Locus 9672

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 25,577,045 – 25,577,165
Length 120
Max. P 0.511088
window15457

overview

Window 7

Location 25,577,045 – 25,577,165
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.56
Mean single sequence MFE -46.65
Consensus MFE -35.36
Energy contribution -35.28
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.49
Structure conservation index 0.76
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.511088
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25577045 120 + 27905053
GUCUGGGCAAGAUUGCGCCGCAUUUGCAUCCGCAGGUGCGUCAGCGUGUGCUGGUCUCCGCUUUCAUUCGUGCCAUGCGGGAUCCUUUUCCGCCGGCAAGAGUCGCCGGUGUCCUGGCGC
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>DroVir_CAF1 5774 120 + 1
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>DroGri_CAF1 6589 120 + 1
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(((.((((...((((((((.(((((((....))))))).).....((((...(((....)))...)))))))))))(((.....)))....(((((((.....))))))))))).))).. ( -48.00)
>DroWil_CAF1 5490 120 + 1
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(((..((((....))))...(((((((....))))))).))).((((((...(((....)))...))))))((((.....((......))((((((((.....))))))))...)))).. ( -39.60)
>DroMoj_CAF1 5924 120 + 1
GUCUGGGCAAGAUUGCGCCACAUCUGCAUCCGCAGGUGCGUCAACGUGUUCUCGUCUCAGCCUUUAUACGUGCCAUGCGGGAUCCCUUUCCGCCAGCACGUGUUGCUGGUGUUUUGGCGC
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>DroAna_CAF1 6273 120 + 1
GCCUGGGAAAGAUUGCGCCACAUUUGCAUCCGCAGGUACGCCAACGGGUUUUGGUCUCUGCCUUCAUUCGAGCAAUGCGCGAUCCUUUUCCACCGGCUAGAGUUGCUGGAGUCUUGGCGC
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>consensus
GCCUGGGCAAGAUUGCGCCACAUUUGCAUCCGCAGGUGCGUCAACGUGUUCUGGUCUCAGCCUUUAUACGUGCCAUGCGGGAUCCGUUUCCGCCGGCACGAGUUGCUGGUGUCCUGGCGC
(((.((((..(((..((((.(((((((....))))))).)...((((((...(((....)))...)))))).....)))..))).......((((((.......)))))))))).))).. (-35.36 = -35.28 +  -0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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