Locus 9217

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,566,740 – 24,566,843
Length 103
Max. P 0.593388
window14743

overview

Window 3

Location 24,566,740 – 24,566,843
Length 103
Sequences 6
Columns 103
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.48
Mean single sequence MFE -35.58
Consensus MFE -28.73
Energy contribution -28.70
Covariance contribution -0.03
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.593388
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24566740 103 + 27905053
UAUGAAGAAACGUGUGCGGUGUGGGAAUCGAAUAUUGCGCAUACGUCAUGUUGGCGGUGACAGUUGCAUGGCAGCCAAGCAACGUCAAACGGCCAACAGCCAG
......((...(((((((((((.........)))))))))))...)).(((((((.(((((.(((((.(((...))).))))))))..)).)))))))..... ( -38.80)
>DroSec_CAF1 65008 103 + 1
UAUGAGCAAACGCGUGCGGUGUGGGAAUCGAAUAUUGCGCAUACGUCAUGUUGGCGGUGACAGUUGCAUGGCAGCCAAGCAACGUCAGACGGCCAACAGCCAG
..((.((......(((((((((.........)))))))))........(((((((.(((((.(((((.(((...))).))))))))..)).))))))))))). ( -38.20)
>DroSim_CAF1 67181 103 + 1
UAUGAACAAACGCGUGCGGUGUGGGAAUCGAAUAUUGCGCAUACGUCAUGUUGGCGGUGACAGUUGCAUGGCAGCCAAGCAACGUCAGACGGCCAACAGCCAG
...........(((((((((((.........)))))))))........(((((((.(((((.(((((.(((...))).))))))))..)).)))))))))... ( -37.10)
>DroEre_CAF1 69609 103 + 1
UAUGAGCAAGGGCGUGCGGUGUGGGAAUCGAAUAUUGCGCAUACGUCAUGUUGCCGUUGACAGUUGCAUGGCAGCCAAGCAACGUCAGACGGCCAACAGCCAG
..........((((((((((((.........)))))))))........(((((((((((((.(((((.(((...))).))))))))).)))).)))))))).. ( -40.70)
>DroYak_CAF1 66389 103 + 1
UAUGUACCAACGUGUGCGAUGUGGAAAUCGAAUAUUGCGCAUACGUCAUGUUGCCGGUGACAUUUGCAUGGCAGCCAAGCAACGUCAGACGGCUAACAGCCAG
...........(((((((((((.........)))))))))))......((((((((.((((..((((.(((...))).)))).))))..)))).))))..... ( -32.80)
>DroAna_CAF1 67340 94 + 1
---------AUGUGUGUGAGGUGGAAAUCGAAUAUCGCGCAUACGUCAUGUAGGUUGUGACAGUUGCAUGGCAGCAAAGCAACGUCAGACAGUUAACAGCCAG
---------.(((((((((..(.(....).)...))))))))).(((.((.(.(((((....(((((...)))))...))))).))))))............. ( -25.90)
>consensus
UAUGAACAAACGCGUGCGGUGUGGGAAUCGAAUAUUGCGCAUACGUCAUGUUGGCGGUGACAGUUGCAUGGCAGCCAAGCAACGUCAGACGGCCAACAGCCAG
...........(((((((((((.........)))))))))........(((((((.(((((.(((((.(((...))).)))))))))..).)))))))))... (-28.73 = -28.70 +  -0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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