Locus 9264

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,692,285 – 24,692,393
Length 108
Max. P 0.973319
window14818

overview

Window 8

Location 24,692,285 – 24,692,393
Length 108
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.69
Mean single sequence MFE -34.29
Consensus MFE -24.53
Energy contribution -26.70
Covariance contribution 2.17
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.28
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 1.71
SVM RNA-class probability 0.973319
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24692285 108 - 27905053
AGCAUGGAUGCAUACAGUUUCAGAGUGAAGCCAGCCUCUGUGUAAUUCUCUGCCUGCAGGUGCAGGUUGUGCAGCUUGUAAAUGUAUCUGCAGGAU--U-----AAAAAUGAA----AU
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>DroVir_CAF1 16584 119 - 1
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>DroEre_CAF1 13739 104 - 1
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>DroWil_CAF1 15571 111 - 1
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>DroYak_CAF1 13876 108 - 1
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>DroAna_CAF1 13873 109 - 1
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>consensus
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.((((((((((......................))))))))))........(((((((((((((.....(((.....)))..)))))))))))))........................ (-24.53 = -26.70 +   2.17)

alignment

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