Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,076,035 – 3,076,155 |
Length | 120 |
Max. P | 0.956011 |
Location | 3,076,035 – 3,076,155 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.33 |
Mean single sequence MFE | -41.50 |
Consensus MFE | -23.52 |
Energy contribution | -23.25 |
Covariance contribution | -0.27 |
Combinations/Pair | 1.50 |
Mean z-score | -2.50 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 1.46 |
SVM RNA-class probability | 0.956011 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3076035 120 + 27905053 UACACUGGUGCUCAUCGAUGGUACCUGGCCUCAGGCUAAAGCCAUUUACGCUAGCAGUCCGGCUCUACACCGCCUGCGACAGGUGAAACUCAUCGCCGUGGGUAUAAGUGACUACAUCAU ..((((.((((((((((((((((((((......(((....)))..........((((..(((.......))).))))..))))))....))))))..)))))))).)))).......... ( -41.00) >DroVir_CAF1 1997 120 + 1 UACUCUCGUGCUCAUUGACGGCACUUGGCCACAAGCGAAGGCUAUCUAUGCCAGCAGUCCGGCACUGCAUCGCUUGCGCCAAAUCAAACUAAUUGCGGUGGGCAUUAGCGAUUACAUUAU ..(.((.((((((((((.......(((((..(((((((.(((.......))).(((((.....))))).))))))).)))))..(((.....))))))))))))).)).).......... ( -40.90) >DroGri_CAF1 2236 120 + 1 UACGCUGGUGCUCAUUGACGGUACUUGGCCGCAGGCAAAGGCCAUCUAUGCCAGCAGUCCGGCACUGCACCGCCUGCGUCAGGUAAAGCUCAUUGCGGUGGGCAUUAGCGAUUAUAUUAU ..((((((((((((((.....((((((((.((((((...(((.......))).(((((.....)))))...))))))))))))))..((.....)))))))))))))))).......... ( -55.90) >DroWil_CAF1 9680 120 + 1 UACCUUAAUCCUAAUAGAUGGCACCUGGCCCCAGGCUAAGGCCAUCUAUGCCAGCAGUCCUGUUCUGCAUCGUCUCAAGCAGGUCAAGCUCAUUGCUGUUGGCAUCAGUGACUAUAUCAU ........((((.(((((((((.(.(((((...))))).))))))))))((((((.(.((((((.((........)))))))).).(((.....)))))))))...)).))......... ( -40.40) >DroMoj_CAF1 2009 120 + 1 UACCCUGGUGCUCAUUGACGGCACCUGGCCCCAAGCAAAGGCCAUCUAUGCUAGUAGUCCGGCACUGCAUCAACUGCGACAAGUCAAACUAAUUGCGGUGGGUGUGAGUGACUACAUUAU ......((((((.......))))))(((((.........))))).........((((((....((((((((.(((((((..((.....))..))))))).))))).)))))))))..... ( -39.00) >DroAna_CAF1 2048 120 + 1 CACGCUGCUACUUAUAGACGGCACUUGGCCGCAGGCCAAAGCCAUUUACGCCAGCAGUCCUGCUUUACAUCGCCUCCGUCAAGUUAAACUUAUUGCUGUGGGCAUAAGUGACUAUAUCAU (((((((((.....((((.(((..((((((...)))))).))).))))....)))))).............(((..((.(((..........))).))..)))....))).......... ( -31.80) >consensus UACCCUGGUGCUCAUUGACGGCACCUGGCCCCAGGCAAAGGCCAUCUAUGCCAGCAGUCCGGCACUGCAUCGCCUGCGACAAGUCAAACUCAUUGCGGUGGGCAUAAGUGACUACAUCAU ..(.((.((((((((((..(((.....))).(((((...(((.......))).((((.......))))...)))))...................)))))))))).)).).......... (-23.52 = -23.25 + -0.27)
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