUAGAUUCAGGACUCUUUGCCAGUGAAU
..(((((((((...(((((((((..((((((((((((..((....))..)))))....(((((.((....)).))))).....)))))))))))).))))...)))))))))...... ( -47.70)
>DroMoj_CAF1 40049 118 - 1
UAUGGAGAGGAUAGCUGGUUUGUGAGCAGCACGCCGAAGGCUGAAACAAUGGGCGUGGCAGACGGUGUGGGCGGCUGGCGUAGGCUGGGAAUCGAUUCUGGCCUCUUUGCCCAGGAGC
..(((.(((((..((..(((.....((..(((((((....(((..((.......))..))).))))))).)))))..))...(((..(((.....)))..))))))))..)))..... ( -41.00)
>DroAna_CAF1 34580 118 - 1
UUCGGGGAGGACAGCUGGUUUGUGAGCUCUACGCCCCGGGCAGAGGUGCUGGGCGUGGCCGAUGGCGUGGGCGGCUGGCGGGAUAUGGGUGUGGACGCGGGACGCUUCGCCAAGGAGC
.((((.......((((.(....).))))((((((((.(.((....)).).))))))))))))(((((.(((((.((.(((...(((....)))..))).)).))))))))))...... ( -48.20)
>consensus
UACGGCGAGGAUAGCUGGUUUGUGAGCACCACGCCCAAGGCUGAGACAAUGGGCGUGGCCGAUGGCGUGGGCGGCUGGCGUGAAUUGGGCAUAGAUGCAGGACUCUUUGCCAAGGAGC
...((((((((...(((((((((......((((((................))))))((((.(.((....)).).))))...........)))))).)))...))))))))....... (-27.06 = -26.62 +  -0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:39:44 2006