Locus 9279

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>3R_DroMel_CAF1 24735833 117 + 27905053
CGAUCCGCAGAAGCCGUUGCUGCAGCAACAGCAGCAGCAACAAAGGAUCUGCUAUCCCAUAGGCAAAUCUAACUCUACCUCUCAGCUACCCAUGGGCGGCUAUCAGCGAUUGCUGCA
.(((((((....)).((((((((.((....)).))))))))...)))))((((........))))..................(((..((....))..)))..((((....)))).. ( -39.50)
>DroVir_CAF1 20994 111 + 1
CGAUCCGCAGAAGCCGCUAAUGCAGCAGCAA---CAGCAACAAAGGAUGGCCUAUCCCAUAGGCAAAUCCAACUCGACCUCUCAGUUGCCCAUGG---GCUAUCAACGUCUACUGCA
......((((..((.(((.....))).))..---..(((((...((((.((((((...))))))..)))).....((....)).)))))...(((---((.......))))))))). ( -31.30)
>DroPse_CAF1 10922 114 + 1
CGACCCGCAGAAGCCGUUGAUGCAACAACAGCAGCAGCAGC---GGAACUGCUAUCCCAUUGGAAAGUCGAAUUCUACCUCACAGCUACCGAUGGGUGGCUAUCAGCGAUUGUUGCA
((((..((((...((((((.(((..........))).))))---))..))))..(((....)))..)))).............(((((((....)))))))....((((...)))). ( -36.60)
>DroGri_CAF1 9572 108 + 1
CGAUCCGCAGAAGCCGCUGUUGCAGCAGCA------GCAGCAGAGGAUGGCAUAUCCAAUUGGCAAGUCCAAUUCUACCUCUCAGCUGCCCAUGG---GCUAUCAGCGACUGCUGCA
......((((.((.(((((..((..((...------((((((((((.(((.....)))(((((.....)))))....)))))..)))))...)).---))...))))).)).)))). ( -40.10)
>DroSec_CAF1 10400 117 + 1
CGAUCCGCAGAAGCCGUUGCUGCAGCAACAGCAGAAGCAACAAAGGCUCUGCUAUCCCAUAGGCAAAUCUAACUCUACCUCUCAGCUGCCCAUGGGCGGCUAUCAGCGAUUGCUGCA
......((((..((((((((....)))))((((((.((.......))))))))........)))...................(((((((....)))))))...........)))). ( -42.20)
>DroWil_CAF1 8866 108 + 1
CGAUCCGCAGAAACCAUUGCUGCAGCAGCAG---------GCACGGAUUUGUUAUCCCAUAGGCAAGUCAAAUUCUACCUCACAAUUGCCCAUGGCUGGAUAUCAGCGAUUGUUGCA
......((((.........)))).(((((((---------.(..((((.....))))(((.(((((...................))))).)))((((.....))))).))))))). ( -28.91)
>consensus
CGAUCCGCAGAAGCCGUUGCUGCAGCAACAG___CAGCAACAAAGGAUCUGCUAUCCCAUAGGCAAAUCCAACUCUACCUCUCAGCUGCCCAUGGG_GGCUAUCAGCGAUUGCUGCA
......((((..((((((((....)))))...............((((.....))))....)))....................((((...((((....)))))))).....)))). (-16.94 = -17.80 +   0.86) 

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Window 7

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>3R_DroMel_CAF1 24735833 117 - 27905053
UGCAGCAAUCGCUGAUAGCCGCCCAUGGGUAGCUGAGAGGUAGAGUUAGAUUUGCCUAUGGGAUAGCAGAUCCUUUGUUGCUGCUGCUGUUGCUGCAGCAACGGCUUCUGCGGAUCG
..((((....))))...((..(((((((((((((....)))...........))))))))))...)).(((((..(((((((((.((....)).)))))))))((....))))))). ( -51.90)
>DroVir_CAF1 20994 111 - 1
UGCAGUAGACGUUGAUAGC---CCAUGGGCAACUGAGAGGUCGAGUUGGAUUUGCCUAUGGGAUAGGCCAUCCUUUGUUGCUG---UUGCUGCUGCAUUAGCGGCUUCUGCGGAUCG
....(((((.(((.....(---((((((((((((....))((......)).)))))))))))...)))........(((((((---.(((....))).))))))).)))))...... ( -38.10)
>DroPse_CAF1 10922 114 - 1
UGCAACAAUCGCUGAUAGCCACCCAUCGGUAGCUGUGAGGUAGAAUUCGACUUUCCAAUGGGAUAGCAGUUCC---GCUGCUGCUGCUGUUGUUGCAUCAACGGCUUCUGCGGGUCG
(((((((((..((.(((((.(((....))).))))).))((((..........(((....)))((((((....---.)))))))))).)))))))))....(((((......))))) ( -39.10)
>DroGri_CAF1 9572 108 - 1
UGCAGCAGUCGCUGAUAGC---CCAUGGGCAGCUGAGAGGUAGAAUUGGACUUGCCAAUUGGAUAUGCCAUCCUCUGCUGC------UGCUGCUGCAACAGCGGCUUCUGCGGAUCG
.((((.((((((((.((((---.....((((((.((((((...((((((.....))))))((.....))..))))).).))------))))))))...)))))))).))))...... ( -45.50)
>DroSec_CAF1 10400 117 - 1
UGCAGCAAUCGCUGAUAGCCGCCCAUGGGCAGCUGAGAGGUAGAGUUAGAUUUGCCUAUGGGAUAGCAGAGCCUUUGUUGCUUCUGCUGUUGCUGCAGCAACGGCUUCUGCGGAUCG
..((((....))))....((.(((((((((((((....)))...........))))))))))...((((((((.(((((((....((....)).))))))).))).))))))).... ( -51.40)
>DroWil_CAF1 8866 108 - 1
UGCAACAAUCGCUGAUAUCCAGCCAUGGGCAAUUGUGAGGUAGAAUUUGACUUGCCUAUGGGAUAACAAAUCCGUGC---------CUGCUGCUGCAGCAAUGGUUUCUGCGGAUCG
.......(((((((.....))))(((((((((..((.((((...)))).))))))))))).))).....((((((((---------((((((...)))))..)))....)))))).. ( -32.40)
>consensus
UGCAGCAAUCGCUGAUAGCC_CCCAUGGGCAGCUGAGAGGUAGAAUUAGACUUGCCUAUGGGAUAGCAGAUCCUUUGUUGCUG___CUGCUGCUGCAGCAACGGCUUCUGCGGAUCG
(((((((((.((.....))...((((((((((((....)))...........)))))))))...........................)))))))))....(.((....)).).... (-24.38 = -24.17 +  -0.22) 

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