Locus 9238

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,634,765 – 24,634,869
Length 104
Max. P 0.948056
window14767

overview

Window 7

Location 24,634,765 – 24,634,869
Length 104
Sequences 6
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 69.41
Mean single sequence MFE -40.88
Consensus MFE -22.65
Energy contribution -22.72
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.60
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 1.38
SVM RNA-class probability 0.948056
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24634765 104 + 27905053
UUGAUUUGCGGCACAGCAGGA------AUGGG------CUCUAAGCUGGACUGCUGGGGUUGGCCCUGUUGCAGCAGCUGCGGUUUUUGCUGCAGUUGCUUCGGUGCUAGCUGCUU
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>DroPse_CAF1 128508 107 + 1
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>DroSec_CAF1 114884 104 + 1
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>DroSim_CAF1 117633 104 + 1
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>DroWil_CAF1 125849 101 + 1
UUAAUUUGCGGCAUCACUGUC------AGGGGAGUUUCUGCUACGUGGGGUAACUGGUUUUG---------AGAGGGUGGCGGUUUCUGUUGCAGUUGCUUGGGGGCCAGCUGCUU
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>DroPer_CAF1 108288 107 + 1
UUAAUAUGCGGCAGCGUGGGACAAGCGAUGGG------CUCCAUCAGGG---CCUGGAGUUGGGCUUGCUUCUGUGUCUGGGGCUUCUGCUGCAGCUGCUUGGGUGCCGGCUGUUU
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>consensus
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.......(((((...(((....................(((((.((......))))))).........(((.((((((((((((....)))))))))))).))))))..))))).. (-22.65 = -22.72 +   0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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