Locus 9026

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 24,174,601 – 24,174,709
Length 108
Max. P 0.967483
window14459

overview

Window 9

Location 24,174,601 – 24,174,709
Length 108
Sequences 5
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.27
Mean single sequence MFE -37.18
Consensus MFE -31.12
Energy contribution -30.84
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.61
SVM RNA-class probability 0.967483
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24174601 108 + 27905053
ACGAUGCCGUGCGU--CGCUCGAGUGACACAGGCGUAAUUGAAUAGUUGUGGAUUUAAUUAUGCAAUUGUGG--CUCAAGUGGGCAA-ACGGACAGUCAAUUUGCCGAUGGCA
....((((((((.(--((((.((((.(((...((((((((((((........))))))))))))...))).)--))).)))))))..-.(((.(((.....)))))))))))) ( -42.10)
>DroSec_CAF1 15171 108 + 1
ACGAUGCCGUGCGU--CGCUCGAGUGACACAGGCGUAAUUGAAUAGUUGUGGAUUUGAUUAUGCAAUUGUGC--CUCAAGUGGGCAA-ACGGACAGUCAAUUUGCCGCUGGCC
.....((((.((..--((((.(((.(.((((.(((((((..(((........)))..)))))))...)))))--))).))))(((((-(..(.....)..)))))))))))). ( -39.40)
>DroSim_CAF1 15098 108 + 1
ACGAUGCCGUGCGU--CGCUCGAGUGACACAGGCGUAAUUGAAUAGUUGUGGAUUUGAUUAUGCAAUUGUGC--CUCAAGUGGGCAA-ACGCACAGUCAAUUUGCCGCUGGCC
.....(((((((((--.(((((..(((((((.(((((((..(((........)))..)))))))...)))).--.)))..)))))..-))))))(((.........)))))). ( -37.40)
>DroEre_CAF1 8500 108 + 1
ACGAUGCGGUGUGG--AACUGGAGUGACACAGACGUAAUUGAAUAGUUGUGGAUUUGAUUAUGCAAUUGUGC--CUCAAGUGGGCAA-GCGGACAGUCAAUUUGCCGCUGGCC
......((((....--.))))(((.(.(((((.((((((..(((........)))..))))))...))))))--))).....(((.(-((((.(((.....)))))))).))) ( -32.50)
>DroYak_CAF1 8818 113 + 1
ACGAGGCCGUGUGUCUCAUUGGAGUGACGCAGACAUAAUUGAAUAGUUGUGGAUUUGAUUAUGCAAUUGUGCCCCUCAAGUGGGCAAAACGGACAGUCAAUUUGCCGCUGGCC
....((((.((((((.(......).))))))(.((((((..(((........)))..))))))).....((((((....).)))))...(((.(((.....))))))..)))) ( -34.50)
>consensus
ACGAUGCCGUGCGU__CGCUCGAGUGACACAGGCGUAAUUGAAUAGUUGUGGAUUUGAUUAUGCAAUUGUGC__CUCAAGUGGGCAA_ACGGACAGUCAAUUUGCCGCUGGCC
.....((((.((....((((.(((...(((((((((((((((((........))))))))))))..)))))...))).))))(((((.((.....))....))))))))))). (-31.12 = -30.84 +  -0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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