Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 24,350,637 – 24,350,744 |
Length | 107 |
Max. P | 0.575924 |
Location | 24,350,637 – 24,350,744 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.26 |
Mean single sequence MFE | -40.67 |
Consensus MFE | -19.99 |
Energy contribution | -19.08 |
Covariance contribution | -0.91 |
Combinations/Pair | 1.64 |
Mean z-score | -1.76 |
Structure conservation index | 0.49 |
SVM decision value | 0.08 |
SVM RNA-class probability | 0.575924 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 24350637 107 - 27905053 UCGAUCGGAAGAUUGGGGCUUGCCGUCAGUUCUACUAUGGCAACUGUGGCGGCAAUGGCAAUCGCUUCGAGACAGAGAACGAUUGUCAGCAGCGUUGUCUUAGCCAA ((((((....))))))(((((((((.(((((((.....)).))))))))))((..(((((((((.(((........))))))))))))...))........)))).. ( -41.40) >DroVir_CAF1 158079 107 - 1 UUGAUAGGUCUAGUGGUGCUUGUCGCCAAUUUUACUAUGGUGGCUGCGGAGGCAAUGGCAACCGCUUCGAGACCGAAUCUGACUGUCUGCAGCGCUGUGGCAGACAG ..(((.((((((((((((((.(((((((.........)))))))(((....)))..))).))))))...)))))..)))...((((((((.((...)).)))))))) ( -42.10) >DroPse_CAF1 182209 107 - 1 UUGACGGAGAGAGCGGCGCGUGUCGCCAGUUCUACUAUGGCGGCUGUGCUGGCAACGGCAAUCGCUUUGAGACUGAGUCAGACUGCCAGGCGCGCUGUGUCAGCCCC .....((.....((((((((((((((((.........)))))))....((((((..(((....)))....(((...)))....))))))))))))))).....)).. ( -43.00) >DroEre_CAF1 184857 107 - 1 UCGAUCGGAAGACUGGCGCUUGCCGUCAGUUCUACUAUGGCAACUGUGGCGGCAAUGGCAAUCGUUUCGAGACAGAGAACGAUUGCCAGCAGCGUUGCCUUAGUCAG ....((....))(((((..(((((((.((.....)))))))))....((((((..(((((((((((((......))).)))))))))).....))))))...))))) ( -43.00) >DroYak_CAF1 178844 107 - 1 UUGAUCGGAAGGCUGGCUCUUGCCGUCAGUUCUACUAUGGCAAUUGUGGCGGCAAUGGCAAUCGUUUCGAGACAGAGAACGAUUGUCAGCAGCGUUGCCUCAGUCAG ..........(((((((..(((((((.((.....)))))))))..))((((((..(((((((((((((......))).)))))))))).....)))))).))))).. ( -41.00) >DroAna_CAF1 174650 107 - 1 UUGAGCGGGCCACUGGGGCUUGCCGUCAAUUCUAUUAUGGCGGUGCUGGCGGUAACGGCAAUCGCUUUGAGACGGAGUCAGAAUGCCAGGAGAAAUGUACUAGACAG ..(.(((((((.....))))))))((((.((((....(((((...(((((.....((.(((.....)))...))..)))))..)))))..)))).)).))....... ( -33.50) >consensus UUGAUCGGAAGACUGGCGCUUGCCGUCAGUUCUACUAUGGCAACUGUGGCGGCAAUGGCAAUCGCUUCGAGACAGAGAACGAUUGCCAGCAGCGUUGUCUCAGACAG ........((((.((((((((((((((((((((.....)).)))..))))))))..((((.((..(((......)))...)).))))...)))))))))))...... (-19.99 = -19.08 + -0.91)
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