Locus 9233

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,617,762 – 24,617,880
Length 118
Max. P 0.672440
window14761

overview

Window 1

Location 24,617,762 – 24,617,880
Length 118
Sequences 5
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.61
Mean single sequence MFE -40.02
Consensus MFE -37.26
Energy contribution -36.54
Covariance contribution -0.72
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.20
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.672440
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24617762 118 - 27905053
GGGUGGCGGUGGGUGUCACGACGGUUCGUCCUUGCCGCGCGGUGGACAUGUGCAUAUUUCAUGACAAAAUUGCAUAUUUUAGCGCAAAGGCAAAGCCAAAAGCCAGCUACGUAUCCAU
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>DroSec_CAF1 102959 118 - 1
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>DroSim_CAF1 104870 118 - 1
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>DroEre_CAF1 109872 118 - 1
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>DroYak_CAF1 105157 118 - 1
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>consensus
GGGUGGCGGUGGGUGGCACGACGGUUCGUCCUUGCCGCGCGGUGGACAUGUGCAUAUUUCAUGACAAAAUUGCAUAUUUUAGCGCAAAGCCAAAGCCAAAAGCCAGCGACGUAUCCAU
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alignment

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secondary structure

Postscript

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