Locus 8982

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	24,094,277 – 24,094,448
Length	171
Max. P	0.971634

overview

Window 6

Location	24,094,277 – 24,094,381
Length	104
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.41
Mean single sequence MFE	-26.33
Consensus MFE	-17.12
Energy contribution	-17.24
Covariance contribution	0.11
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.47
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	0.84
SVM RNA-class probability	0.864658
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24094277 104 - 27905053
CAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUUUUGGCUGUGUCGGCAGCAAAACAAUUAUUCGUUCCAUAC-------UUC-----A--UCGCCGAGCUGCGCUUUUCAUUCCU
..((((((((((((...)))))))))))).........((..(((..((((((..(((........)))......-------.((-----.--.....))))))).)....))).)). ( -26.00)
>DroPse_CAF1 300830 102 - 1
CAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UGACUGUGUGGGCAAUAAAACAAUUAUUCA-GCUACAC-------UUC-----C--ACACAAAGCUGCGCUUUCGACUCUU
..((((((((((((...))))))))))))......(-(((.((((((((((((((.....)))))..-)).....-------..)-----)--)))))((((...))))))))..... ( -27.01)
>DroSim_CAF1 281357 103 - 1
CAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UGGCUGUGUCGGCAGCAAAACAAUUAUUCGUGCCAUAC-------UUC-----A--UCGUCGAGCUGCGCUUUUCAUUCCU
..(((((.....))))).......((((..((((.(-(((((((....)))))....))).))))..))))....-------...-----.--..(..((((...))))..)...... ( -27.50)
>DroYak_CAF1 293876 108 - 1
CAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UGGCUGUGUCGGCUACAAAACAAUUAUUCCUGCCAUACUUCAUACUUC-----A--UCGCC--GCUGCGCUUUUCACUCCU
..((((((((((((...)))))))))))).......-.(((.((((.(((..................)))))))..........-----.--..((.--...))))).......... ( -25.17)
>DroAna_CAF1 290657 109 - 1
CAGUCCUUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UAGCUGUACGGGCAAUAAAACAAUUAUUCAUAGCAUAC-------UUUUCUGCACUGUGCUGAGCUGAGCU-UUGACUCUU
.(((((((((((((...)))))))))........((-((((((((((((.(((((.....))))))...(((...-------.....))).))))))..)))))))..-..))))... ( -25.30)
>DroPer_CAF1 302666 102 - 1
CAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UGACUGUGUGGGCAAUAAAACAAUUAUUCA-GCUACAC-------UUC-----C--ACACAAAGCUGCGCUUUCGACUCUU
..((((((((((((...))))))))))))......(-(((.((((((((((((((.....)))))..-)).....-------..)-----)--)))))((((...))))))))..... ( -27.01)
>consensus
CAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU_UGGCUGUGUCGGCAACAAAACAAUUAUUCAUGCCAUAC_______UUC_____A__UCGCCGAGCUGCGCUUUUCACUCCU
((((((((((((((...))))))))))...............((((.(((..................))))))).........................)))).............. (-17.12 = -17.24 +   0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	24,094,306 – 24,094,409
Length	103
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.87
Mean single sequence MFE	-32.38
Consensus MFE	-16.32
Energy contribution	-16.38
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.55
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	0.76
SVM RNA-class probability	0.842715
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24094306 103 + 27905053
---GUAUGGAACGAAUAAUUGUUUUGCUGCCGACACAGCCAAAAUAUUUAUGCCUAAUUGGGUGCCAAUUAGGCACUGCCGGCCACCACCUU--GU--GUAGAUC--------CCUGC
---(((.(((....((((.((((((((((......))).))))))).))))((((((((((...)))))))))).(((((((........))--).--)))).))--------).))) ( -30.60)
>DroPse_CAF1 300859 111 + 1
---GUGUAGC-UGAAUAAUUGUUUUAUUGCCCACACAGUCA-AAUAUUUAUGCCUAAUUGGGUGCCAAUUAGGCACUGCCGGUCUACACUUUCUGU--GUAGAUUUGGUAGGACUUUC
---((((.((-..(((((.....)))))))..))))((((.-........(((((((((((...)))))))))))((((((((((((((.....))--))))).)))))))))))... ( -43.20)
>DroEre_CAF1 295038 102 + 1
---GUAUGGCACGAAUAAUUGUUUUGUUGCCGACACAGCCA-AAUAUUUAUGCCUAAUUGGGUGCCAAUUAGGCACUGCCGGCCACCACUUU--GU--GUAGAUC--------CCGGC
---((.(((((((((.......)))).))))))).......-........(((((((((((...)))))))))))..(((((...(.((...--..--)).)...--------))))) ( -31.80)
>DroYak_CAF1 293907 105 + 1
GAAGUAUGGCAGGAAUAAUUGUUUUGUAGCCGACACAGCCA-AAUAUUUAUGCCUAAUUGGGUGCCAAUUAGGCACUGCUGGCCACCACUUU--GU--GUAGAUC--------CCUGC
(((((.((((.((.((((.....))))..))....((((..-........(((((((((((...)))))))))))..))))))))..)))))--..--((((...--------.)))) ( -30.30)
>DroAna_CAF1 290692 96 + 1
---GUAUGCUAUGAAUAAUUGUUUUAUUGCCCGUACAGCUA-AAUAUUUAUGCCUAAUUGGGUGCCAAUUAAGGACUGCCGGUCACCAUUUU--CUCAGUGG----------------
---((((((.(((((.......))))).))..)))).....-.........((((((((((...))))))).((....)))))..(((((..--...)))))---------------- ( -15.20)
>DroPer_CAF1 302695 111 + 1
---GUGUAGC-UGAAUAAUUGUUUUAUUGCCCACACAGUCA-AAUAUUUAUGCCUAAUUGGGUGCCAAUUAGGCACUGCCGGUCUACACUUUCUGU--GUAGAUUUGGUAGGACUUUC
---((((.((-..(((((.....)))))))..))))((((.-........(((((((((((...)))))))))))((((((((((((((.....))--))))).)))))))))))... ( -43.20)
>consensus
___GUAUGGCAUGAAUAAUUGUUUUAUUGCCCACACAGCCA_AAUAUUUAUGCCUAAUUGGGUGCCAAUUAGGCACUGCCGGCCACCACUUU__GU__GUAGAUC________CCUGC
..............((((.((((..((((......))))...)))).))))((((((((((...)))))))))).((((...................))))................ (-16.32 = -16.38 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	24,094,306 – 24,094,409
Length	103
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.87
Mean single sequence MFE	-32.85
Consensus MFE	-16.94
Energy contribution	-17.00
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-3.32
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	1.68
SVM RNA-class probability	0.971634
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24094306 103 - 27905053
GCAGG--------GAUCUAC--AC--AAGGUGGUGGCCGGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUUUUGGCUGUGUCGGCAGCAAAACAAUUAUUCGUUCCAUAC---
...((--------(((....--..--...((.((.(((((((((((((((((((...))))))))))))..............))))))).))...))........)))))....--- ( -33.76)
>DroPse_CAF1 300859 111 - 1
GAAAGUCCUACCAAAUCUAC--ACAGAAAGUGUAGACCGGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UGACUGUGUGGGCAAUAAAACAAUUAUUCA-GCUACAC---
...((((...((...(((((--((.....)))))))..))..((((((((((((...)))))))))))).......-.))))((((((..(((((.....)))))..-.))))))--- ( -35.00)
>DroEre_CAF1 295038 102 - 1
GCCGG--------GAUCUAC--AC--AAAGUGGUGGCCGGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UGGCUGUGUCGGCAACAAAACAAUUAUUCGUGCCAUAC---
(((((--------...((((--..--...))))...))))).((((((((((((...)))))))))))).......-(((((((...(....)...))).........))))...--- ( -36.50)
>DroYak_CAF1 293907 105 - 1
GCAGG--------GAUCUAC--AC--AAAGUGGUGGCCAGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UGGCUGUGUCGGCUACAAAACAAUUAUUCCUGCCAUACUUC
(((((--------(((...(--((--...)))((((((.(((((((((((((((...)))))))))).(((....)-)))))))...)))))).........))))))))........ ( -39.40)
>DroAna_CAF1 290692 96 - 1
----------------CCACUGAG--AAAAUGGUGACCGGCAGUCCUUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UAGCUGUACGGGCAAUAAAACAAUUAUUCAUAGCAUAC---
----------------.((((...--.....)))).((((((((.(((((((((...)))))))))..........-..))))).)))...........................--- ( -17.42)
>DroPer_CAF1 302695 111 - 1
GAAAGUCCUACCAAAUCUAC--ACAGAAAGUGUAGACCGGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UGACUGUGUGGGCAAUAAAACAAUUAUUCA-GCUACAC---
...((((...((...(((((--((.....)))))))..))..((((((((((((...)))))))))))).......-.))))((((((..(((((.....)))))..-.))))))--- ( -35.00)
>consensus
GCAGG________GAUCUAC__AC__AAAGUGGUGACCGGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU_UGGCUGUGUCGGCAACAAAACAAUUAUUCAUGCCAUAC___
..................................(.((.(((((((((((((((...))))))))))))..............))).)))............................ (-16.94 = -17.00 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	24,094,342 – 24,094,448
Length	106
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.36
Mean single sequence MFE	-32.45
Consensus MFE	-23.38
Energy contribution	-23.68
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-3.07
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.24
SVM RNA-class probability	0.650518
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24094342 106 - 27905053
UAAACAAAACAGCAU-GGGUGUAAUGGAAACGAAGGGUAUGCAGG--------GAUCUACAC--AAGGUGGUGGCCGGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUUUUG
...........((.(-((((((..((....))..((((((((..(--------(..((((..--...))))...)).))).))))).....))))))).....))............ ( -30.30)
>DroPse_CAF1 300894 106 - 1
UAAGUAAAAUGGAC----------CCGAAAGGAAAAGUAGGAAAGUCCUACCAAAUCUACACAGAAAGUGUAGACCGGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UG
((((((...(((..----------((....))....(((((.....)))))....(((((((.....))))))))))...((((((((((((...))))))))))))...))))-)) ( -38.50)
>DroSec_CAF1 281712 105 - 1
UAAACAAAACGGAAU-GGGUGUAAUGGAAACGAAGGGUAUGCAGG--------GAUCUACAC--AAAGUGGUGGCCGGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UG
..............(-((((((..((....))..((((((((..(--------(..((((..--...))))...)).))).))))).....)))))))................-.. ( -29.30)
>DroSim_CAF1 281422 105 - 1
UAAACAAAACGGCAU-GGGUGUAAUGGAAACGAAGGGUAUGCAGG--------GAUCUACAC--AAAGUGGUGGCCGGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UG
....((((.((((.(-((((.(........(....)........)--------.)))))(((--......)))))))...((((((((((((...)))))))))))).....))-)) ( -30.89)
>DroEre_CAF1 295074 105 - 1
UUAACAAAACGGCAU-GGGUGUAAUGGAAACGAAGGGUAUGCCGG--------GAUCUACAC--AAAGUGGUGGCCGGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UG
...........((.(-((((((..((....))..(((((((((((--------...((((..--...))))...)))))).))))).....))))))).....)).........-.. ( -35.90)
>DroYak_CAF1 293946 106 - 1
UAAACAAAACGGCAUUGGGUGUAAUGGGAACGAAGGGUAUGCAGG--------GAUCUACAC--AAAGUGGUGGCCAGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU-UG
...........(((((((((((..((....))..((((((((..(--------(..((((..--...))))...)).))).))))).....)))))))))...)).........-.. ( -29.80)
>consensus
UAAACAAAACGGCAU_GGGUGUAAUGGAAACGAAGGGUAUGCAGG________GAUCUACAC__AAAGUGGUGGCCGGCAGUGCCUAAUUGGCACCCAAUUAGGCAUAAAUAUU_UG
.........((((...........((....))........................((((.......))))..))))...((((((((((((...)))))))))))).......... (-23.38 = -23.68 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

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