Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 24,566,529 – 24,566,649 |
Length | 120 |
Max. P | 0.507031 |
Location | 24,566,529 – 24,566,649 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.28 |
Mean single sequence MFE | -44.18 |
Consensus MFE | -23.39 |
Energy contribution | -23.50 |
Covariance contribution | 0.11 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -2.13 |
Structure conservation index | 0.53 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.507031 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 24566529 120 - 27905053 GACUUCCUUGGUCCGCGCACCUACCAGGUCACCUUCUUCAUCAGCUCCUACCUGCUGCCCCUGAUGAUCAUCAGCGGUCUCUACAUGCGCAUGAUCAUGCGGCUCUGGCGCCAGGGAACC ...(((((((((((((((......((((.............((((........))))..))))((((((((..(((((....)).)))..)))))))))))....))).))))))))).. ( -36.06) >DroVir_CAF1 62425 120 - 1 GAUGUCCUUGAUCUGAGCACCUUUCAGGUGAGCUUCUUCAUAAGCUCGUAUCUGCUGCCCCUGAUGGUCAUCAGUGGAUUGUAUGUGCGCAUGAUAAUGCGGCUCUGGCAUCAGGGCACA ..(((((((((((((((((((.....)))((((((......))))))((((.(((..((.(((((....))))).))...))).))))((((....)))).)))).)).))))))).))) ( -44.80) >DroPse_CAF1 74588 120 - 1 GAUCUGCUGGAUGCCAGCACCUUCCAGCUGAGCUUCUUCAUCAGCACGUAUCUGCUGCCCCUGAUGAUCAUCAGUGGACUGUAUGUGCGCAUGAUCACGCGUCUCUGGCGACAGGGCAGC (((((((((((.((((((........)))).)).)).....))))).).))).(((((((.((.(((((((..(((.((.....)).))))))))))(((.......))).))))))))) ( -44.80) >DroGri_CAF1 78328 120 - 1 GAUUUGCUCGAUUGGCUCACCUUCCAGGUGAGCUUCUUCAUUAGCUCCUAUCUGCUGCCACUGAUGGUCAUCAGUGGAUUGUACGUGCGCAUGAUCAUGCGCCUCUGGCGGCAGGGAAGC .........((..((((((((.....))))))))...))....(((((...((((((((((((((....)))))).........(.((((((....)))))))...)))))))))).))) ( -50.10) >DroMoj_CAF1 82481 120 - 1 GAAGUCCUCGAGCAGAGCACCUUCCAGGUGAGCUUCUUCAUCAGCUCCUACCUGCUGCCCCUGAUGGUCAUCAGCGGGCUGUACGUGCGCAUGAUCAUGCGCCUCUGGCACCAGGGCACC ...(((((.(.((((((.......((((((((((........)))))..)))))..(((((((((....))))).)))).......((((((....)))))))))).)).).)))))... ( -48.20) >DroAna_CAF1 67119 120 - 1 GAGCUGCUUAGCCCACGCUCCUUCCAGAUAUCCUUCUUCGUCAGCUCCUACCUGCUGCCGCUGAUGAUCAUCAGUGGGCUGUACGUUCGUAUGAUAAUGCGCCUGUGGCACCAGGGCAGC ..(((((.((((((((.........(((......)))((((((((..(........)..))))))))......))))))))......(((((....)))))((((......))))))))) ( -41.10) >consensus GAUCUCCUUGAUCCGAGCACCUUCCAGGUGAGCUUCUUCAUCAGCUCCUACCUGCUGCCCCUGAUGAUCAUCAGUGGACUGUACGUGCGCAUGAUCAUGCGCCUCUGGCACCAGGGCACC ................((.(((.(((((.............((((........))))((.(((((....))))).))..........(((((....)))))..)))))....)))))... (-23.39 = -23.50 + 0.11)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:29:10 2006