Locus 9409

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,924,824 – 24,924,997
Length 173
Max. P 0.943519
window15073 window15074 window15075 window15076

overview

Window 3

Location 24,924,824 – 24,924,933
Length 109
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.48
Mean single sequence MFE -45.60
Consensus MFE -33.62
Energy contribution -35.90
Covariance contribution 2.28
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 1.34
SVM RNA-class probability 0.943519
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24924824 109 + 27905053
CCAGGCGCAGGCGCCACGAUCUCAGCCGUUUGCCACGACGGCCACGUUGAACACCCAGCUCCUUGGCCAGAGUGUAGCCGCCCAGCUGCAGAACUUACAGCUGGC---UGCG--------
...((((((((((.(.........).)))))))(((...(((((.((((......))))....)))))...)))..)))(((((((((.........))))))).---.)).-------- ( -39.30)
>DroVir_CAF1 51065 116 + 1
----GCCCAGACGCCACGAUCUCAGCCGUUUACCACAACGGCCACCAUCAACACCCAGUUACUGGGUCAGAGUGUUGCGGCACAGCUGCAAAAUUUACAGCUAGCCGCUGCAGCGGCUGC
----........(((.(((((((.((((((......))))))..........((((((...))))))..))).)))).)))..(((((.........)))))((((((....)))))).. ( -43.80)
>DroPse_CAF1 1771 112 + 1
CCAGGCGCAGGCGCCACGAUCUCAGCCGUUUGCCACGACGGCCACCCUGAACACACAGCUCCUGGGCCAGAGCGUGGCCCAACAGCUGCAGAACCUCCAGCUGGCGGCCGCC--------
...(((.((((.((.......(((((((((......)))))).....))).......)).)))).))).....((((((...((((((.((...)).))))))..)))))).-------- ( -45.84)
>DroWil_CAF1 1775 107 + 1
--AGGCGCAGGCGCCACGAUCUCAGCCGUUCGCUACGACGGCAACCAUCAAUACCCAGCUCCUGGGGCAGAGUGUAGCGGCCCAGUUGCAGAACCUGCAGCUGGC---AGCU--------
--.((((....))))(((.((((.((((((......))))))...........(((((...)))))).))).)))(((.(((.((((((((...)))))))))))---.)))-------- ( -45.50)
>DroMoj_CAF1 43724 116 + 1
----GCGCAAACGCCACGAUCUCAGCCGUUCACCACAACGGCCACCAUCAACACCCAGUUGCUGGGCCAGAGCGUUGCGGCUCAGCUGCAGAAUUUGCAGCUGGCUGCAGCGGCAGCUGC
----..(((...(((.....(((.((((((......))))))..(((.((((.....)))).)))....))).((((((((.(((((((((...))))))))))))))))))))...))) ( -53.30)
>DroPer_CAF1 1751 111 + 1
-CAGGCGCAGGCGCCACGAUCUCAGCCGUUUGCCACGACGGCCACCCUGAACACACAGCUCCUGGGCCAGAGCGUGGCCCAACAGCUGCAGAACCUCCAGCUGGCGGCCGCC--------
-..(((.((((.((.......(((((((((......)))))).....))).......)).)))).))).....((((((...((((((.((...)).))))))..)))))).-------- ( -45.84)
>consensus
__AGGCGCAGGCGCCACGAUCUCAGCCGUUUGCCACGACGGCCACCAUCAACACCCAGCUCCUGGGCCAGAGCGUAGCCGCACAGCUGCAGAACCUACAGCUGGC_GCAGCC________
...((((....)))).....(((.((((((......))))))...........(((((...)))))...))).((((((((.((((((.........))))))))))))))......... (-33.62 = -35.90 +   2.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 24,924,824 – 24,924,933
Length 109
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.48
Mean single sequence MFE -54.92
Consensus MFE -33.11
Energy contribution -34.20
Covariance contribution 1.09
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.16
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 1.13
SVM RNA-class probability 0.920097
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24924824 109 - 27905053
--------CGCA---GCCAGCUGUAAGUUCUGCAGCUGGGCGGCUACACUCUGGCCAAGGAGCUGGGUGUUCAACGUGGCCGUCGUGGCAAACGGCUGAGAUCGUGGCGCCUGCGCCUGG
--------((((---((((((((((.....)))))))))(((.((((.(((.(((((..((((.....))))....)))))(((((.....))))).)))...))))))))))))..... ( -51.50)
>DroVir_CAF1 51065 116 - 1
GCAGCCGCUGCAGCGGCUAGCUGUAAAUUUUGCAGCUGUGCCGCAACACUCUGACCCAGUAACUGGGUGUUGAUGGUGGCCGUUGUGGUAAACGGCUGAGAUCGUGGCGUCUGGGC----
.(((.(((..(.(((((((((((((.....)))))))).))))).........((((((...))))))...(((..((((((((......))))))))..))))..))).)))...---- ( -56.30)
>DroPse_CAF1 1771 112 - 1
--------GGCGGCCGCCAGCUGGAGGUUCUGCAGCUGUUGGGCCACGCUCUGGCCCAGGAGCUGUGUGUUCAGGGUGGCCGUCGUGGCAAACGGCUGAGAUCGUGGCGCCUGCGCCUGG
--------((((((((((..(((((.(...(((((((.((((((((.....)))))))).)))))))).)))))))))))))))..(((.....)))........((((....))))... ( -59.50)
>DroWil_CAF1 1775 107 - 1
--------AGCU---GCCAGCUGCAGGUUCUGCAACUGGGCCGCUACACUCUGCCCCAGGAGCUGGGUAUUGAUGGUUGCCGUCGUAGCGAACGGCUGAGAUCGUGGCGCCUGCGCCU--
--------((((---(((((.(((((...))))).))))..((((((((((.(((....).)).))))...(((((...)))))))))))..)))))........((((....)))).-- ( -45.30)
>DroMoj_CAF1 43724 116 - 1
GCAGCUGCCGCUGCAGCCAGCUGCAAAUUCUGCAGCUGAGCCGCAACGCUCUGGCCCAGCAACUGGGUGUUGAUGGUGGCCGUUGUGGUGAACGGCUGAGAUCGUGGCGUUUGCGC----
(((((....))))).((((((((((.....)))))))).))(((((((((...((((((...))))))...(((..((((((((......))))))))..)))..)))).))))).---- ( -57.40)
>DroPer_CAF1 1751 111 - 1
--------GGCGGCCGCCAGCUGGAGGUUCUGCAGCUGUUGGGCCACGCUCUGGCCCAGGAGCUGUGUGUUCAGGGUGGCCGUCGUGGCAAACGGCUGAGAUCGUGGCGCCUGCGCCUG-
--------((((((((((..(((((.(...(((((((.((((((((.....)))))))).)))))))).)))))))))))))))..(((.....)))........((((....))))..- ( -59.50)
>consensus
________CGCAGC_GCCAGCUGCAAGUUCUGCAGCUGUGCCGCAACACUCUGGCCCAGGAGCUGGGUGUUCAUGGUGGCCGUCGUGGCAAACGGCUGAGAUCGUGGCGCCUGCGCCU__
.........((((..((((((((((.....))))))))....(((((.(((.(((((..((((.....))))...).))))(((((.....))))).)))...)))))))))))...... (-33.11 = -34.20 +   1.09)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 24,924,904 – 24,924,997
Length 93
Sequences 6
Columns 96
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.87
Mean single sequence MFE -33.87
Consensus MFE -16.18
Energy contribution -16.85
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -3.23
Structure conservation index 0.48
SVM decision value 1.05
SVM RNA-class probability 0.907565
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24924904 93 + 27905053
CCCAGCUGCAGAACUUACAGCUGGC---UGCGGCCCAAAUUCAGAUGCCCAACGGCCUCACCGCCAUAUCCCAACUGCCAGCUCAUUUGCAGCAGA
....((((((((......(((((((---((.(((............)))))..(((......)))...........)))))))..))))))))... ( -31.20)
>DroPse_CAF1 1851 96 + 1
AACAGCUGCAGAACCUCCAGCUGGCGGCCGCCGCCCAAAUCCAGAUGCCCAACGGCCUGACGGCCAUCUCCCAGCUGCCCGCCCACCUGCAGCAGA
....(((((((......(((((((.(((....)))..................((((....)))).....))))))).........)))))))... ( -34.76)
>DroEre_CAF1 36712 93 + 1
CCCAGCUGCAAAACUUGCAGCUGGC---UGCGGCCCAAAUUCAGAUGCCCAACGGCCUCACCGCCAUAUCGCAACUGCCAGCUCAUCUGCAACAGA
.(((((((((.....)))))))))(---((.(((.........((.(((....))).))...((......))....))).((......))..))). ( -30.70)
>DroWil_CAF1 1853 93 + 1
CCCAGUUGCAGAACCUGCAGCUGGC---AGCUGCCCAGAUUCAAAUGCCGAACGGGUUGACAGCCAUCUCCCAGCUGCCGGCUCAUCUGCAGCAGA
....((((((((...((.(((((((---(((((...((((((((...((....)).)))).....))))..))))))))))))))))))))))... ( -41.50)
>DroAna_CAF1 1870 84 + 1
---AGCUGCA--ACU----GGCGGC---GGCAGCCCAAAUCCAGAUGCCCAAUGGCCUCACCACCAUCUCCCAGCUGCCAGCCCACCUGCAGCAGA
---.((((((--.((----((((((---((((.............))))..((((........))))......))))))))......))))))... ( -30.82)
>DroPer_CAF1 1830 96 + 1
AACAGCUGCAGAACCUCCAGCUGGCGGCCGCCGCUCAAAUCCAGAUGCCCAACGGCCUGACGGCCAUCUCCCAGCUGCCCGCCCACCUGCAGCAGA
....(((((((......(((((((.((..((((.(((.........(((....))).)))))))...)).))))))).........)))))))... ( -34.26)
>consensus
CCCAGCUGCAGAACCUCCAGCUGGC___CGCCGCCCAAAUCCAGAUGCCCAACGGCCUCACCGCCAUCUCCCAGCUGCCAGCCCACCUGCAGCAGA
....(((((((...........(((.......)))......(((.((......(((......)))......)).))).........)))))))... (-16.18 = -16.85 +   0.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 24,924,904 – 24,924,997
Length 93
Sequences 6
Columns 96
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.87
Mean single sequence MFE -40.63
Consensus MFE -30.01
Energy contribution -29.73
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.849486
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24924904 93 - 27905053
UCUGCUGCAAAUGAGCUGGCAGUUGGGAUAUGGCGGUGAGGCCGUUGGGCAUCUGAAUUUGGGCCGCA---GCCAGCUGUAAGUUCUGCAGCUGGG
((.((((((...(((((.((((((((......(((((...(((....)))..((......))))))).---.)))))))).))))))))))).)). ( -39.50)
>DroPse_CAF1 1851 96 - 1
UCUGCUGCAGGUGGGCGGGCAGCUGGGAGAUGGCCGUCAGGCCGUUGGGCAUCUGGAUUUGGGCGGCGGCCGCCAGCUGGAGGUUCUGCAGCUGUU
...((((((((...((...(((((((....((((((((..(((....))).(((......))).)))))))))))))))...)))))))))).... ( -44.00)
>DroEre_CAF1 36712 93 - 1
UCUGUUGCAGAUGAGCUGGCAGUUGCGAUAUGGCGGUGAGGCCGUUGGGCAUCUGAAUUUGGGCCGCA---GCCAGCUGCAAGUUUUGCAGCUGGG
..((((((((.((......)).))))))))..(((((...(((....)))..((......))))))).---.(((((((((.....))))))))). ( -37.00)
>DroWil_CAF1 1853 93 - 1
UCUGCUGCAGAUGAGCCGGCAGCUGGGAGAUGGCUGUCAACCCGUUCGGCAUUUGAAUCUGGGCAGCU---GCCAGCUGCAGGUUCUGCAACUGGG
.....((((((...(((.((((((((....((((((((.....(((((.....)))))...)))))))---))))))))).)))))))))...... ( -39.10)
>DroAna_CAF1 1870 84 - 1
UCUGCUGCAGGUGGGCUGGCAGCUGGGAGAUGGUGGUGAGGCCAUUGGGCAUCUGGAUUUGGGCUGCC---GCCGCC----AGU--UGCAGCU---
...(((((((.((((.((((((((.(((((((((((.....))))....)))))....)).)))))))---).).))----).)--)))))).--- ( -40.20)
>DroPer_CAF1 1830 96 - 1
UCUGCUGCAGGUGGGCGGGCAGCUGGGAGAUGGCCGUCAGGCCGUUGGGCAUCUGGAUUUGAGCGGCGGCCGCCAGCUGGAGGUUCUGCAGCUGUU
...((((((((...((...(((((((..(((....))).((((((((..((........))..)))))))).)))))))...)))))))))).... ( -44.00)
>consensus
UCUGCUGCAGAUGAGCUGGCAGCUGGGAGAUGGCGGUCAGGCCGUUGGGCAUCUGAAUUUGGGCCGCA___GCCAGCUGCAAGUUCUGCAGCUGGG
...((((((...(((((..(((((((......(((((...(((....))).((.......))))))).....)))))))..))))))))))).... (-30.01 = -29.73 +  -0.27)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:34:04 2006