Locus 9375

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,899,795 – 24,899,886
Length 91
Max. P 0.999755
window15003

overview

Window 3

Location 24,899,795 – 24,899,886
Length 91
Sequences 5
Columns 91
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.53
Mean single sequence MFE -31.54
Consensus MFE -28.72
Energy contribution -28.56
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -3.31
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 4.01
SVM RNA-class probability 0.999755
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24899795 91 + 27905053
GAGGGAGGCAGAGCAGCGGGAGCAAAGCUCAUCCAUUAGUUGUCGUCACACACAACCUGAGAUAUAUUCUCAUUGUUCUUGCUUCUGUUUC
....((((((((..(((((((((((.............(((((.(.....)))))).(((((.....)))))))))))))))))))))))) ( -30.50)
>DroSec_CAF1 12814 88 + 1
GAGGGAGGCAGAG---CGGGAGCAAAGCUCAUCCAUUAGUUGUCGUCACACACAACCUGAGAUAUAUUCUCAUUGUUCUUGAUUCUGCUUC
....(((((((((---(((((((((.............(((((.(.....)))))).(((((.....)))))))))))))).))))))))) ( -30.60)
>DroSim_CAF1 12145 88 + 1
GAGGGAGGCAGAG---CGGGAGCAAAGCUCAUCCAUUAGUUGUCGUCACACACAACCUGAGAUAUAUUCUCAUUGUUCUUGAUUCUGCUUC
....(((((((((---(((((((((.............(((((.(.....)))))).(((((.....)))))))))))))).))))))))) ( -30.60)
>DroEre_CAF1 12905 88 + 1
GAGGGAGGCAGAG---CGGGAGCAAAGCUCAUCCAUUAGUUGUCGUCACACACAACCUGAGAUAUAUUCUCAUUGUUCUUGCUUCUGCUUC
....(((((((((---(((((((((.............(((((.(.....)))))).(((((.....))))))))))))))).)))))))) ( -33.00)
>DroYak_CAF1 12998 88 + 1
GAGGGAGGCAGAG---CGGGAGCAAAGCUCAUCCAUUAGUUGUCGUCACACACAACCUGAGAUAUAUUCUCAUUGUUCUUGCUUCUGCUUC
....(((((((((---(((((((((.............(((((.(.....)))))).(((((.....))))))))))))))).)))))))) ( -33.00)
>consensus
GAGGGAGGCAGAG___CGGGAGCAAAGCUCAUCCAUUAGUUGUCGUCACACACAACCUGAGAUAUAUUCUCAUUGUUCUUGCUUCUGCUUC
....(((((((((...(((((((((.............(((((.(.....)))))).(((((.....)))))))))))))).))))))))) (-28.72 = -28.56 +  -0.16)

alignment

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secondary structure

Postscript

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Postscript

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