Locus 9335

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	24,803,633 – 24,803,787
Length	154
Max. P	0.998561

overview

Window 8

Location	24,803,633 – 24,803,725
Length	92
Sequences	5
Columns	94
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.52
Mean single sequence MFE	-34.30
Consensus MFE	-32.70
Energy contribution	-32.90
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	3.14
SVM RNA-class probability	0.998561
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24803633 92 - 27905053
--UGCAUCUGCAUCUGCAAGUGCAUCUGGUGCAGAUGGUGGACGGUGAUUAUCUCGAAUCUGGCUCUCCGGUAAUCGAUGGCCGCCAUCACUGA
--...((((((((((((....)))...)))))))))(((((.((((.(.....((((..((((....))))...))))).)))))))))..... ( -34.40)
>DroSec_CAF1 19892 92 - 1
--UGCAUCUGCAUCUGCAACUGCAUCUGGUGCAGAUGGUGGACGGUGAUUAUCUCGACUCUGGCUCUCCGGUAAUCGAUGGCCGCCAUCACUGG
--...((((((((((((....)))...)))))))))(((((.((((.(.....((((..((((....))))...))))).)))))))))..... ( -34.40)
>DroSim_CAF1 20031 94 - 1
UCUGCAUCUGCAUCUGCAACUGCAUCUGGUGCAGAUGGUGGACGGUGAUUAUCUCGAAUCUGGCUCUCCGGUAAUCGAUGGCCGCCAUCACUGG
.....((((((((((((....)))...)))))))))(((((.((((.(.....((((..((((....))))...))))).)))))))))..... ( -34.40)
>DroEre_CAF1 14602 94 - 1
UCUGCAUCUGCAUCUGCAAGUGCAUCUGGUGCAGAUGGUGGACGGUGAUUAUCCCGAAUCUGGCUUUCCGGUAAUCGAUGGCCGCCAUCACUGG
..(((((((((((......)))))...))))))((((((((.((.((((((.((.(((.......))).)))))))).)).))))))))..... ( -35.20)
>DroYak_CAF1 14991 94 - 1
UCUGCAACUGCAUCUGCAACUGCAUCUGGUGCAGAUGGUGGACGGUGAUUAUCCCGAAUCUGGCUUUCCGGUAAUCGAUGGCCGCCAUCACUGG
........(((((((((....)))...))))))((((((((.((.((((((.((.(((.......))).)))))))).)).))))))))..... ( -33.10)
>consensus
UCUGCAUCUGCAUCUGCAACUGCAUCUGGUGCAGAUGGUGGACGGUGAUUAUCUCGAAUCUGGCUCUCCGGUAAUCGAUGGCCGCCAUCACUGG
.....((((((((((((....)))...)))))))))(((((.((((.((.....(((..((((....))))...))))).)))))))))..... (-32.70 = -32.90 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	24,803,688 – 24,803,787
Length	99
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.26
Mean single sequence MFE	-33.10
Consensus MFE	-23.64
Energy contribution	-24.44
Covariance contribution	0.80
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.38
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.81
SVM RNA-class probability	0.855480
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24803688 99 + 27905053
ACCAUCUGCACCAGAUGCACUUGCAGAUGCAGAUGCA------GUUGCAGAUGCAGU------UCCAGUUCACACAGCAGACGACAAUAUCAACUGCUGCAGUUGGCCAUG
.(((.((((......((((.((((((.(((....)))------.)))))).))))..------............(((((..((.....))..))))))))).)))..... ( -31.80)
>DroSec_CAF1 19947 97 + 1
ACCAUCUGCACCAGAUGCAGUUGCAGAUGCAGAUGCA------GUUGCAGAUGCAGU------UCCAGUUCA--CAGCAGACGACAAUAUCAACUGCUGCAGUUGGCUAUG
.(((.((((......((((.((((((.(((....)))------.)))))).))))..------.........--.(((((..((.....))..))))))))).)))..... ( -31.80)
>DroSim_CAF1 20086 103 + 1
ACCAUCUGCACCAGAUGCAGUUGCAGAUGCAGAUGCAGAUGCAUUUGCAGAUGCAGU------UCCAGUUCA--CAGCAGACGACAAUAUCAACUGCUGCAGUUGGCCAUG
.(((.((((......((.(..((((..(((((((((....)))))))))..))))..------).)).....--.(((((..((.....))..))))))))).)))..... ( -37.80)
>DroEre_CAF1 14657 109 + 1
ACCAUCUGCACCAGAUGCACUUGCAGAUGCAGAUGCAGAAGCAGUCGCAGAUGCAGUUGCAGAUGCAGUUCA--CAACAGACGACAAUAUCAGCUGCUGCAGUUUUCCAUG
...(((((((.....(((....)))..)))))))((((.(((.((((((..(((....)))..))).((...--..)).)))((.....)).))).))))........... ( -32.80)
>DroYak_CAF1 15046 103 + 1
ACCAUCUGCACCAGAUGCAGUUGCAGAUGCAGUUGCAGAUGCAGAUGCAGAUGCAGU------UCCAGUUCA--CAACAUACGACAAUAUCAACUGCUGCAGUUUGCCAUG
...(((((((.....((((..(((....)))..))))..)))))))((((((((((.------..(((((..--.................)))))))))).))))).... ( -31.31)
>consensus
ACCAUCUGCACCAGAUGCAGUUGCAGAUGCAGAUGCAGA_GCAGUUGCAGAUGCAGU______UCCAGUUCA__CAGCAGACGACAAUAUCAACUGCUGCAGUUGGCCAUG
..((((((((.....((((.((((....)))).))))........)))))))).....................((((((..((.....))..))))))............ (-23.64 = -24.44 +   0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	24,803,688 – 24,803,787
Length	99
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.26
Mean single sequence MFE	-37.96
Consensus MFE	-28.66
Energy contribution	-28.46
Covariance contribution	-0.20
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-3.10
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	2.16
SVM RNA-class probability	0.989412
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24803688 99 - 27905053
CAUGGCCAACUGCAGCAGUUGAUAUUGUCGUCUGCUGUGUGAACUGGA------ACUGCAUCUGCAAC------UGCAUCUGCAUCUGCAAGUGCAUCUGGUGCAGAUGGU
....((((.(((((((((.((((...)))).)))))......((..((------..((((..((((..------(((....)))..))))..))))))..)))))).)))) ( -39.40)
>DroSec_CAF1 19947 97 - 1
CAUAGCCAACUGCAGCAGUUGAUAUUGUCGUCUGCUG--UGAACUGGA------ACUGCAUCUGCAAC------UGCAUCUGCAUCUGCAACUGCAUCUGGUGCAGAUGGU
....((((.(((((((((.((((...)))).))))).--...((..((------..((((..((((..------(((....)))..))))..))))))..)))))).)))) ( -37.20)
>DroSim_CAF1 20086 103 - 1
CAUGGCCAACUGCAGCAGUUGAUAUUGUCGUCUGCUG--UGAACUGGA------ACUGCAUCUGCAAAUGCAUCUGCAUCUGCAUCUGCAACUGCAUCUGGUGCAGAUGGU
....((((.(((((((((.((((...)))).))))).--...((..((------..((((..((((.(((((........))))).))))..))))))..)))))).)))) ( -39.60)
>DroEre_CAF1 14657 109 - 1
CAUGGAAAACUGCAGCAGCUGAUAUUGUCGUCUGUUG--UGAACUGCAUCUGCAACUGCAUCUGCGACUGCUUCUGCAUCUGCAUCUGCAAGUGCAUCUGGUGCAGAUGGU
(((........(((((((.((((...)))).))))))--)...(((((((((((..((((..((((..(((....)))..))))..))))..))))...)))))))))).. ( -39.30)
>DroYak_CAF1 15046 103 - 1
CAUGGCAAACUGCAGCAGUUGAUAUUGUCGUAUGUUG--UGAACUGGA------ACUGCAUCUGCAUCUGCAUCUGCAACUGCAUCUGCAACUGCAUCUGGUGCAGAUGGU
....(((...((((((((((.(((...........))--).)))))..------.)))))..)))(((((((((((((..(((....)))..))))...)))))))))... ( -34.30)
>consensus
CAUGGCCAACUGCAGCAGUUGAUAUUGUCGUCUGCUG__UGAACUGGA______ACUGCAUCUGCAACUGC_UCUGCAUCUGCAUCUGCAACUGCAUCUGGUGCAGAUGGU
............((((((.((((...)))).)))))).....................((((((((........((((..(((....)))..)))).....)))))))).. (-28.66 = -28.46 +  -0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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