Locus 9142

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,392,515 – 24,392,627
Length 112
Max. P 0.583434
window14627 window14628

overview

Window 7

Location 24,392,515 – 24,392,607
Length 92
Sequences 6
Columns 92
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.43
Mean single sequence MFE -28.02
Consensus MFE -17.27
Energy contribution -17.02
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.70
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.03
SVM RNA-class probability 0.548716
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24392515 92 - 27905053
CGUGGUCAACAUUCCGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAACCAAAUGUCAACGUCAGCGACGCGACGUUUGUCAUGUUGACUGU
.(..((((((((...(((((((.(((...(.....).)))..)))))))((((((((..((((...)))).))))))))..))))))))..) ( -30.30)
>DroVir_CAF1 206248 74 - 1
CGUGGUCAACAUU-CGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAGCCAAACGUCAGCGUCAGCGUU--AG---------------GCGA
((((((((((...-.)))))))))).....((.(((....))).)).(((.(((((........)))))--.)---------------)).. ( -25.60)
>DroGri_CAF1 201645 86 - 1
CGUGGUCAACAUU-CGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAGCCAAACGUCAGCGUCAGCUUC--AGCGUUAGUU---UUGGGUGA
((((((((((...-.))))))))))...(((.(((((((((......))...(((....)))..)))))--))))).....---........ ( -25.80)
>DroYak_CAF1 222947 92 - 1
CGUGGUCAACAUUCCGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAACCAAAUGUCAACGUCAGCGACGCGACGUUUGUCAUGUUGACUGU
.(..((((((((...(((((((.(((...(.....).)))..)))))))((((((((..((((...)))).))))))))..))))))))..) ( -30.30)
>DroMoj_CAF1 181678 76 - 1
CGUGGUCAACAUU-CGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAGCCAAACGUCAGCGUCAGCGUU--AGCG-------------GCCA
((((((((((...-.)))))))))).........(((((........)))...((..((((....))))--..))-------------.)). ( -25.80)
>DroAna_CAF1 218176 92 - 1
CGUGGUCAACAUUCCGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAACCAAAUGUCAACGUCAGCGACGCGACGUUUGUCAUGUUGACUGU
.(..((((((((...(((((((.(((...(.....).)))..)))))))((((((((..((((...)))).))))))))..))))))))..) ( -30.30)
>consensus
CGUGGUCAACAUU_CGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAACCAAACGUCAACGUCAGCGAC__AACGUUUGUC___UUGACUGA
((((((((((.....)))))))))).....(((...((((.............))))...)))............................. (-17.27 = -17.02 +  -0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 24,392,532 – 24,392,627
Length 95
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.70
Mean single sequence MFE -39.18
Consensus MFE -24.25
Energy contribution -24.00
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.63
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.583434
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24392532 95 - 27905053
-----------GUGGGC--------G-UGUGCGUGGUGGACGUGGUCAACAUUCCGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAACCAAAUGUCAACGUCAGCGACGCGACG-----
-----------...(((--------(-(.(..((.(((.(((((((((((.....))))))))))).))).))..).)))))............(((..((((...)))).))).----- ( -34.90)
>DroVir_CAF1 206252 88 - 1
------------UGGGU--------G--GUGCCUGCUGGACGUGGUCAACAUU-CGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAGCCAAACGUCAGCGUCAGCGUU--AG-------
------------((..(--------(--(((((((.((.(((((((((((...-.)))))))))))...)).)..))))))))..))((...(((....)))..))...--..------- ( -33.10)
>DroGri_CAF1 201659 101 - 1
GUGGGGGCUG-GCGGGU--------G--GUGCGUGGUGGACGUGGUCAACAUU-CGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAGCCAAACGUCAGCGUCAGCUUC--AGCG-----
...((.((((-(((..(--------(--((..((.(((.(((((((((((...-.))))))))))).))).))(((....)))....))))..))))))).)).((...--.)).----- ( -45.50)
>DroWil_CAF1 197342 109 - 1
-----------GGGGGUCGGUCCUGGUGGUGCGUGGUGGACGUGGUCAACAUUCCGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAACCAAACGUCAACGUCAGCAACGCGACGCGACG
-----------...(((.(((..(((((.(.(((.(((.(((((((((((.....))))))))))).))).)).).).)))))))).)))...((((..((((.((...)))))).)))) ( -41.50)
>DroMoj_CAF1 181682 98 - 1
G----CCCUGUGUGGGU--------G--GUGCGUGGUGGACGUGGUCAACAUU-CGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAGCCAAACGUCAGCGUCAGCGUU--AGCG-----
(----(((.....))))--------(--((((((.(((.(((((((((((...-.))))))))))).))).))....)))))...........((..((((....))))--..))----- ( -38.30)
>DroAna_CAF1 218193 101 - 1
G----GCGUG-GUGGGC--------G-UGUGCGUGGUGGACGUGGUCAACAUUCCGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAACCAAAUGUCAACGUCAGCGACGCGACG-----
.----((((.-((.(((--------(-(..((((..((((((((((((((.....)))))))))))....((.(((....))).))..))).))))..))))).)).))))....----- ( -41.80)
>consensus
___________GUGGGU________G__GUGCGUGGUGGACGUGGUCAACAUU_CGUUGAUUACGUAUACGACUGGGGCGCCAAUCAACCAAACGUCAACGUCAGCGAC__AACG_____
............................((((((..((((((((((((((.....)))))))))))....((.(((....))).))..))).))))..)).................... (-24.25 = -24.00 +  -0.25)

alignment

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secondary structure

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