Locus 9133

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,378,111 – 24,378,216
Length 105
Max. P 0.560461
window14613

overview

Window 3

Location 24,378,111 – 24,378,216
Length 105
Sequences 6
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.31
Mean single sequence MFE -27.77
Consensus MFE -17.36
Energy contribution -17.12
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.37
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.05
SVM RNA-class probability 0.560461
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24378111 105 - 27905053
GGCU---UGGUG----GCUCAGCGAGCGACUUGCUAUGUACAUAUUUGUGCAGUUAUGUUCACAUUUGUACUGAUCAUAAUGUACACACACUCG----CACACGCACACAUCGAGC
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>DroSim_CAF1 209017 101 - 1
GGCU---UGGUG----GCUCAGCGAGCGACUUGCUAUGUACAUAUUUGUGCAGUUAUGUUCACAUUUGUACUGAUCAUAAUGUACACACA--------CACACGCACACGUCGAGC
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>DroEre_CAF1 214360 103 - 1
GGCU---UGGUG----GCUCAGCGAGCGACUUGCUAUGUACAUAUUUGUGCAGUUAUGUUCACAUUUGUACUGAUCAUAAUGUACACAC------ACACACACAUACACAUCGAGC
.(((---(((((----....((((((...)))))).((((((((((.((((((..(((....))))))))).)))....)))))))...------.............)))))))) ( -27.60)
>DroWil_CAF1 177113 86 - 1
GG-----UGGGC----GUGGAGCGAACGACUCGCUAUGUACAUAUUUGUGCAGUUAUGUUCACAUUUGUACUGAUCAUAAUGUACACACACUA---------------------GC
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>DroMoj_CAF1 164604 98 - 1
UGCUGGGAGGGC----GCUCAGCGAGCGACUUGCUGUGUACAUAUUUGUGCAGUUAUGUUCACAUUUGUACUGAUCAUAAUGUACACUCG--------CACACACACACA------
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>DroAna_CAF1 203324 113 - 1
GACU---CGACGUUGAGCGAGGCGAGCGACUUGCUAUGUACAUAUUUGUGCAGUUAUGUUCACAUUUGUACUGAUCAUAAUGUGCACACACACACACACACUCGCAUAUACGGAGC
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>consensus
GGCU___UGGUG____GCUCAGCGAGCGACUUGCUAUGUACAUAUUUGUGCAGUUAUGUUCACAUUUGUACUGAUCAUAAUGUACACACA________CACACGCACACAUCGAGC
....................((((((...)))))).((((((((((.((((((..(((....))))))))).)))....))))))).............................. (-17.36 = -17.12 +  -0.25)

alignment

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