Locus 9457

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	25,041,289 – 25,041,418
Length	129
Max. P	0.997112

overview

Window 3

Location	25,041,289 – 25,041,396
Length	107
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.29
Mean single sequence MFE	-28.74
Consensus MFE	-23.12
Energy contribution	-22.87
Covariance contribution	-0.25
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.42
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	1.68
SVM RNA-class probability	0.971498
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25041289 107 + 27905053
GGACUGGAGCUGGAAUUGGAAUUCAUACUACUGUUUUUAGUGGGUGGGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GAUUUUCUUAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUA
....((((.((((.((((((.(((((.((((((....)))))))))))..))))))...(((((..-.(((.....)))...))))))))).))))............ ( -29.10)
>DroVir_CAF1 86895 100 + 1
A------G-UG-GAUCGAAUAUGCGUACUACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUUCGUUUUUUCAAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAACA
(------(-((-(..((......))..)))))....((((((((((.(((((.((....(((((..................))))))).))))).)))))))))).. ( -27.57)
>DroGri_CAF1 71775 101 + 1
GAAGU-GAUUU---AUGGAUAACCGUAUUACUGUUUUUAGUGGGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GUUUAUUU--GUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAAA
..(((-((..(---((((....))))))))))..((((((((((((.(((((.((....(((((..-........--.....))))))).))))).)))))))))))) ( -29.96)
>DroMoj_CAF1 119568 105 + 1
GAACG-GUUCU-GAUCGGAAAUACGUACUACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GUUUGCUUAAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAAA
(((((-((...-...((......))....)))))))((((((((((.(((((.((....(((((..-...(((....)))..))))))).))))).)))))))))).. ( -31.70)
>DroAna_CAF1 69005 104 + 1
GCGGCGGCGAUACUAAUACUACUACUACUACUGUUUUUAGUGGGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GAUUUC---UGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUA
((....))............................((((((((((.(((((.((....(((((..-.((...---.))...))))))).))))).)))))))))).. ( -24.50)
>DroPer_CAF1 71740 106 + 1
GAAGUGGUU-UUAAGUUCGCGAUCAUACUACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GAUUUUCUUAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUA
..((((((.-....(....)......))))))....((((((((((.(((((.((....(((((..-.(((.....)))...))))))).))))).)))))))))).. ( -29.60)
>consensus
GAAGU_GAUCU_GAAUGGAUAUUCGUACUACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU_GAUUUUUU_AGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUA
....................................((((((((((.(((((.((....(((((..................))))))).))))).)))))))))).. (-23.12 = -22.87 +  -0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	25,041,289 – 25,041,396
Length	107
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.29
Mean single sequence MFE	-19.48
Consensus MFE	-14.94
Energy contribution	-14.94
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.52
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.94
SVM RNA-class probability	0.886094
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25041289 107 - 27905053
UAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUAAGAAAAUC-AAUGUGAAACACUGGACCCCCACCCACUAAAAACAGUAGUAUGAAUUCCAAUUCCAGCUCCAGUCC
..(((.((.(((.((.((((((((((...............-..)))))....))))).)).))).)).))).....(.(((..((((....))))..))).)..... ( -16.23)
>DroVir_CAF1 86895 100 - 1
UGUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUUGAAAAAACGAAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUAGUACGCAUAUUCGAUC-CA-C------U
...........(((((((...(((........)))......(((((((..((((((...................)))).))...)))))))))))-))-)------. ( -22.31)
>DroGri_CAF1 71775 101 - 1
UUUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUAC--AAAUAAAC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUAAUACGGUUAUCCAU---AAAUC-ACUUC
(((((.((.(((.((.((((((((((.....--........-..)))))....))))).)).))).)).)))))..........((....))..---.....-..... ( -18.06)
>DroMoj_CAF1 119568 105 - 1
UUUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUUAAGCAAAC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUAGUACGUAUUUCCGAUC-AGAAC-CGUUC
(((((.((((((.((.((((((((((...............-..)))))....))))).)).)))))).)))))......................-.....-..... ( -21.53)
>DroAna_CAF1 69005 104 - 1
UAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACA---GAAAUC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUAGUAGUAGUAGUAUUAGUAUCGCCGCCGC
((((((((.(((.((.((((((((((......---......-..)))))....))))).)).)))..((((...((....))..))))..)))))))).......... ( -18.74)
>DroPer_CAF1 71740 106 - 1
UAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUAAGAAAAUC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUAGUAUGAUCGCGAACUUAA-AACCACUUC
..(((.((((((.((.((((((((((...............-..)))))....))))).)).)))))).)))..........................-......... ( -20.03)
>consensus
UAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACU_AAAAAAAC_AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUAGUACGAAUAUCAAUUC_AAAAC_ACUUC
..(((.((.(((.((.((((((((((..................)))))....))))).)).))).)).))).................................... (-14.94 = -14.94 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	25,041,317 – 25,041,418
Length	101
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.61
Mean single sequence MFE	-33.39
Consensus MFE	-31.57
Energy contribution	-31.32
Covariance contribution	-0.25
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-4.35
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	2.80
SVM RNA-class probability	0.997112
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25041317 101 + 27905053
UACUGUUUUUAGUGGGUGGGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GAUUUUCUUAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUAACGGUAGUUCAAUCAUCA---AG---CA---------
(((((((.((((((((((.(((((.((....(((((..-.(((.....)))...))))))).))))).)))))))))).)))))))............---..---..--------- ( -32.60)
>DroVir_CAF1 86915 104 + 1
UACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUUCGUUUUUUCAAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAACAACGGUAGUUCAAUCAGCA---AA---UA--A---A--
(((((((.((((((((((.(((((.((....(((((..................))))))).))))).)))))))))).)))))))............---..---..--.---.-- ( -31.67)
>DroGri_CAF1 71799 104 + 1
UACUGUUUUUAGUGGGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GUUUAUUU--GUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAAAACGGUAGUUCAAUCAACA---GU---UA--UUGCA--
((((((((((((((((((.(((((.((....(((((..-........--.....))))))).))))).))))))))))))))))))............---..---..--.....-- ( -34.46)
>DroWil_CAF1 69755 106 + 1
UACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-AAAUAU-UUAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUAACGGUAGUUCAAUCAUCG---AA---AAUAA---AAA
(((((((.((((((((((.(((((.((....(((((..-.(((((-...)))))))))))).))))).)))))))))).)))))))............---..---.....---... ( -32.20)
>DroMoj_CAF1 119594 106 + 1
UACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GUUUGCUUAAGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAAAACGGUAGUUCAAUCUGCGUGAAA---UA--U---U--
((((((((((((((((((.(((((.((....(((((..-...(((....)))..))))))).))))).)))))))))))))))))).((((.......)))).---..--.---.-- ( -37.40)
>DroAna_CAF1 69033 101 + 1
UACUGUUUUUAGUGGGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU-GAUUUC---UGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUAACGGUAGUUCAAUCAGCA---AGGCCCA---------
(((((((.((((((((((.(((((.((....(((((..-.((...---.))...))))))).))))).)))))))))).)))))))............---.......--------- ( -32.00)
>consensus
UACUGUUUUUAGUGAGUGAGGGUCCAGUGUUUCACAUU_GAUUUUUU_AGUAUUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUAACGGUAGUUCAAUCAGCA___AA___UA______A__
(((((((.((((((((((.(((((.((....(((((..................))))))).))))).)))))))))).)))))))............................... (-31.57 = -31.32 +  -0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	25,041,317 – 25,041,418
Length	101
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.61
Mean single sequence MFE	-22.68
Consensus MFE	-18.49
Energy contribution	-18.49
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.29
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.75
SVM RNA-class probability	0.841237
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25041317 101 - 27905053
---------UG---CU---UGAUGAUUGAACUACCGUUAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUAAGAAAAUC-AAUGUGAAACACUGGACCCCCACCCACUAAAAACAGUA
---------..---..---............(((.(((.(((.((.(((.((.((((((((((...............-..)))))....))))).)).))).)).))).))).))) ( -17.93)
>DroVir_CAF1 86915 104 - 1
--U---U--UA---UU---UGCUGAUUGAACUACCGUUGUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUUGAAAAAACGAAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUA
--.---.--..---..---(((((....(((....))).(((.((((((.((.((((((((((.....((....)).....)))))....))))).)).)))))).)))...))))) ( -24.90)
>DroGri_CAF1 71799 104 - 1
--UGCAA--UA---AC---UGUUGAUUGAACUACCGUUUUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUAC--AAAUAAAC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUA
--..(((--(.---..---.)))).......(((.(((((((.((.(((.((.((((((((((.....--........-..)))))....))))).)).))).)).))))))).))) ( -22.96)
>DroWil_CAF1 69755 106 - 1
UUU---UUAUU---UU---CGAUGAUUGAACUACCGUUAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUAA-AUAUUU-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUA
...---.....---..---............(((.(((.(((.((((((.((.((((((((((((((....-.)))).-..)))))....))))).)).)))))).))).))).))) ( -23.90)
>DroMoj_CAF1 119594 106 - 1
--A---A--UA---UUUCACGCAGAUUGAACUACCGUUUUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACUUAAGCAAAC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACUCACUAAAAACAGUA
--.---.--..---.................(((.(((((((.((((((.((.((((((((((...............-..)))))....))))).)).)))))).))))))).))) ( -27.03)
>DroAna_CAF1 69033 101 - 1
---------UGGGCCU---UGCUGAUUGAACUACCGUUAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACA---GAAAUC-AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUA
---------..(((..---.)))........(((.(((.(((.((.(((.((.((((((((((......---......-..)))))....))))).)).))).)).))).))).))) ( -19.34)
>consensus
__U______UA___UU___UGCUGAUUGAACUACCGUUAUUAAUGAGUGUGGAUCUAGUCACAAAUACU_AAAAAAAC_AAUGUGAAACACUGGACCCUCACCCACUAAAAACAGUA
...............................(((.(((.(((.((.(((.((.((((((((((..................)))))....))))).)).))).)).))).))).))) (-18.49 = -18.49 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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