Locus 9140

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,390,465 – 24,390,632
Length 167
Max. P 0.710467
window14623 window14624 window14625

overview

Window 3

Location 24,390,465 – 24,390,564
Length 99
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.65
Mean single sequence MFE -33.87
Consensus MFE -25.98
Energy contribution -26.57
Covariance contribution 0.59
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.710467
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24390465 99 + 27905053
------------------GCAACAGUGGCGUUGCACUAGCCGAAAGCUGUGCAAAUAUUUUAUGCAAAUGUCCGGGCCCCGUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUAC---GGCUA
------------------(((((......)))))..((((((...((((((((.........)))..(((.(((((..((((......)))).))))).))))))))....)---))))) ( -36.50)
>DroGri_CAF1 199219 80 + 1
------------------GCAGCCGCAGCGUUGCACUAUACGAAGGCUGUGCAAAUAUUUUAUGCAAAUGCCCGG-CCCCGUUAUUGCACGGACUCGCU---------------------
------------------((.((((...(((........)))..(((..((((.........))))...))))))-).((((......))))....)).--------------------- ( -21.30)
>DroSec_CAF1 212640 99 + 1
------------------GCAACAGUGGCGUUGCACUAGCCGAAAGCUGUGCAAAUAUUUUAUGCAAAUGUCCGGGCCCCGUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUAC---GGCUA
------------------(((((......)))))..((((((...((((((((.........)))..(((.(((((..((((......)))).))))).))))))))....)---))))) ( -36.50)
>DroSim_CAF1 221284 99 + 1
------------------GCAACAGUGGCGUUGCACUAGCCGAAAGCUGUGCAAAUAUUUUAUGCAAAUGUCCGGGCCCCGUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUAC---GGCUA
------------------(((((......)))))..((((((...((((((((.........)))..(((.(((((..((((......)))).))))).))))))))....)---))))) ( -36.50)
>DroEre_CAF1 227130 99 + 1
------------------GCAACAGUGGCGUUGCACUAGCCGAAAGCUGUGCAAAUAUUUUAUGCAAAUGUCCGGGCCCCGUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUAC---GGCUA
------------------(((((......)))))..((((((...((((((((.........)))..(((.(((((..((((......)))).))))).))))))))....)---))))) ( -36.50)
>DroYak_CAF1 220871 120 + 1
GCAAAAGCAACAGAAACAGCAACAGUGGCGUUGCACUAGCCGAAAGCUGUGCAAAUAUUUUAUGCAAAUGUCCGGGCCCCGUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUACUAUGGCUA
((....)).........(((...((((...((((((.((.(....)))))))))........(((..(((.(((((..((((......)))).))))).)))...))).))))...))). ( -35.90)
>consensus
__________________GCAACAGUGGCGUUGCACUAGCCGAAAGCUGUGCAAAUAUUUUAUGCAAAUGUCCGGGCCCCGUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUAC___GGCUA
..................(((((......)))))....((((...((..((((.........))))...))(((((..((((......)))).))))).....))))............. (-25.98 = -26.57 +   0.59)

alignment

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secondary structure

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Window 4

Location 24,390,465 – 24,390,564
Length 99
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.65
Mean single sequence MFE -34.55
Consensus MFE -24.71
Energy contribution -25.55
Covariance contribution 0.83
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.66
Structure conservation index 0.72
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.514350
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24390465 99 - 27905053
UAGCC---GUAUUGCCGUAUAGCCGGGUCCGUGCAAUGACGGGGCCCGGACAUUUGCAUAAAAUAUUUGCACAGCUUUCGGCUAGUGCAACGCCACUGUUGC------------------
(((((---(....((.((...(((((((((((......)).)))))))).)....(((.........))))).))...))))))..((((((....))))))------------------ ( -36.30)
>DroGri_CAF1 199219 80 - 1
---------------------AGCGAGUCCGUGCAAUAACGGGG-CCGGGCAUUUGCAUAAAAUAUUUGCACAGCCUUCGUAUAGUGCAACGCUGCGGCUGC------------------
---------------------.((....((((......))))((-((((((...((((.........))))..)))......(((((...))))))))))))------------------ ( -23.50)
>DroSec_CAF1 212640 99 - 1
UAGCC---GUAUUGCCGUAUAGCCGGGUCCGUGCAAUGACGGGGCCCGGACAUUUGCAUAAAAUAUUUGCACAGCUUUCGGCUAGUGCAACGCCACUGUUGC------------------
(((((---(....((.((...(((((((((((......)).)))))))).)....(((.........))))).))...))))))..((((((....))))))------------------ ( -36.30)
>DroSim_CAF1 221284 99 - 1
UAGCC---GUAUUGCCGUAUAGCCGGGUCCGUGCAAUGACGGGGCCCGGACAUUUGCAUAAAAUAUUUGCACAGCUUUCGGCUAGUGCAACGCCACUGUUGC------------------
(((((---(....((.((...(((((((((((......)).)))))))).)....(((.........))))).))...))))))..((((((....))))))------------------ ( -36.30)
>DroEre_CAF1 227130 99 - 1
UAGCC---GUAUUGCCGUAUAGCCGGGUCCGUGCAAUGACGGGGCCCGGACAUUUGCAUAAAAUAUUUGCACAGCUUUCGGCUAGUGCAACGCCACUGUUGC------------------
(((((---(....((.((...(((((((((((......)).)))))))).)....(((.........))))).))...))))))..((((((....))))))------------------ ( -36.30)
>DroYak_CAF1 220871 120 - 1
UAGCCAUAGUAUUGCCGUAUAGCCGGGUCCGUGCAAUGACGGGGCCCGGACAUUUGCAUAAAAUAUUUGCACAGCUUUCGGCUAGUGCAACGCCACUGUUGCUGUUUCUGUUGCUUUUGC
((((.(((((...((.(((...((((((((((......)).)))))))).....))).........(((((((((.....))).)))))).)).))))).))))................ ( -38.60)
>consensus
UAGCC___GUAUUGCCGUAUAGCCGGGUCCGUGCAAUGACGGGGCCCGGACAUUUGCAUAAAAUAUUUGCACAGCUUUCGGCUAGUGCAACGCCACUGUUGC__________________
......................((((((((((......)).))))))))......(((........(((((((((.....))).)))))).........))).................. (-24.71 = -25.55 +   0.83)

alignment

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secondary structure

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Window 5

Location 24,390,527 – 24,390,632
Length 105
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.08
Mean single sequence MFE -42.15
Consensus MFE -23.31
Energy contribution -23.44
Covariance contribution 0.13
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.25
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.542832
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24390527 105 + 27905053
GUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUAC---GGCUAUGGCUGUACGGUUCCGGCUAUACGGCUAUA----UGGCU--AUGGCUAUGGCUUUGGCUACUACGGUUGGGGCC
(((((.((.((((.((((((....)))..(((---(((....))))))))).))))(((....)))....----..)).--)))))...(((((..(((.....)))..))))) ( -41.20)
>DroSec_CAF1 212702 97 + 1
GUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUAC---GGCUACGGCUGUACGGCUCCGGC--------UAUA----UGGCU--ACGGCUACGGCUUUGGCUACUACGGUUCGGGCC
......((.((((((.((((....(((..(((---(((....))))))..)))..)))--------)...----(((((--(.(((....))).))))))....)))))).)). ( -40.90)
>DroSim_CAF1 221346 97 + 1
GUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUAC---GGCUACGGCUGUACGGCUCCGGC--------UAUA----UGGCU--ACGGCUACGGCUUUGGCUACUACGGUUGGGGCC
(((...((.((....)))).....)))..(((---(((....)))))).(((((((((--------..((----(((((--(.(((....))).)))))).))..))))))))) ( -45.00)
>DroEre_CAF1 227192 103 + 1
GUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUAC---GGCUAUGGCUGUACGGCUACGGCUA--CGGCU--A----CGGCUAUAUGGCUACGGCUUUGGCUACUACGGUUGGGGCC
((.((.((.((....)))).))))(((.(((.---.((..(((((((..(((....))))--)))))--)----..))..))).)))..(((((..(((.....)))..))))) ( -40.90)
>DroYak_CAF1 220951 108 + 1
GUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUACUAUGGCUAUGGCUGCACGGCUAUGGCUA--CGGCUAUA----CGGCUAUAUGGCUACGGCUUUGGCUACUACGGUUGGGGCC
(((........)))..(((((((..((.((((..(((((((((((....)))))))))))--..).))).----..))..)))))))..(((((..(((.....)))..))))) ( -43.10)
>DroAna_CAF1 215716 89 + 1
GUCAUUGCACGGACCCGGCUAU-------------GGCUAUGGCUAUA--GUUACGGC--------AAAAGCAUCGGCU--ACGGCUUUGGCUAUGGCUGCUAUGGUUGGGGCC
..........((.(((((((((-------------(((...(((((((--((((.(((--------...(((....)))--...))).))))))))))))))))))))))).)) ( -41.80)
>consensus
GUCAUUGCACGGACCCGGCUAUACGGCAAUAC___GGCUAUGGCUGUACGGCUACGGC________UAUA____CGGCU__ACGGCUACGGCUUUGGCUACUACGGUUGGGGCC
..........((.(((((((....(......)...(((((.((((((..((((..(((..................)))....)))))))))).))))).....))))))).)) (-23.31 = -23.44 +   0.13)

alignment

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