Locus 9117

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	24,341,322 – 24,341,470
Length	148
Max. P	0.601627

overview

Window 8

Location	24,341,322 – 24,341,436
Length	114
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.37
Mean single sequence MFE	-37.68
Consensus MFE	-32.42
Energy contribution	-32.73
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.50
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	0.07
SVM RNA-class probability	0.567966
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24341322 114 - 27905053
GCGGCUGUACGGCGGUUAAACACUGGAUUGGAUCCGACCAGGAUCUGACUCCAUCCACUUACCCGUCUGUGGCUGCAGCUCAAUCAAACUGUUCCAAAUGUUGCGUGCCGCCAU
..(((...(((((((.(((....(((((..(((((.....)))))..).)))).....))).))).))))(((((((((....................)))))).)))))).. ( -39.65)
>DroSec_CAF1 163778 114 - 1
GCGGCUGUACGGCGGUUAAACUCUGGAUUGGAUCCGACCGGGAUCCGACUCCAUCCACUUACCCGUCUGUGGCUGCAGCUCAAUCAAACUGUUCCAAAUGUUGCGUGCCGCCAU
..(((...(((((((.(((....((((((((((((.....)))))))).)))).....))).))).))))(((((((((....................)))))).)))))).. ( -41.55)
>DroSim_CAF1 171646 114 - 1
GCGGCUGUACGGCGGUUAAACACUGGAUUGGAUCCGACCGGGAUCCGACUCCAUCCACUUACCCGUCUGUGGCUGCAGCUCAAUCAAACUGUUCCAAAUGUUGCGUGCCGCCAU
..(((...(((((((.(((....((((((((((((.....)))))))).)))).....))).))).))))(((((((((....................)))))).)))))).. ( -41.55)
>DroEre_CAF1 175333 114 - 1
GCGGCUGUACGGCGGUUAAACAUUGGAUUGGAUCCGACCAGGAGCCGACUUCAUCCACUUACCCGUCUGCGGCUGCAGCUCAAUCAAACUGUUCCAAAUGUUGCGUGCCGCCAU
..(((.(((.(((((.(((....((((((((.(((.....))).)))).)))).....))).))))))))(((((((((....................)))))).)))))).. ( -37.45)
>DroYak_CAF1 169340 114 - 1
GCGGCUGUACGGCGGUUAAACAUUGGAUUGGAUCCGACCAGGAUCCUACACCAUCCACUUACCCGUUUGCGGCUGCAGCUCAAUCAAACUGUUCCAAAUGUUGCGUGCCGCCAU
..(((.(((.(((((.(((....(((...((((((.....))))))....))).....))).))))))))(((((((((....................)))))).)))))).. ( -38.05)
>DroAna_CAF1 165250 93 - 1
GCC--GGGAUGGCGGUUAAAUAGUGAAUUGG-------------------UCGGCUACUCACCCGUUUGCGGUUGCAGCUCAAUCAAACUGCUCCAAAUGCUGCGUGCCGCCAU
...--...((((((((......(..(((.((-------------------(.((...)).))).)))..)....(((((....................)))))..)))))))) ( -27.85)
>consensus
GCGGCUGUACGGCGGUUAAACACUGGAUUGGAUCCGACCAGGAUCCGACUCCAUCCACUUACCCGUCUGCGGCUGCAGCUCAAUCAAACUGUUCCAAAUGUUGCGUGCCGCCAU
..........(((((.(((....((((((((((((.....)))))))).)))).....))).))))).(((((((((((....................)))))).)))))... (-32.42 = -32.73 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	24,341,362 – 24,341,470
Length	108
Sequences	5
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.53
Mean single sequence MFE	-36.30
Consensus MFE	-34.74
Energy contribution	-35.10
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.08
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	0.14
SVM RNA-class probability	0.601627
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24341362 108 - 27905053
GCAUACUGAUGCUAUCUCUCGAGCAGUUGUGCCCGCGGCUGUACGGCGGUUAAACACUGGAUUGGAUCCGACCAGGAUCUGACUCCAUCCACUUACCCGUCUGUGGCU
..........(((((.....(.((((((((....)))))))).)(((((.(((....(((((..(((((.....)))))..).)))).....))).))))).))))). ( -36.80)
>DroSec_CAF1 163818 102 - 1
G------GAUGCUAUCUCUCGAGCAGUUGUGCCCGCGGCUGUACGGCGGUUAAACUCUGGAUUGGAUCCGACCGGGAUCCGACUCCAUCCACUUACCCGUCUGUGGCU
.------...(((((.....(.((((((((....)))))))).)(((((.(((....((((((((((((.....)))))))).)))).....))).))))).))))). ( -38.70)
>DroSim_CAF1 171686 102 - 1
G------GAUGCUAUCUCUCGAGCAGUUGUGCCCGCGGCUGUACGGCGGUUAAACACUGGAUUGGAUCCGACCGGGAUCCGACUCCAUCCACUUACCCGUCUGUGGCU
.------...(((((.....(.((((((((....)))))))).)(((((.(((....((((((((((((.....)))))))).)))).....))).))))).))))). ( -38.70)
>DroEre_CAF1 175373 102 - 1
G------GAUGCUAUCUCUCGAGCAGUUGCGCCCGCGGCUGUACGGCGGUUAAACAUUGGAUUGGAUCCGACCAGGAGCCGACUUCAUCCACUUACCCGUCUGCGGCU
(------((((.......(((.((((((((....)))))))).)))(((((.....((((.(((....))))))).)))))....)))))......(((....))).. ( -34.60)
>DroYak_CAF1 169380 102 - 1
A------GAUGCUAUCUCUCGAGCAGUUGUGCCCGCGGCUGUACGGCGGUUAAACAUUGGAUUGGAUCCGACCAGGAUCCUACACCAUCCACUUACCCGUUUGCGGCU
.------...(((......((.((((((((....)))))))).))((((.(((....(((...((((((.....))))))....))).....))).))))....))). ( -32.70)
>consensus
G______GAUGCUAUCUCUCGAGCAGUUGUGCCCGCGGCUGUACGGCGGUUAAACACUGGAUUGGAUCCGACCAGGAUCCGACUCCAUCCACUUACCCGUCUGUGGCU
..........(((((.....(.((((((((....)))))))).)(((((.(((....((((((((((((.....)))))))).)))).....))).))))).))))). (-34.74 = -35.10 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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