Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,126,392 – 3,126,509 |
Length | 117 |
Max. P | 0.962185 |
Location | 3,126,392 – 3,126,509 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.37 |
Mean single sequence MFE | -53.20 |
Consensus MFE | -47.50 |
Energy contribution | -47.53 |
Covariance contribution | 0.03 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.90 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 1.54 |
SVM RNA-class probability | 0.962185 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3126392 117 - 27905053 CAACAUGCCGAUCGGCGGCGUCCAGGGUCAGAAUCCCACCCAGGGCCUGGUCCACUGGAUGAGUGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACCGGCCAGACGCACCACGAUCCUGGC---GCCGU ......(((....)))((((.((((((((..............(((((.((((...)))).)).)))(((.((((((..(....)..))))))..))).....)))))))))---))).. ( -55.80) >DroPse_CAF1 35 120 - 1 CAAUAUGCCGAUCGGCGGUGUUCAGGGUCAGAACCCCACCCAGGGACUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACGGGCCAGACGCAUCACGAUCCCACCGCAGCCGU .....(((.(((((..((((((((((((....))))...(((((((....))).)))).))))))))(((.(((((...(....)...)))))..)))....))))).....)))..... ( -46.30) >DroSec_CAF1 2068 117 - 1 CAACAUGCCGAUCGGCGGCGUCCAGGGCCAGAAUCCCACCCAGGGUCUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACCGGCCAGACGCACCACGAUCCUGGC---GCCGU ......(((((((((((.((((((((((((((..(((.....)))))))).)).)))))))..))))(((.((((((..(....)..))))))..))).....))))..)))---..... ( -58.40) >DroPer_CAF1 35 120 - 1 CAAUAUGCCGAUCGGCGGUGUUCAGGGUCAGAACCCCACCCAGGGACUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACGGGCCAGACGCAUCACGAUCCCACCGCAGCCGU .....(((.(((((..((((((((((((....))))...(((((((....))).)))).))))))))(((.(((((...(....)...)))))..)))....))))).....)))..... ( -46.30) >DroEre_CAF1 2115 117 - 1 CAACAUGCCGAUCGGCGGCGUCCAGGGCCAGAAUCCCACCCAGGGCCUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACCGGCCAGACGCACCACGAUCCUGGC---GCUGU ..(((((((((((((((.(((((((((((((...(((.....))).)))).)).)))))))..))))(((.((((((..(....)..))))))..))).....))))..)))---).))) ( -58.00) >DroYak_CAF1 2182 117 - 1 CAACAUGCCGAUCGGCGGCGUCCAGGGCCAGAAUCCCACCCAGGGCCUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACCGGCCAGACGCACCUCGAUCCUGGU---GCCGU ......(((((((((((.(((((((((((((...(((.....))).)))).)).)))))))..))))(((.((((((..(....)..))))))..))).....))))..)))---..... ( -54.40) >consensus CAACAUGCCGAUCGGCGGCGUCCAGGGCCAGAAUCCCACCCAGGGCCUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACCGGCCAGACGCACCACGAUCCUGGC___GCCGU ......(((((((((((.(((((((((((((...(((.....))).)))).)).)))))))..))))(((.((((((..(....)..))))))..))).....))))..)))........ (-47.50 = -47.53 + 0.03)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:56:17 2006