Locus 9419

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>3R_DroMel_CAF1 24944496 101 - 27905053
GGAUCGGCCGCACAGCAGCCCCUU---CCGGCUGCUGUGACGGCCUUUUACAACCAGG---AGGCGAUGGCCGCCGCCAUCGUGCUCUCCACGAUGAGCCACGCCUC--
.....(((((((((((((((....---..)))))))))).)))))............(---((((((((((....))))))((((((........))).))))))))-- ( -56.80)
>DroVir_CAF1 5944 98 - 1
GGGAAUGCCACACA---GCCCCAA---UCGGUGUCGGUGUCGGCAUUCUAUAAUCACGAGCAGGCAGUAGCUGCGGCACUGGUGCUCUCCUCGAUGAGC---GCCUC--
.((((((((((((.---(((....---..)))....)))).))))))))..........((..((((...)))).))...(((((((........))))---)))..-- ( -39.30)
>DroEre_CAF1 5575 101 - 1
GGAUCGGUCGCACAGCAGCCCCUA---CCGGCUGCAGUGACGGCCUUUUACAAUCAGG---AGGCAAUGGCCGCCGCCAUCGUGCUCUCCACGAUGAGCCACGCAUC--
((.((((((((((.((((((....---..)))))).))).)))))...........((---((((((((((....)))))..))).)))).....)).)).......-- ( -43.30)
>DroMoj_CAF1 5727 100 - 1
GGGAAUGCCACACA---GCCCCAA---UCGGUGUCGGUGUCGGCAUUCUAUAAUCACGAGCAGGCUGUGGCCGCCGCCUUGGUGUUAUCCUCGAUGAGU---GCCUCUG
.((((((((((((.---(((....---..)))....)))).))))))))....(((((((..(((....)))..(((....))).....)))).)))..---....... ( -33.60)
>DroAna_CAF1 5513 104 - 1
GUUCCGGCCGCACAGCAGCCACCAUCCCCGGCUGCCGUGACGGCCUUCUACAAUCACGACCAGGCAAUGGCCGCCGCCCUAGUGCUCUCCUCGCUGAGC---GUCGC--
.....((((((((.((((((.........)))))).))).)))))...........((((..(((....)))...........((((........))))---)))).-- ( -41.60)
>DroPer_CAF1 5897 95 - 1
CUUAAUGCCGCACAGCCA---UCG---AAGGCACCAGUGUCGGCAUUCUACAAUCACG---AGGCGAUGGCAGCAGCCCUCGUCCUCUCCUCGAUGAGC---UCCUU--
...((((((((((.(((.---...---..)))....))).)))))))......(((((---((((((.(((....))).)))......))))).)))..---.....-- ( -32.00)
>consensus
GGAAAGGCCGCACAGCAGCCCCAA___CCGGCUGCAGUGACGGCAUUCUACAAUCACG___AGGCAAUGGCCGCCGCCCUCGUGCUCUCCUCGAUGAGC___GCCUC__
.....((((((((....(((.........)))....))).))))).................(((...(((....))).....((((........))))...))).... (-19.24 = -19.72 +   0.47) 

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Window 0

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>3R_DroMel_CAF1 24944534 94 - 27905053
GCCCAGU---ACGCCCACGCGCCAAUGACAUUCGGGAUCGGCCGCACAGCAGCCCCUU---CCGGCUGCUGUGACGGCCUUUUACAACCAGG---AGGCGAUG
.......---.((((..(...((..........))....(((((((((((((((....---..)))))))))).)))))...........).---.))))... ( -40.30)
>DroVir_CAF1 5979 94 - 1
AGCUGGC---GCCUCCACGCAUCAAUGACAUACGGGGAAUGCCACACA---GCCCCAA---UCGGUGUCGGUGUCGGCAUUCUAUAAUCACGAGCAGGCAGUA
.(((.((---((......))...............((((((((((((.---(((....---..)))....)))).))))))))..........)).))).... ( -28.10)
>DroEre_CAF1 5613 94 - 1
GCCCAGU---ACGCCUUCGCGCCAAUGACAUUCGGGAUCGGUCGCACAGCAGCCCCUA---CCGGCUGCAGUGACGGCCUUUUACAAUCAGG---AGGCAAUG
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>DroYak_CAF1 5453 94 - 1
GCCAAAU---ACGCCUUCGCGCCAAUGACAUUCGGGAUCGGCCGCACAGCAGCCCCUA---CCGGCUGCAGUGACGGCCUUUUACAACCAGG---AGGCGAUG
.......---.(((((((...((..........))....((((((((.((((((....---..)))))).))).)))))...........))---)))))... ( -39.20)
>DroMoj_CAF1 5764 97 - 1
UGCCGGGAAACCAACAACGCAUCAAUGACAUACGGGGAAUGCCACACA---GCCCCAA---UCGGUGUCGGUGUCGGCAUUCUAUAAUCACGAGCAGGCUGUG
.(((((....))......((.((..(((.......((((((((((((.---(((....---..)))....)))).))))))))....))).)))).))).... ( -33.00)
>DroAna_CAF1 5548 100 - 1
GGCGGGC---ACCUCCCCGCGCCAAUGACAAACAGUUCCGGCCGCACAGCAGCCACCAUCCCCGGCUGCCGUGACGGCCUUCUACAAUCACGACCAGGCAAUG
.(((((.---.....)))))(((...(((.....)))..((((((((.((((((.........)))))).))).))))).................))).... ( -41.40)
>consensus
GCCCAGU___ACGCCCACGCGCCAAUGACAUACGGGAUCGGCCGCACAGCAGCCCCUA___CCGGCUGCAGUGACGGCCUUCUACAAUCACG___AGGCAAUG
....................(((..((.....)).....((((((((.((((((.........)))))).))).))))).................))).... (-20.90 = -21.40 +   0.50) 

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