Locus 9583

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 25,313,690 – 25,313,807
Length 117
Max. P 0.743641
window15319

overview

Window 9

Location 25,313,690 – 25,313,807
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.66
Mean single sequence MFE -38.52
Consensus MFE -24.08
Energy contribution -24.56
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.46
SVM RNA-class probability 0.743641
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25313690 117 + 27905053
AAAAUGGGCGGAGCAGCUAGGAUGUUGUAGGGUUCACUGAUCAAGGGCAGUUCUAUAUCCUCGCUGCAUAUAUCCAGCUGGUCGGUGGGCUGGAACUGAUCCAUCAGCUCGAUAUUG
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>DroVir_CAF1 405612 117 + 1
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>DroPse_CAF1 181044 108 + 1
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>DroEre_CAF1 190680 117 + 1
AAAAUGGGCGGAGCAGCCAGGAUAUUGUAGGGUUCACUAAUCAAGGGCAGUUCUAUGUCCUCGCUGCAUAUAUCCAGCUGAUCGGUGGGCUGAUACUGAUCCAUCAGCUCAAUAUUG
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>DroMoj_CAF1 225217 117 + 1
UAGAUGGGCUGAGGCGUCAGUAUGUUGUACGGCUCACUGACCAACGGCAGCUCAAUAUCCUCGCUGCACAAAUCGAUCUGGUCGGUCAGCUGAUAUUGAUCCAUGAGCUCAAUAUUG
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>DroAna_CAF1 166047 117 + 1
AAAACAGACGGAGCUGCUAGGAUGUUGUAGGGCUCACUAAUCAAAGGAAGCUGUAUCUCCUCGCUGGUCAGGUCGAUUUGAUCCGUGGGCUGAAACUGAUCCAUCAGUUCGAUGUUG
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>consensus
AAAAUGGGCGGAGCAGCCAGGAUGUUGUAGGGCUCACUGAUCAAGGGCAGCUCUAUAUCCUCGCUGCACAAAUCGAUCUGAUCGGUGGGCUGAUACUGAUCCAUCAGCUCAAUAUUG
......(((......)))..(((((((.(((((((((((((((...(((((...........)))))...........)))))))))))))....((((....))))))))))))). (-24.08 = -24.56 +   0.48)

alignment

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secondary structure

Postscript

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