Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 25,041,289 – 25,041,418 |
Length | 129 |
Max. P | 0.997112 |
Location | 25,041,289 – 25,041,396 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.29 |
Mean single sequence MFE | -28.74 |
Consensus MFE | -23.12 |
Energy contribution | -22.87 |
Covariance contribution | -0.25 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -2.42 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 1.68 |
SVM RNA-class probability | 0.971498 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 25041289 107 + 27905053 GGACUGGAGCUGGAAUUGGAAUUCAUACUACUGUUUUUAGUGGGUGGGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GAUUUUCUUAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUA ....((((.((((.((((((.(((((.((((((....)))))))))))..))))))...(((((..-.(((.....)))...))))))))).))))............ ( -29.10) >DroVir_CAF1 86895 100 + 1 A------G-UG-GAUCGAAUAUGCGUACUACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUUCGUUUUUUCAAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAACA (------(-((-(..((......))..)))))....((((((((((.(((((.((....(((((..................))))))).))))).)))))))))).. ( -27.57) >DroGri_CAF1 71775 101 + 1 GAAGU-GAUUU---AUGGAUAACCGUAUUACUGUUUUUAGUGGGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GUUUAUUU--GUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAAA ..(((-((..(---((((....))))))))))..((((((((((((.(((((.((....(((((..-........--.....))))))).))))).)))))))))))) ( -29.96) >DroMoj_CAF1 119568 105 + 1 GAACG-GUUCU-GAUCGGAAAUACGUACUACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GUUUGCUUAAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAAA (((((-((...-...((......))....)))))))((((((((((.(((((.((....(((((..-...(((....)))..))))))).))))).)))))))))).. ( -31.70) >DroAna_CAF1 69005 104 + 1 GCGGCGGCGAUACUAAUACUACUACUACUACUGUUUUUAGUGGGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GAUUUC---UGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUA ((....))............................((((((((((.(((((.((....(((((..-.((...---.))...))))))).))))).)))))))))).. ( -24.50) >DroPer_CAF1 71740 106 + 1 GAAGUGGUU-UUAAGUUCGCGAUCAUACUACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GAUUUUCUUAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUA ..((((((.-....(....)......))))))....((((((((((.(((((.((....(((((..-.(((.....)))...))))))).))))).)))))))))).. ( -29.60) >consensus GAAGU_GAUCU_GAAUGGAUAUUCGUACUACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU_GAUUUUUU_AGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUA ....................................((((((((((.(((((.((....(((((..................))))))).))))).)))))))))).. (-23.12 = -22.87 + -0.25)
Location | 25,041,289 – 25,041,396 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.29 |
Mean single sequence MFE | -19.48 |
Consensus MFE | -14.94 |
Energy contribution | -14.94 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.52 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | 0.94 |
SVM RNA-class probability | 0.886094 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 25041289 107 - 27905053 UAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUAAGAAAAUC-AAUGUGAAACACUGGACCCCCACCCACUAAAAACAGUAGUAUGAAUUCCAAUUCCAGCUCCAGUCC ..(((.((.(((.((.((((((((((...............-..)))))....))))).)).))).)).))).....(.(((..((((....))))..))).)..... ( -16.23) >DroVir_CAF1 86895 100 - 1 UGUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUUGAAAAAACGAAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUAGUACGCAUAUUCGAUC-CA-C------U ...........(((((((...(((........)))......(((((((..((((((...................)))).))...)))))))))))-))-)------. ( -22.31) >DroGri_CAF1 71775 101 - 1 UUUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUAC--AAAUAAAC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUAAUACGGUUAUCCAU---AAAUC-ACUUC (((((.((.(((.((.((((((((((.....--........-..)))))....))))).)).))).)).)))))..........((....))..---.....-..... ( -18.06) >DroMoj_CAF1 119568 105 - 1 UUUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUUAAGCAAAC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUAGUACGUAUUUCCGAUC-AGAAC-CGUUC (((((.((((((.((.((((((((((...............-..)))))....))))).)).)))))).)))))......................-.....-..... ( -21.53) >DroAna_CAF1 69005 104 - 1 UAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACA---GAAAUC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUAGUAGUAGUAGUAUUAGUAUCGCCGCCGC ((((((((.(((.((.((((((((((......---......-..)))))....))))).)).)))..((((...((....))..))))..)))))))).......... ( -18.74) >DroPer_CAF1 71740 106 - 1 UAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUAAGAAAAUC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUAGUAUGAUCGCGAACUUAA-AACCACUUC ..(((.((((((.((.((((((((((...............-..)))))....))))).)).)))))).)))..........................-......... ( -20.03) >consensus UAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACU_AAAAAAAC_AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUAGUACGAAUAUCAAUUC_AAAAC_ACUUC ..(((.((.(((.((.((((((((((..................)))))....))))).)).))).)).))).................................... (-14.94 = -14.94 + 0.00)
Location | 25,041,317 – 25,041,418 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.61 |
Mean single sequence MFE | -33.39 |
Consensus MFE | -31.57 |
Energy contribution | -31.32 |
Covariance contribution | -0.25 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -4.35 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 2.80 |
SVM RNA-class probability | 0.997112 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 25041317 101 + 27905053 UACUGUUUUUAGUGGGUGGGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GAUUUUCUUAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUAACGGUAGUUCAAUCAUCA---AG---CA--------- (((((((.((((((((((.(((((.((....(((((..-.(((.....)))...))))))).))))).)))))))))).)))))))............---..---..--------- ( -32.60) >DroVir_CAF1 86915 104 + 1 UACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUUCGUUUUUUCAAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAACAACGGUAGUUCAAUCAGCA---AA---UA--A---A-- (((((((.((((((((((.(((((.((....(((((..................))))))).))))).)))))))))).)))))))............---..---..--.---.-- ( -31.67) >DroGri_CAF1 71799 104 + 1 UACUGUUUUUAGUGGGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GUUUAUUU--GUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAAAACGGUAGUUCAAUCAACA---GU---UA--UUGCA-- ((((((((((((((((((.(((((.((....(((((..-........--.....))))))).))))).))))))))))))))))))............---..---..--.....-- ( -34.46) >DroWil_CAF1 69755 106 + 1 UACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-AAAUAU-UUAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUAACGGUAGUUCAAUCAUCG---AA---AAUAA---AAA (((((((.((((((((((.(((((.((....(((((..-.(((((-...)))))))))))).))))).)))))))))).)))))))............---..---.....---... ( -32.20) >DroMoj_CAF1 119594 106 + 1 UACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GUUUGCUUAAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAAAACGGUAGUUCAAUCUGCGUGAAA---UA--U---U-- ((((((((((((((((((.(((((.((....(((((..-...(((....)))..))))))).))))).)))))))))))))))))).((((.......)))).---..--.---.-- ( -37.40) >DroAna_CAF1 69033 101 + 1 UACUGUUUUUAGUGGGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GAUUUC---UGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUAACGGUAGUUCAAUCAGCA---AGGCCCA--------- (((((((.((((((((((.(((((.((....(((((..-.((...---.))...))))))).))))).)))))))))).)))))))............---.......--------- ( -32.00) >consensus UACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU_GAUUUUUU_AGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUAACGGUAGUUCAAUCAGCA___AA___UA______A__ (((((((.((((((((((.(((((.((....(((((..................))))))).))))).)))))))))).)))))))............................... (-31.57 = -31.32 + -0.25)
Location | 25,041,317 – 25,041,418 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.61 |
Mean single sequence MFE | -22.68 |
Consensus MFE | -18.49 |
Energy contribution | -18.49 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.29 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.75 |
SVM RNA-class probability | 0.841237 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 25041317 101 - 27905053 ---------UG---CU---UGAUGAUUGAACUACCGUUAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUAAGAAAAUC-AAUGUGAAACACUGGACCCCCACCCACUAAAAACAGUA ---------..---..---............(((.(((.(((.((.(((.((.((((((((((...............-..)))))....))))).)).))).)).))).))).))) ( -17.93) >DroVir_CAF1 86915 104 - 1 --U---U--UA---UU---UGCUGAUUGAACUACCGUUGUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUUGAAAAAACGAAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUA --.---.--..---..---(((((....(((....))).(((.((((((.((.((((((((((.....((....)).....)))))....))))).)).)))))).)))...))))) ( -24.90) >DroGri_CAF1 71799 104 - 1 --UGCAA--UA---AC---UGUUGAUUGAACUACCGUUUUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUAC--AAAUAAAC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUA --..(((--(.---..---.)))).......(((.(((((((.((.(((.((.((((((((((.....--........-..)))))....))))).)).))).)).))))))).))) ( -22.96) >DroWil_CAF1 69755 106 - 1 UUU---UUAUU---UU---CGAUGAUUGAACUACCGUUAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUAA-AUAUUU-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUA ...---.....---..---............(((.(((.(((.((((((.((.((((((((((((((....-.)))).-..)))))....))))).)).)))))).))).))).))) ( -23.90) >DroMoj_CAF1 119594 106 - 1 --A---A--UA---UUUCACGCAGAUUGAACUACCGUUUUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUUAAGCAAAC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUA --.---.--..---.................(((.(((((((.((((((.((.((((((((((...............-..)))))....))))).)).)))))).))))))).))) ( -27.03) >DroAna_CAF1 69033 101 - 1 ---------UGGGCCU---UGCUGAUUGAACUACCGUUAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACA---GAAAUC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUA ---------..(((..---.)))........(((.(((.(((.((.(((.((.((((((((((......---......-..)))))....))))).)).))).)).))).))).))) ( -19.34) >consensus __U______UA___UU___UGCUGAUUGAACUACCGUUAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACU_AAAAAAAC_AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUA ...............................(((.(((.(((.((.(((.((.((((((((((..................)))))....))))).)).))).)).))).))).))) (-18.49 = -18.49 + 0.00)
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