Locus 9461

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 25,046,456 – 25,046,613
Length 157
Max. P 0.898644
window15153 window15154 window15155

overview

Window 3

Location 25,046,456 – 25,046,574
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.12
Mean single sequence MFE -48.47
Consensus MFE -31.23
Energy contribution -32.90
Covariance contribution 1.67
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.60
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 1.00
SVM RNA-class probability 0.898644
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25046456 118 - 27905053
--GUUCUUCUGCUGCGGCAGAAUGCCCAGCAGGGGGAAGACCCAGGCACAGGAGGCAGGCACAAUCUCGUUGUCGGCGAAGGAGAUCCACUGCUGGACCUGGGCCUGCACGAAGGGGCAC
--.(((((((((((.(((.....))))))))))))))((.((((((..(((.((((.(((((......).)))).))...((....)).)).)))..)))))).))((.(....).)).. ( -53.40)
>DroVir_CAF1 3042 120 - 1
ACGUUCUUCUCCUGCGGCAAUAUGCCCAACAGUGGGAAUACCAAAGCACAGGAGGCUGGCAAGAUUUCGGUGUCAGCAAAUGAUGCCCAUUGCUGUACCUGAGCCUGCACAAAGGGGCAU
..((((((((((((.(((.....)))......(((.....))).....))))))((.(((..(....)((((.((((((.((.....))))))))))))...))).))....)))))).. ( -40.60)
>DroPse_CAF1 11306 118 - 1
--GUUCCUCUGCUGUGGCAAGAUUCCUAGCAGGGGGAACACCAGUGCGCAGGAGGCAGGCACGAUUUCGUUGUCAGCAAACGAGAUCCAUUGCUGAACUUGGGCCUGGACGAAGGGGCAC
--((((((((((((.((.......))))))).))))))).((((.((.((((.(((((....(((((((((.......)))))))))..)))))...)))).)))))).(....)..... ( -48.10)
>DroGri_CAF1 3084 118 - 1
--AUUCUUCUGCUGCGGCAUUAUGCCGAGCAGUGGGAACACCCAUGCGCAGGACGCAGGCAAGAUUUCAUUGUCAGCGAAUGAGAUCCAUUGCUGCACCUGAGCCUGCACCAGCGGACAC
--.....(((((((((((.....)))).((((((((....)))).((.((((..((((.(((((((((((((....).)))))))))..))))))).)))).))))))..)))))))... ( -50.00)
>DroWil_CAF1 343 118 - 1
--GUUCUUCUGCUGGGGCACAAUGCCUAGCAAGGGGAAAACCCAGGCGCAGGAGGCAGGCACGAUUUCGUUGUCAGCAAACGAGAUCCAUUGCUGGACUUGGGCCUGCACGUAGGGGCAU
--...(((((((..((((.....)))).((..(((.....)))((((.((((.(((((....(((((((((.......)))))))))..)))))...)))).))))))..)))))))... ( -48.30)
>DroMoj_CAF1 2699 118 - 1
--GUUCUUCUGCUGUGGCAUAAUGCCAAGCAGUGGGAACACCCAUGCGCAGGAGACCGGCAAGAUUUCGUUGUCAGCAAACGAAGUCCAUUGCAGCACCUCAGCCUGUGCAAACGGGCAC
--(.((((((((..((((.....)))).(((.((((....))))))))))))))).).(((((((((((((.......)))))))))..)))).........((((((....)))))).. ( -50.40)
>consensus
__GUUCUUCUGCUGCGGCAAAAUGCCCAGCAGGGGGAACACCCAUGCGCAGGAGGCAGGCAAGAUUUCGUUGUCAGCAAACGAGAUCCAUUGCUGCACCUGAGCCUGCACGAAGGGGCAC
...((((.((((((.(((.....))))))))).))))...........((((.(((((....(((((((((.......)))))))))..)))))...)))).((((........)))).. (-31.23 = -32.90 +   1.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 25,046,496 – 25,046,613
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.11
Mean single sequence MFE -43.87
Consensus MFE -26.37
Energy contribution -27.38
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.537498
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25046496 117 + 27905053
UUCGCCGACAACGAGAUUGUGCCUGCCUCCUGUGCCUGGGUCUUCCCCCUGCUGGGCAUUCUGCCGCAGCAGAAGAAC---AGCACUGCCAAGCAAGAGGCCGAGGCUGUGCUGCAGCAG
((((.......)))).(((((((.(((((..((((..(((....))).(((((((((.....))).))))))......---.)))).(((........))).))))).).)).))))... ( -41.80)
>DroVir_CAF1 3082 120 + 1
UUUGCUGACACCGAAAUCUUGCCAGCCUCCUGUGCUUUGGUAUUCCCACUGUUGGGCAUAUUGCCGCAGGAGAAGAACGUCGCUAAAGUGAAGCAGGAUGUGGAGGUUGUGCUGCAGCAG
..((((((((((...(((((((....((((((((...((((((.((((....)))).)))))).)))))))).......((((....)))).))))))).....)).)))....))))). ( -41.40)
>DroGri_CAF1 3124 117 + 1
UUCGCUGACAAUGAAAUCUUGCCUGCGUCCUGCGCAUGGGUGUUCCCACUGCUCGGCAUAAUGCCGCAGCAGAAGAAU---GCGAAUGUGAAACAGGACGUUGAGGUUGUGCUGCAGCAG
...((((.((....((((((....(((((((((((((..((((((...(((((((((.....)))).)))))..))))---))..)))))...)))))))).))))))....)))))).. ( -50.30)
>DroWil_CAF1 383 117 + 1
UUUGCUGACAACGAAAUCGUGCCUGCCUCCUGCGCCUGGGUUUUCCCCUUGCUAGGCAUUGUGCCCCAGCAGAAGAAC---AACACCGCCAAGCAGGAUGCUGAAGUUGUGCUCCAACUG
...((((((.(((....)))....((.((((((...(((((((((...(((((.(((.....)))..)))))..))).---))).)))....)))))).))....)))).))........ ( -32.80)
>DroMoj_CAF1 2739 117 + 1
UUUGCUGACAACGAAAUCUUGCCGGUCUCCUGCGCAUGGGUGUUCCCACUGCUUGGCAUUAUGCCACAGCAGAAGAAC---GCGAAUGUCAAGCAGGACGCCGAGGUUGUGCUGCAGCGU
...((((.((.((.(((((...((((.((((((((((..((((((...(((((((((.....)))).)))))..))))---))..))))...)))))).))))))))).)).)))))).. ( -51.80)
>DroAna_CAF1 2360 117 + 1
UUCGCCGACAACGAAAUCGUGCCUGCCUCGUGCGCCUGGGUGUUCCCUCUGCUGGGCAUCCUUCCUCAGCAGAAGAAC---AAUACUGCCAAGCAGGACGCUGAGGCUGUGCUCCAGCAG
...((.(...(((....)))(((.((((((.(((((((..(((((..(((((((((........))))))))).))))---)...((....)))))).))))))))).).))..).)).. ( -45.10)
>consensus
UUCGCUGACAACGAAAUCGUGCCUGCCUCCUGCGCCUGGGUGUUCCCACUGCUGGGCAUUAUGCCGCAGCAGAAGAAC___ACCAAUGCCAAGCAGGACGCUGAGGUUGUGCUGCAGCAG
...((((...(((.......(((.((.((((((....(((....))).(((((((((.....)))).)))))....................)))))).))...))))))....)))).. (-26.37 = -27.38 +   1.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 25,046,496 – 25,046,613
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.11
Mean single sequence MFE -45.62
Consensus MFE -25.82
Energy contribution -27.57
Covariance contribution 1.75
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.22
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.61
SVM RNA-class probability 0.799068
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25046496 117 - 27905053
CUGCUGCAGCACAGCCUCGGCCUCUUGCUUGGCAGUGCU---GUUCUUCUGCUGCGGCAGAAUGCCCAGCAGGGGGAAGACCCAGGCACAGGAGGCAGGCACAAUCUCGUUGUCGGCGAA
.(((((((((...((((..(((((((((((((..((.((---.(((((((((((.(((.....)))))))))))))))))))))))))..))))))))))........)))).))))).. ( -55.30)
>DroVir_CAF1 3082 120 - 1
CUGCUGCAGCACAACCUCCACAUCCUGCUUCACUUUAGCGACGUUCUUCUCCUGCGGCAAUAUGCCCAACAGUGGGAAUACCAAAGCACAGGAGGCUGGCAAGAUUUCGGUGUCAGCAAA
.(((((((((.((.(((((......((((.......))))......((((((((.(((.....)))...))).)))))............))))).))))..(....)..)).))))).. ( -33.50)
>DroGri_CAF1 3124 117 - 1
CUGCUGCAGCACAACCUCAACGUCCUGUUUCACAUUCGC---AUUCUUCUGCUGCGGCAUUAUGCCGAGCAGUGGGAACACCCAUGCGCAGGACGCAGGCAAGAUUUCAUUGUCAGCGAA
.((((((((.....(((...(((((((.........(((---(.....(((((.((((.....)))))))))((((....))))))))))))))).)))...(....).))).))))).. ( -40.90)
>DroWil_CAF1 383 117 - 1
CAGUUGGAGCACAACUUCAGCAUCCUGCUUGGCGGUGUU---GUUCUUCUGCUGGGGCACAAUGCCUAGCAAGGGGAAAACCCAGGCGCAGGAGGCAGGCACGAUUUCGUUGUCAGCAAA
..(((((((.....))))))).((((((.....((((((---((.((((....)))).))))))))..((..(((.....)))..)))))))).((.((((((....)).)))).))... ( -47.10)
>DroMoj_CAF1 2739 117 - 1
ACGCUGCAGCACAACCUCGGCGUCCUGCUUGACAUUCGC---GUUCUUCUGCUGUGGCAUAAUGCCAAGCAGUGGGAACACCCAUGCGCAGGAGACCGGCAAGAUUUCGUUGUCAGCAAA
..((((((((......((((..((((((..(.(((..(.---(((((((((((.((((.....))))))))).)))))).)..))))))))))..))))...(....))))).))))... ( -45.40)
>DroAna_CAF1 2360 117 - 1
CUGCUGGAGCACAGCCUCAGCGUCCUGCUUGGCAGUAUU---GUUCUUCUGCUGAGGAAGGAUGCCCAGCAGAGGGAACACCCAGGCGCACGAGGCAGGCACGAUUUCGUUGUCGGCGAA
.((((((.((...(((((.((((((((((.((((...((---.((((((....)))))).)))))).))))).(((....))).)))))..)))))..))(((....)))..)))))).. ( -51.50)
>consensus
CUGCUGCAGCACAACCUCAGCGUCCUGCUUGACAGUAGC___GUUCUUCUGCUGCGGCAGAAUGCCCAGCAGUGGGAACACCCAGGCGCAGGAGGCAGGCAAGAUUUCGUUGUCAGCAAA
..((((....(((((......(((.((((((.(..........((((.((((((.(((.....))))))))).))))...((........)).).)))))).)))...)))))))))... (-25.82 = -27.57 +   1.75)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:35:13 2006