| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 24,932,028 – 24,932,138 |
| Length | 110 |
| Max. P | 0.604341 |
| Location | 24,932,028 – 24,932,138 |
|---|---|
| Length | 110 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 113 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.22 |
| Mean single sequence MFE | -43.90 |
| Consensus MFE | -25.28 |
| Energy contribution | -24.79 |
| Covariance contribution | -0.49 |
| Combinations/Pair | 1.41 |
| Mean z-score | -1.83 |
| Structure conservation index | 0.58 |
| SVM decision value | 0.14 |
| SVM RNA-class probability | 0.604341 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 24932028 110 + 27905053 CAGAACAGCGGCGACUCGCUGCAGUUCUCCCUGGGUUCGAUCCUCGGUGACAGCAUGCUGGACGAUCAACGGCAAGCAGGA---GCCAAUUUGCCCAGCUGCCAGCAGGAGCA .(((((.((((((...)))))).))))).((((.(((.((((.(((....)((....)).)).)))))))((((.((.((.---((......)))).))))))..)))).... ( -40.80) >DroVir_CAF1 2439 104 + 1 CAGAACAGCGGUGAUUCGUUACAGUUCUCAUUGGGCUCUUUUCUGGGCGACAGUAUACUGGACGAUCAGCGGCAAGCG------GCCAAUUUGCCCAGCUGCCAGCAGGA--- .......(((.((((.((((.((((....((((.((((......))))..))))..)))))))))))).)((((.(((------((......)))..)))))).))....--- ( -34.80) >DroPse_CAF1 2562 113 + 1 CAGAACAGCGCCGACUCGCUGCAGUUCUCGCUGGGCUCGAUCCUGGGCGACAGCAUGCUGGAGGACCAGCGGCAGGGAGGCCAGGCCAAUCUGCCGAGCUGCCAGCAGGAGCA .....(((((......)))))..((((..((((((((((....)))))..((((..(((((....)))))((((((..(((...)))..))))))..)))))))))..)))). ( -55.80) >DroGri_CAF1 2600 107 + 1 CAGAAUAGCGGCGAUUCGUUGCAAUUCUCGCUGGGCUCGUUUUUGGGCGACAGCAUGCUGGACGAUCAGCGACAAGCG------GCUAAUUUGCCCAGCUGCCAGCAGGAGCA .(((((.((((((...)))))).))))).((((((((((....)))))..((((.(((((......)))))....(.(------((......)))).)))))))))....... ( -41.10) >DroMoj_CAF1 2673 107 + 1 CAGAACAGCGGCGAUUCGCUGCAGUUCUCGUUGGGCUCCUUCUUGGGCGAUAGUAUACUAGACGAUCAGCGGCAAGCG------GCAAACUUGCCCAGCUGCCAACAGGAGCA .(((((.((((((...)))))).)))))......((((((..((((.((.(((....)))..))..((((((((((..------.....))))))..)))))))).)))))). ( -42.10) >DroAna_CAF1 2141 107 + 1 CAGAACAGCGGGGACUCCCUGCAGUUCUCUCUGGGAUCCAUCCUGGGUGACAGUAUCCUGGAGGAUCAGAGGCAGCCUGG------UAACUUGGCCAGUUGCCAGCAGGAGCA .(((((.((((((...)))))).))))).((((.(((((.(((.(((((....))))).))))))))...((((((.(((------(......))))))))))..)))).... ( -48.80) >consensus CAGAACAGCGGCGACUCGCUGCAGUUCUCGCUGGGCUCGAUCCUGGGCGACAGCAUGCUGGACGAUCAGCGGCAAGCG______GCCAAUUUGCCCAGCUGCCAGCAGGAGCA .(((((.((((((...)))))).))))).(((((((((......))))..(((....))).....)))))((((((.............))))))..(((.((....))))). (-25.28 = -24.79 + -0.49)
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