Locus 9241

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,644,535 – 24,644,655
Length 120
Max. P 0.596699
window14773

overview

Window 3

Location 24,644,535 – 24,644,655
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.89
Mean single sequence MFE -39.18
Consensus MFE -22.16
Energy contribution -21.27
Covariance contribution -0.89
Combinations/Pair 1.46
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.596699
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24644535 120 + 27905053
AGAUCUUUGUGGAGCGUGGUGAGGUCAAGGUGAUGGAUAAUCAUAAUGUAUCCACCGCUUGUGCAGAGAACCAGCUUAUCGCCCGUGGGCGAAAUCCUGCAGCGCAUCAGUCCACUGGCA
...((((((((.((.((((((.(((((..(((((.....)))))..)).))))))))))).))))))))...........(((.((((((((.....(((...))))).)))))).))). ( -42.00)
>DroVir_CAF1 5064 120 + 1
AAAUCCUUGUGUAAUGUGGUCAGAUCCAAGUGAUGCACGAUCAUAAUGUAACCGCUGCUGGUGCACAAGACAAGCUUAUCGCCAGCUGGUGAGAUGCGACAGCGCAUCAGACCACUGGCA
.....((((((((..(((((.(.((....(((((.....))))).)).).)))))......))))))))...........(((((.((((..((((((....))))))..))))))))). ( -42.30)
>DroGri_CAF1 3787 120 + 1
AGAUCCUUGUGCAAUGUAGUCAAGUCCAAGUGAUGGACGAUCAUAAUGUAACCGCUGCUGGUGCACAGAACCAAUUUGUCACCCGAUGGUGAGAUGCGGCAACGCAUCAGGCCGCUGGCA
.........((((.(((.(((..(((((.....)))))))).))).))))...(((((.((((.(((((.....)))))))))....(((..((((((....))))))..))))).))). ( -40.90)
>DroWil_CAF1 3761 120 + 1
AAAUCUUUGUGCAGGGUGGUCAAAUCCAAGUGAUGGAUAAUCAUAAUGUAACCACCGCUGGUACACAGAACCAAUUUAUCACCGGCUGGUGAGAUGCGGCAUCUCAUCAGUCCACUGGCA
...(((.(((((((((((((.........(((((.....)))))......)))))).)).))))).)))..............(((((((((((((...)))))))))))))........ ( -39.86)
>DroMoj_CAF1 3700 120 + 1
AGAUCCUUGUGUAAUGUCGUCAGAUCCAAGUGGUGCACAAUCAUAAUGUAACCACUGCUGGUGCACAAAACCAACUUAUCUCCAGCUGGUGAAAUUCGACAACGCAUUAGUCCACUGGCA
.(((...(((((..(((((......(((((((((..(((.......))).))))))(((((....................)))))))).......))))))))))...)))........ ( -30.27)
>DroAna_CAF1 4054 120 + 1
AGAUCGUUGUGUAAAGUGGUGAGGUCCAGAUGGUGUAUUAUCAUAAUGUAACCGCCACUGGUGCAGAGGACUAGCUUGUCCCCUGCUGGGGAAAUCCGACAACGCAUCAGGCCACUGGCG
.(((((((((....(((((((.(......((((((...)))))).......))))))))...((((.((((......)))).))))((((....)))))))))).)))..(((...))). ( -39.72)
>consensus
AGAUCCUUGUGUAAUGUGGUCAGAUCCAAGUGAUGGACAAUCAUAAUGUAACCACCGCUGGUGCACAGAACCAACUUAUCACCAGCUGGUGAAAUGCGACAACGCAUCAGUCCACUGGCA
......(((((((..(((((.........(((((.....))))).........)))))...)))))))..........(((((....)))))..............((((....)))).. (-22.16 = -21.27 +  -0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:29:38 2006