Locus 9316

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,781,529 – 24,781,637
Length 108
Max. P 0.584410
window14896

overview

Window 6

Location 24,781,529 – 24,781,637
Length 108
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.06
Mean single sequence MFE -32.77
Consensus MFE -23.95
Energy contribution -25.45
Covariance contribution 1.50
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.60
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.584410
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24781529 108 - 27905053
UGUGGUUUG----------GUUCGGGCCACGAUG--GCCAGGAUGAGUGUUUAGGUUUUCGGGAUUAUUUAAGCUUCAUUCUGGUGAGCUUAUGAUAUUUAAAGUGCUAGGCGUCACUCA
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>DroSec_CAF1 12629 108 - 1
UGUGGUUUG----------GUUCGGGCCAGGAUG--GUCAGGAUGAGUGUUUAGGUUUUCGGGAUUAUUUAAGCUUCAUUCUGGUGAGCUUAUGAUAUUUAAAGUGCUAGGCUUCACUCA
(.(((((((----------...))))))).)...--..(((((((((.((((((((..(....)..)))))))))))))))))(((((((((.(.(((.....))))))))).))))... ( -28.80)
>DroEre_CAF1 21641 118 - 1
UGUGGUUUGGCUGGGUUUGGUUCGGGCCAGGAUG--GUCAGGAUGACUGUUUAGGUUUUUGGCAUUAUUUAAGCUUCACUCUGGUGAGCUUAUGAUAUUUAAAGUGCUAGGCGUCACUCA
.....(((((((.((......)).)))))))...--....(..((((.((((((..((((((...((((((((((.(((....))))))))).)))).))))))..))))))))))..). ( -34.00)
>DroYak_CAF1 13256 120 - 1
UGUGGUUUGGUUGGGUUUGAUUCGGGCCAGGAUGAUGUCAGGAUGACUGUUUAGGUUUUCGGUAUUAUUUAAGCUUCAUUCUGGUGAGCUUAUGAUAUUUAAAGUGCCAGGCGUCACUCA
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>consensus
UGUGGUUUG__________GUUCGGGCCAGGAUG__GUCAGGAUGACUGUUUAGGUUUUCGGGAUUAUUUAAGCUUCAUUCUGGUGAGCUUAUGAUAUUUAAAGUGCUAGGCGUCACUCA
..((((((((...........)))))))).........(((((((((.((((((((..........)))))))))))))))))(((((((((.(.(((.....))))))))).))))... (-23.95 = -25.45 +   1.50)

alignment

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secondary structure

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