Locus 9641

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	25,482,952 – 25,483,100
Length	148
Max. P	0.872936

overview

Window 4

Location	25,482,952 – 25,483,060
Length	108
Sequences	4
Columns	109
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.94
Mean single sequence MFE	-39.73
Consensus MFE	-30.51
Energy contribution	-32.20
Covariance contribution	1.69
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.04
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.88
SVM RNA-class probability	0.872936
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25482952 108 + 27905053
CAGAAUGCGAAGCCUCA-AACUUGGCUGCAGGCUGCUAUUAUUGUGGCCGCAGCUGUGCACACAGGACUGUGAGCUAGGACCUGUUCUGCUCAGCAACUCGGCGCUGAA
(((..((((.((((...-.....)))).).(((..(.......)..))))))((((.(((.(((((.(((.....)))..)))))..))).)))).........))).. ( -39.10)
>DroSec_CAF1 164148 108 + 1
CAGAAUGCGAAGCCUCA-AACUUGGCUGCAGGCUGCUAUUAUUGUGGCCGCAGCUGUGCACACAGGACUGUGAGCUAGGACCUGUUCUGCUCAGCUCCUCGGCGCUGAA
(((((((.(...(((..-.....((((((.(((..(.......)..)))))))))..((.((((....)))).)).))).).))))))).(((((.(....).))))). ( -40.10)
>DroSim_CAF1 166143 108 + 1
CAGAAUGCGAAGCCUAA-AACUUGGCUGCAGGCUGCUAUUAUUGUGGCCGCAGCUGUGCACACAGGACUGUGAGCUAGGACCUGUUCUGCUCAGCUCCUCGGCGCUGAA
(((((((.(...((((.-.....((((((.(((..(.......)..)))))))))..((.((((....)))).)))))).).))))))).(((((.(....).))))). ( -42.00)
>DroEre_CAF1 171155 91 + 1
CAGAAUGCGAAGCUCCAGCACUUGGCUGCAGGCUGCUAUUAAUGUGGCCGCAGCUGUGCACAUACGACUGUGUGCUAGGACCUGUU------------------CUGAA
((((((....((.(((.((((..((((((.(((..(.......)..))))))))))))).(((((....)))))...))).)))))------------------))).. ( -37.70)
>consensus
CAGAAUGCGAAGCCUCA_AACUUGGCUGCAGGCUGCUAUUAUUGUGGCCGCAGCUGUGCACACAGGACUGUGAGCUAGGACCUGUUCUGCUCAGCUCCUCGGCGCUGAA
(((((((.(...(((........((((((.(((..(.......)..)))))))))..((.((((....)))).)).))).).))))))).(((((........))))). (-30.51 = -32.20 +   1.69)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	25,482,991 – 25,483,100
Length	109
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.00
Mean single sequence MFE	-30.53
Consensus MFE	-12.15
Energy contribution	-13.32
Covariance contribution	1.17
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.41
Structure conservation index	0.40
SVM decision value	0.28
SVM RNA-class probability	0.666743
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25482991 109 + 27905053
AUUGUGGCCGCAGCUGUGCACACAGGACUGUGAGCU--AGGACCUGUUCUGCUCAGCAACUCGGCGCUGAAAUAUUUAUAUGCAAAUAAAUAGUUUAGCGAGCUAUCAACU
.(((((((....((((.(((.(((((.(((.....)--))..)))))..))).)))).......(((((((.(((((((......))))))).))))))).)))).))).. ( -35.40)
>DroSec_CAF1 164187 109 + 1
AUUGUGGCCGCAGCUGUGCACACAGGACUGUGAGCU--AGGACCUGUUCUGCUCAGCUCCUCGGCGCUGAAAUAUUUAUAUGCAAAUAAAUAGUUUAGCGAGCUAUCAACU
......((((.(((((.(((.(((((.(((.....)--))..)))))..))).)))))...))))((((((.(((((((......))))))).))))))............ ( -36.70)
>DroSim_CAF1 166182 109 + 1
AUUGUGGCCGCAGCUGUGCACACAGGACUGUGAGCU--AGGACCUGUUCUGCUCAGCUCCUCGGCGCUGAAAUAUUUAUAUGCAAAUAAAUAGUUUAGCGAGCUAUCAACU
......((((.(((((.(((.(((((.(((.....)--))..)))))..))).)))))...))))((((((.(((((((......))))))).))))))............ ( -36.70)
>DroEre_CAF1 171195 91 + 1
AAUGUGGCCGCAGCUGUGCACAUACGACUGUGUGCU--AGGACCUGUU------------------CUGAAAUAUUUAUAUGCAAAUAAAUAGUUUAGCGAGCUAUCAACU
...((((((((..(((.(((((((....))))))))--))........------------------.((((.(((((((......))))))).))))))).)))))..... ( -23.60)
>DroYak_CAF1 177432 95 + 1
AUUGUGGCCGCAGCUGUUCACAUACGACUGUGUGCUAUAGGACCUGUUCU----------------CUGAAAUAUUUAUAUGCAAAUAAAUAGUUUAGCGAGCUAUCAGCU
.((((((((((((.(((......))).))))).)))))))((...((((.----------------(((((.(((((((......))))))).))))).))))..)).... ( -28.20)
>DroAna_CAF1 173436 88 + 1
-------------------AUGUACGAGUAUGUGCU--AAGAGCAGUG--GGUCCUUUGCUCGCUUCUGAAAUAUUUAUAUGCAAAUAAAUAGUUUAGCGAGCUAUCAACU
-------------------..((((......)))).--..((((((.(--....).))))))(((((((((.(((((((......))))))).))))).))))........ ( -22.60)
>consensus
AUUGUGGCCGCAGCUGUGCACACACGACUGUGAGCU__AGGACCUGUUCUGCUCAGCU_CUCGGCGCUGAAAUAUUUAUAUGCAAAUAAAUAGUUUAGCGAGCUAUCAACU
...((((((((......((.((((....)))).))................................((((.(((((((......))))))).))))))).)))))..... (-12.15 = -13.32 +   1.17)

alignment

secondary structure

dotplot

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