Locus 9417

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,942,676 – 24,942,796
Length 120
Max. P 0.729216
window15087

overview

Window 7

Location 24,942,676 – 24,942,796
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.50
Mean single sequence MFE -48.68
Consensus MFE -22.99
Energy contribution -22.25
Covariance contribution -0.74
Combinations/Pair 1.47
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 0.42
SVM RNA-class probability 0.729216
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24942676 120 - 27905053
UCUCGGCAUUGGCGCGACGCAAUUCAUCGCGUCGCUCGCCGAGGACGCGCAGUCUCUGUCCCGUGCCGGAGAUUAGUUGCUGUAGGAGCUCCAGUUGCUUUCGCUUGGCCUUGAUGGCCA
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>DroPse_CAF1 3878 120 - 1
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>DroWil_CAF1 3567 120 - 1
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>DroYak_CAF1 3600 120 - 1
UCUCGGCAUUGGCGCGACGCAAUUCAUCGCGUCGCUCGCCGAGAACGCGCAGUCUCUGUCCGGUGCCGGUGAUAAGUUGCUGUAGGAGCUCCAGUUGCUUUCGCUUGGCCUUAAUGGCCA
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>DroAna_CAF1 3705 120 - 1
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>DroPer_CAF1 3889 120 - 1
UCUCGGCAUUCGCCAGACGCAGCUCAUCGCGCCGCUCGCCCAGCACCAGCAGCCGCUGUGUGGUGCUGCCGAUCAGCUGCUGCAGCAGCUCCAGCUGUUUGCGCUUGGCUUUGAUGGCCA
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>consensus
UCUCGGCAUUGGCCCGACGCAGCUCAUCGCGCCGCUCGCCCAGAACCAGCAGUCGCUGUCCGGUGCUGCCGAUCAGCUGCUGCAGCAGCUCCAGCUGCUUUCGCUUGGCCUUGAUGGCCA
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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