Locus 9115

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,326,967 – 24,327,086
Length 119
Max. P 0.995841
window14585

overview

Window 5

Location 24,326,967 – 24,327,086
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.40
Mean single sequence MFE -39.28
Consensus MFE -36.65
Energy contribution -36.23
Covariance contribution -0.41
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 2.62
SVM RNA-class probability 0.995841
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24326967 119 + 27905053
GGACUCGAAGCGUCGCAUUUUUCCGCGUUUCUAUUUCAUAUCCACCGAUGAGCUGCUCUCCAUCCUGGGCAGCAGUGAGCCAUCUGCAGUGCAGAACCACAUCAUUAAGGUGGGUAUCG-
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>DroVir_CAF1 129305 119 + 1
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>DroGri_CAF1 130523 119 + 1
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......((((((.((........))))))))...((((.(((((((((((((((((((........))))))).(((.(...(((((...))))).)))).)))))..)))))))))))- ( -38.50)
>DroWil_CAF1 120202 120 + 1
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(((...((((((.((........))))))))...))).((((((((((((((((((((........))))))).(((.(...(((((...))))).)))).)))))..)))))))).... ( -39.80)
>DroMoj_CAF1 110046 119 + 1
GGACUCGAAGCGUCGCAUUUUCCCGCGUUUCUAUUUCAUAUCCACCGAUGAGCUACUCUCGAUUUUGGGCAGCAGCGAGCCAUCUGCAGUGCAGAACCACAUCAUUAAGGUGGGUCGAA-
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>DroAna_CAF1 150906 119 + 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

Postscript

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Postscript

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