Locus 9207

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	24,546,539 – 24,546,698
Length	159
Max. P	0.975449

overview

Window 5

Location	24,546,539 – 24,546,658
Length	119
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.94
Mean single sequence MFE	-37.57
Consensus MFE	-22.93
Energy contribution	-24.40
Covariance contribution	1.47
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.11
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.77
SVM RNA-class probability	0.845462
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24546539 119 + 27905053
UUCCACCAUCAUCCACCGACAGCUAAUCAAAUUCGCCACCCAGCAUGCCGAUGCCCCGCAGCAGCAGAAGCAACUAAUGCUGCUGCUCCUGGAGAUCCAGUCGGAGCCGAAGCUGCAAC
.................(.(((((..((......((......))...((((......(((((((((..((...))..)))))))))..((((....))))))))....))))))))... ( -35.40)
>DroVir_CAF1 39656 111 + 1
UUGUGCC--------UUCACAGCUAAUCAAAUUUGCCACACAACACGCGGAGGCACCGCAACAGCAACAACAGCUGAUGCGACUGCUGCUCGAGAUUCAAUCGGAGGCCAAGCUGCAGC
(((.(((--------(((.((((..........((((.(.(.....).)..)))).((((.((((.......)))).))))...))))...((.......)))))))))))........ ( -32.40)
>DroPse_CAF1 53210 111 + 1
UCCGCC-------C-CCAACAGCUAAUCAAAUUUGCCACCCAGCAUGCGGAUGCUCCUCAGCAGCAGAAGCAACUGAUGCUCCUGCUGCUGGAGAUCCAGUCGGAGCCGAAGCUGAAUC
......-------.-....(((((.(((.....(((......)))....)))(((((((((((((((.((((.....)))).)))))))))).(((...))))))))...))))).... ( -41.40)
>DroMoj_CAF1 57643 111 + 1
UUGUGCC--------UCCGCAGCUAAUCAAAUUUGCCACGCAGCACGCUGAUGCGCCGCAGCAGCAGCAGCAGCUGAUGCGGCUGCUGCUCGAGAUUCCAUCGGAGGCCAAGCUGCAGC
(((.(((--------((((.....((((.....(((..((((.(.....).))))..)))((((((((.(((.....))).))))))))....))))....))))))))))........ ( -46.10)
>DroAna_CAF1 44895 111 + 1
UCCCGCC--------CAAACAGCUAAUCAAAUUCGCCACCCAGCACGAGGAUGCGCCUCAUCAGCAGAAGCAACUGAUGUUGCUGCUCCUAGAGAUUCAGUCGGAGCCGAAGCUGAACC
.......--------....(((((((((......((......))...((((.((((..((((((.........))))))..)).))))))...))))...(((....)))))))).... ( -28.70)
>DroPer_CAF1 32604 112 + 1
UCCGCC-------CCCCAACAGCUAAUCAAAUUUGCCACCCAGCAUGCGGAUGCUCCUCAGCAGCAGAAGCAACUGAUGCUCCUGCUGCUGGAGAUCCAGUCGGAGCCGAAGCUGAAUC
......-------......(((((.(((.....(((......)))....)))(((((((((((((((.((((.....)))).)))))))))).(((...))))))))...))))).... ( -41.40)
>consensus
UCCCGCC________CCAACAGCUAAUCAAAUUUGCCACCCAGCACGCGGAUGCGCCGCAGCAGCAGAAGCAACUGAUGCUGCUGCUGCUGGAGAUCCAGUCGGAGCCGAAGCUGAAGC
...................(((((..((..................((((.....))))((((((((.((((.....)))).)))))))).))..(((....))).....))))).... (-22.93 = -24.40 +   1.47)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	24,546,539 – 24,546,658
Length	119
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.94
Mean single sequence MFE	-47.70
Consensus MFE	-28.47
Energy contribution	-29.42
Covariance contribution	0.95
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-2.42
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.05
SVM RNA-class probability	0.906241
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24546539 119 - 27905053
GUUGCAGCUUCGGCUCCGACUGGAUCUCCAGGAGCAGCAGCAUUAGUUGCUUCUGCUGCUGCGGGGCAUCGGCAUGCUGGGUGGCGAAUUUGAUUAGCUGUCGGUGGAUGAUGGUGGAA
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>DroVir_CAF1 39656 111 - 1
GCUGCAGCUUGGCCUCCGAUUGAAUCUCGAGCAGCAGUCGCAUCAGCUGUUGUUGCUGUUGCGGUGCCUCCGCGUGUUGUGUGGCAAAUUUGAUUAGCUGUGAA--------GGCACAA
(((((.((((((..((.....))...)))))).)))))((((.((((.......)))).))))((((((.((((.((((.....((....))..)))))))).)--------))))).. ( -39.80)
>DroPse_CAF1 53210 111 - 1
GAUUCAGCUUCGGCUCCGACUGGAUCUCCAGCAGCAGGAGCAUCAGUUGCUUCUGCUGCUGAGGAGCAUCCGCAUGCUGGGUGGCAAAUUUGAUUAGCUGUUGG-G-------GGCGGA
........((((.(((((((.(((((((((((((((((((((.....)))))))))))))..)))).))))...((((....)))).............)))))-)-------).)))) ( -53.40)
>DroMoj_CAF1 57643 111 - 1
GCUGCAGCUUGGCCUCCGAUGGAAUCUCGAGCAGCAGCCGCAUCAGCUGCUGCUGCUGCUGCGGCGCAUCAGCGUGCUGCGUGGCAAAUUUGAUUAGCUGCGGA--------GGCACAA
((((((((....((......)).......(((((((((.((....)).)))))))))))))))))((....))(((((.((..((...........))..))..--------))))).. ( -54.20)
>DroAna_CAF1 44895 111 - 1
GGUUCAGCUUCGGCUCCGACUGAAUCUCUAGGAGCAGCAACAUCAGUUGCUUCUGCUGAUGAGGCGCAUCCUCGUGCUGGGUGGCGAAUUUGAUUAGCUGUUUG--------GGCGGGA
.....(((....)))(((.(..(((....(((((((((.......)))))))))((((((.((.(((((((.......)))).)))...)).)))))).)))..--------).))).. ( -39.10)
>DroPer_CAF1 32604 112 - 1
GAUUCAGCUUCGGCUCCGACUGGAUCUCCAGCAGCAGGAGCAUCAGUUGCUUCUGCUGCUGAGGAGCAUCCGCAUGCUGGGUGGCAAAUUUGAUUAGCUGUUGGGG-------GGCGGA
(((((((..(((....))))))))))..((((((((((((((.....)))))))))))))).......(((((.(.((.((..((...........))..)).)).-------)))))) ( -52.20)
>consensus
GAUGCAGCUUCGGCUCCGACUGAAUCUCCAGCAGCAGCAGCAUCAGUUGCUUCUGCUGCUGAGGAGCAUCCGCAUGCUGGGUGGCAAAUUUGAUUAGCUGUUGG________GGCAGAA
....((((((((....)))...((((...(((((((((((((.....)))))))))))))((((.....)))).((((....)))).....)))))))))................... (-28.47 = -29.42 +   0.95)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	24,546,578 – 24,546,698
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.00
Mean single sequence MFE	-55.10
Consensus MFE	-28.18
Energy contribution	-30.63
Covariance contribution	2.45
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.70
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	0.96
SVM RNA-class probability	0.889531
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24546578 120 + 27905053
CCAGCAUGCCGAUGCCCCGCAGCAGCAGAAGCAACUAAUGCUGCUGCUCCUGGAGAUCCAGUCGGAGCCGAAGCUGCAACGUCUGCUCCGAAGUCUGGGCACCGAGCAUGAGGCAAAGCU
((..(((((((.(((((.(((((((((..((...))..)))))))))..((((....))))(((((((.((.(......).)).))))))).....))))).)).))))).))....... ( -54.10)
>DroVir_CAF1 39687 120 + 1
ACAACACGCGGAGGCACCGCAACAGCAACAACAGCUGAUGCGACUGCUGCUCGAGAUUCAAUCGGAGGCCAAGCUGCAGCGUUUGCUGCGCAGCUUGGGUCCUGUGCAGGAGGCUCGUCU
.......((((((....((((.((((.......)))).)))).)).)))).((((.(((...((.((((((((((((.(((.....))))))))))))..))).))...))).))))... ( -47.40)
>DroPse_CAF1 53241 120 + 1
CCAGCAUGCGGAUGCUCCUCAGCAGCAGAAGCAACUGAUGCUCCUGCUGCUGGAGAUCCAGUCGGAGCCGAAGCUGAAUCGCCUGCUGCGUAGCCUGGGCCCCGAGCAGGAGGCUCGUCU
.((((....((((.((((..((((((((.((((.....)))).))))))))))))))))..(((....))).))))....((((.((((...((....)).....)))).))))...... ( -56.70)
>DroMoj_CAF1 57674 120 + 1
GCAGCACGCUGAUGCGCCGCAGCAGCAGCAGCAGCUGAUGCGGCUGCUGCUCGAGAUUCCAUCGGAGGCCAAGCUGCAGCGUGUGCUGCGCAGCCUGGGCCCCGCGCAGGAAGCGCGCCU
...((.((((..(((((((.(((((((((.(((.....))).)))))))))))..........((.((((..(((((.(((.....))))))))...)))))))))))...)))).)).. ( -65.40)
>DroAna_CAF1 44926 120 + 1
CCAGCACGAGGAUGCGCCUCAUCAGCAGAAGCAACUGAUGUUGCUGCUCCUAGAGAUUCAGUCGGAGCCGAAGCUGAACCGGCUGCUCCGAAGCCUAGGGGCGGUACAAGAGGCUAAGAU
...(((......)))((((((((((.........)))))..((((((((((((.(......(((((((...(((((...))))))))))))..)))))))))))))...)))))...... ( -50.30)
>DroPer_CAF1 32636 120 + 1
CCAGCAUGCGGAUGCUCCUCAGCAGCAGAAGCAACUGAUGCUCCUGCUGCUGGAGAUCCAGUCGGAGCCGAAGCUGAAUCGCCUGCUGCGUAGCCUGGGCCCCGAGCAGGAGGCUCGUCU
.((((....((((.((((..((((((((.((((.....)))).))))))))))))))))..(((....))).))))....((((.((((...((....)).....)))).))))...... ( -56.70)
>consensus
CCAGCACGCGGAUGCGCCGCAGCAGCAGAAGCAACUGAUGCUGCUGCUGCUGGAGAUCCAGUCGGAGCCGAAGCUGAAGCGUCUGCUGCGAAGCCUGGGCCCCGAGCAGGAGGCUCGUCU
.((((..((((.....))))((((((((.((((.....)))).)))))))).....(((....)))......))))....((((.((((...((....)).....)))).))))...... (-28.18 = -30.63 +   2.45)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	24,546,578 – 24,546,698
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.00
Mean single sequence MFE	-58.60
Consensus MFE	-33.46
Energy contribution	-35.72
Covariance contribution	2.26
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-3.34
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	1.75
SVM RNA-class probability	0.975449
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24546578 120 - 27905053
AGCUUUGCCUCAUGCUCGGUGCCCAGACUUCGGAGCAGACGUUGCAGCUUCGGCUCCGACUGGAUCUCCAGGAGCAGCAGCAUUAGUUGCUUCUGCUGCUGCGGGGCAUCGGCAUGCUGG
.......((.(((((.((((((((.....(((((((.((.((....)).)).)))))))((((....))))..(((((((((..((...))..))))))))).)))))))))))))..)) ( -62.10)
>DroVir_CAF1 39687 120 - 1
AGACGAGCCUCCUGCACAGGACCCAAGCUGCGCAGCAAACGCUGCAGCUUGGCCUCCGAUUGAAUCUCGAGCAGCAGUCGCAUCAGCUGUUGUUGCUGUUGCGGUGCCUCCGCGUGUUGU
.((((.((.....((((.(((.(((((((((..(((....))))))))))))..))).............((((((((.(((........))).)))))))).))))....)).)))).. ( -47.00)
>DroPse_CAF1 53241 120 - 1
AGACGAGCCUCCUGCUCGGGGCCCAGGCUACGCAGCAGGCGAUUCAGCUUCGGCUCCGACUGGAUCUCCAGCAGCAGGAGCAUCAGUUGCUUCUGCUGCUGAGGAGCAUCCGCAUGCUGG
...(.(((....(((((((((((.(((((.(((.....)))....))))).))))))))..(((((((((((((((((((((.....)))))))))))))..)))).))))))).))).) ( -63.40)
>DroMoj_CAF1 57674 120 - 1
AGGCGCGCUUCCUGCGCGGGGCCCAGGCUGCGCAGCACACGCUGCAGCUUGGCCUCCGAUGGAAUCUCGAGCAGCAGCCGCAUCAGCUGCUGCUGCUGCUGCGGCGCAUCAGCGUGCUGC
.((((((((...(((((((((.(((((((((..(((....)))))))))))).))))..........(((((((((((.(((.....))).))))))))).)))))))..)))))))).. ( -71.10)
>DroAna_CAF1 44926 120 - 1
AUCUUAGCCUCUUGUACCGCCCCUAGGCUUCGGAGCAGCCGGUUCAGCUUCGGCUCCGACUGAAUCUCUAGGAGCAGCAACAUCAGUUGCUUCUGCUGAUGAGGCGCAUCCUCGUGCUGG
......(((((..(((..((.((((((.(((((.(.((((((.......)))))).)..))))).).))))).))((((((....))))))..)))....)))))((((....))))... ( -44.60)
>DroPer_CAF1 32636 120 - 1
AGACGAGCCUCCUGCUCGGGGCCCAGGCUACGCAGCAGGCGAUUCAGCUUCGGCUCCGACUGGAUCUCCAGCAGCAGGAGCAUCAGUUGCUUCUGCUGCUGAGGAGCAUCCGCAUGCUGG
...(.(((....(((((((((((.(((((.(((.....)))....))))).))))))))..(((((((((((((((((((((.....)))))))))))))..)))).))))))).))).) ( -63.40)
>consensus
AGACGAGCCUCCUGCUCGGGGCCCAGGCUACGCAGCAGACGAUGCAGCUUCGGCUCCGACUGAAUCUCCAGCAGCAGCAGCAUCAGUUGCUUCUGCUGCUGAGGAGCAUCCGCAUGCUGG
......((....(((((((((((.(((((.((.......))....))))).))))))...........((((((((((((((.....))))))))))))))..)))))...))....... (-33.46 = -35.72 +   2.26)

alignment

secondary structure

dotplot

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