Locus 9411

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,927,811 – 24,927,913
Length 102
Max. P 0.597661
window15078

overview

Window 8

Location 24,927,811 – 24,927,913
Length 102
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.59
Mean single sequence MFE -39.00
Consensus MFE -26.18
Energy contribution -27.55
Covariance contribution 1.37
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.597661
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24927811 102 - 27905053
CUACUUGCCGUUGUGGUGAUGGCCAG---UCCAUUUGUGAUUGGCUGGAUGGGAUGCACUAUUUGUUGCUGCGGUGGCUGAGGACGCAGUGGCAUUGAAAGUGUC
...(((((((..(..(..((((((((---(((....).))))))))((((((......))))))))..)..)..)))).)))(((((.............))))) ( -36.02)
>DroSec_CAF1 40886 102 - 1
CUACUGGCCGUUGUGGUGAUGGCCAG---UCCAUUCGUGAUUGGCUGGAUGAGAUGUACUAUUUGCUGCUGCGGUGGCUGAGGACGCAGUGGCAUUGAAAGUGUC
...(((((((((.....)))))))))---((((..((....))..)))).......((((...(((..(((((...........)))))..))).....)))).. ( -36.70)
>DroEre_CAF1 39633 102 - 1
CUGCUGGCCGUUGUGGUGAUGGCCAG---UCCGUUCGUGAUUGGUUGGAUGGGAUGCACUAUUUGCUGCUGCGGUGGCUGAGGUCGCAGUGGCAUAGAAAGUGUC
..((((((((((.....)))))))))---)(((((((........)))))))...(((((.((((.(((..(.(((((....))))).)..))))))).))))). ( -44.00)
>DroWil_CAF1 4851 105 - 1
GUCGUUGCUGUCGUCGUAAUGGCCAGCUGUCCGUUGCUUAUCGGCUGUAUGGGAUGAACAAUCUGCUGCUGCGGUGGUUGAGGCCUCAAUGGAAUCGUGAGGGUU
((((((((.......))))))))((((((.((((.(((....))).(((..((((.....))))..))).))))))))))...(((((.((....)))))))... ( -28.90)
>DroYak_CAF1 40110 102 - 1
CUACUGGCCGUUGUGGUGAUGGCCAG---UCCGUUUGUGAUUGGCUGGAUGGGAUGCACUAUUUGCUGCUGCGGUGGCUGAGGACGCAGUGGCAUAGAAAGUGUC
..((((((((((.....)))))))))---)((((((((.....)).))))))...(((((...(((..(((((...........)))))..))).....))))). ( -39.90)
>DroAna_CAF1 4784 102 - 1
GAACUGGCUGUUGUUGUGACUGCCAG---UCCAUUGCUGAUCGGCUGGAUGGGAUGCACAAUCUGCUGCUGUGGCGGCUGGGGGCGCAGUGGCAGCGACAGCGUU
......(((((((((((.(((((..(---(((...((((..((((.((...((((.....)))).))))))...))))...))))))))).)))))))))))... ( -48.50)
>consensus
CUACUGGCCGUUGUGGUGAUGGCCAG___UCCAUUCGUGAUUGGCUGGAUGGGAUGCACUAUUUGCUGCUGCGGUGGCUGAGGACGCAGUGGCAUAGAAAGUGUC
...(((((((((.....)))))))))....(((((((........)))))))(((((......((((((((((...........))))))))))......))))) (-26.18 = -27.55 +   1.37)

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