Locus 939

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	3,122,778 – 3,122,911
Length	133
Max. P	0.967954

overview

Window 8

Location	3,122,778 – 3,122,872
Length	94
Sequences	4
Columns	100
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.81
Mean single sequence MFE	-32.55
Consensus MFE	-28.09
Energy contribution	-28.65
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.57
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	0.39
SVM RNA-class probability	0.718376
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3122778 94 + 27905053
GACACACACACACACGCACAGACGCAGCUGCU------GGUGCUGAUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGACGGAAGUC
................(((((...((((....------...))))...))).))...(((.(((.((((((....)))))).))).))).(((....))) ( -30.50)
>DroSec_CAF1 10382 94 + 1
GACACAC------ACGCACAGACGCAGCUGCUGGUGCUGGUGCUGAUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGACGGAAGUC
....(((------(.((((((((.((((.......)))))).))).))))).))...(((.(((.((((((....)))))).))).))).(((....))) ( -35.20)
>DroSim_CAF1 15689 94 + 1
GACACAC------ACGCACAGACGCAGCUGCUGGUGCUGGUGCUGAUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGACGGAAGUC
....(((------(.((((((((.((((.......)))))).))).))))).))...(((.(((.((((((....)))))).))).))).(((....))) ( -35.20)
>DroYak_CAF1 14069 88 + 1
GACACAC------ACGCACAGACGCAGCUGC------UGAUGUUGAUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGUCGGAAGUC
(((...(------(.(((..(((((((...)------)).))))..))))).(((..(((.(((.((((((....)))))).))).)))..)))...))) ( -29.30)
>consensus
GACACAC______ACGCACAGACGCAGCUGCU_____UGGUGCUGAUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGACGGAAGUC
................(((((...((((.(((......)))))))...))).))...(((.(((.((((((....)))))).))).))).(((....))) (-28.09 = -28.65 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	3,122,810 – 3,122,911
Length	101
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.65
Mean single sequence MFE	-39.70
Consensus MFE	-31.41
Energy contribution	-31.88
Covariance contribution	0.47
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-4.21
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.62
SVM RNA-class probability	0.967954
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3122810 101 + 27905053
-GGUGCUGAUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGACGGAAGUCCACUCUAACCAACAGC-CCAGCACCAAAUACAAGUCCAGC
-(((((((..((((.((...(((.(((.((((((....)))))).))).)))((((....))))........)).))))-.)))))))............... ( -45.70)
>DroPse_CAF1 10245 86 + 1
ACACGCAGCUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGACGGAAGUCCUCUCUAACCAACAUUGCCAGCC-----------------
.......((((..((((...(((.(((.((((((....)))))).))).)))((((....))))...........))))..)))).----------------- ( -33.90)
>DroSec_CAF1 10413 102 + 1
UGGUGCUGAUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGACGGAAGUCCACUCUAACCAACAGC-CCAGCACCAAAUACAAGUCCAGC
((((((((..((((.((...(((.(((.((((((....)))))).))).)))((((....))))........)).))))-.)))))))).............. ( -46.40)
>DroSim_CAF1 15720 102 + 1
UGGUGCUGAUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGACGGAAGUCCACUCUAACCAACAGC-CCAGCACCAAAUACAAGUCCAGC
((((((((..((((.((...(((.(((.((((((....)))))).))).)))((((....))))........)).))))-.)))))))).............. ( -46.40)
>DroPer_CAF1 10208 86 + 1
ACACGCAGCUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGACGGAAGUCCUCUCUAACCAACAUUGCCAGCC-----------------
.......((((..((((...(((.(((.((((((....)))))).))).)))((((....))))...........))))..)))).----------------- ( -33.90)
>DroYak_CAF1 14094 98 + 1
UGAUGUUGAUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGUCGGAAGUCCCCUCUA----ACAGC-CCAGCACCAAAUACCAGUCCAGC
((.(((((..((((.((.(((((.(((.((((((....)))))).))).)))((.(....).)).)).))----.))))-.))))).)).............. ( -31.90)
>consensus
UGAUGCUGAUGCUGAUGAAGAUGACCAGAGCCAUGGACAUGGCUGUGGACAUGGACGGAAGUCCACUCUAACCAACAGC_CCAGCACCAAAUACAAGUCCAGC
....((((..((((......(((.(((.((((((....)))))).))).)))((((....))))...........))))..)))).................. (-31.41 = -31.88 +   0.47)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	3,122,810 – 3,122,911
Length	101
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.65
Mean single sequence MFE	-39.02
Consensus MFE	-30.87
Energy contribution	-33.95
Covariance contribution	3.08
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-3.36
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.39
SVM RNA-class probability	0.949750
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3122810 101 - 27905053
GCUGGACUUGUAUUUGGUGCUGG-GCUGUUGGUUAGAGUGGACUUCCGUCCAUGUCCACAGCCAUGUCCAUGGCUCUGGUCAUCUUCAUCAGCAUCAGCACC-
...............((((((((-((((.(((..(((((((((....))))))(.(((.((((((....)))))).))).).)))))).)))).))))))))- ( -43.30)
>DroPse_CAF1 10245 86 - 1
-----------------GGCUGGCAAUGUUGGUUAGAGAGGACUUCCGUCCAUGUCCACAGCCAUGUCCAUGGCUCUGGUCAUCUUCAUCAGCAGCUGCGUGU
-----------------.....(((.(((((((..((((((((....)))).((.(((.((((((....)))))).))).)))))).)))))))..))).... ( -33.20)
>DroSec_CAF1 10413 102 - 1
GCUGGACUUGUAUUUGGUGCUGG-GCUGUUGGUUAGAGUGGACUUCCGUCCAUGUCCACAGCCAUGUCCAUGGCUCUGGUCAUCUUCAUCAGCAUCAGCACCA
..............(((((((((-((((.(((..(((((((((....))))))(.(((.((((((....)))))).))).).)))))).)))).))))))))) ( -45.10)
>DroSim_CAF1 15720 102 - 1
GCUGGACUUGUAUUUGGUGCUGG-GCUGUUGGUUAGAGUGGACUUCCGUCCAUGUCCACAGCCAUGUCCAUGGCUCUGGUCAUCUUCAUCAGCAUCAGCACCA
..............(((((((((-((((.(((..(((((((((....))))))(.(((.((((((....)))))).))).).)))))).)))).))))))))) ( -45.10)
>DroPer_CAF1 10208 86 - 1
-----------------GGCUGGCAAUGUUGGUUAGAGAGGACUUCCGUCCAUGUCCACAGCCAUGUCCAUGGCUCUGGUCAUCUUCAUCAGCAGCUGCGUGU
-----------------.....(((.(((((((..((((((((....)))).((.(((.((((((....)))))).))).)))))).)))))))..))).... ( -33.20)
>DroYak_CAF1 14094 98 - 1
GCUGGACUGGUAUUUGGUGCUGG-GCUGU----UAGAGGGGACUUCCGACCAUGUCCACAGCCAUGUCCAUGGCUCUGGUCAUCUUCAUCAGCAUCAACAUCA
........(((..((((((((((-.....----..(((....)))..((..(((.(((.((((((....)))))).))).)))..)).)))))))))).))). ( -34.20)
>consensus
GCUGGACUUGUAUUUGGUGCUGG_GCUGUUGGUUAGAGUGGACUUCCGUCCAUGUCCACAGCCAUGUCCAUGGCUCUGGUCAUCUUCAUCAGCAUCAGCACCA
...............((((((((.((((.(((..(((..((((....)))).((.(((.((((((....)))))).))).)))))))).)))).)))))))). (-30.87 = -33.95 +   3.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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