Locus 8970

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	24,063,198 – 24,063,342
Length	144
Max. P	0.933770

overview

Window 6

Location	24,063,198 – 24,063,303
Length	105
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.47
Mean single sequence MFE	-43.47
Consensus MFE	-26.82
Energy contribution	-27.97
Covariance contribution	1.14
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-1.93
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	1.23
SVM RNA-class probability	0.933770
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24063198 105 - 27905053
GUGGCUGCCGCUGCACUGGCCAGCUGAGGUUGGGGCGGUACACUCUGCCAGGUGCCGGGCAGCUGGACGCCCAUUCUGAAGCGACAA--AGA-AUAUAGAGGGCAUAA
..(((((((.(.(((((..(((((....)))))(((((......))))).))))).))))))))....(((((((((..........--)))-)).....)))).... ( -44.70)
>DroVir_CAF1 280087 97 - 1
GCGGCGGCUGCUGCACUGGUUAGCUGCGGCUGUGGCGGGACACUCUGCCAAGUGCCUGGCAGCUGUACGCCCAUGCUAUUGGG--UGAAAUA-A---G-----AAUGG
...((((((((((((((...((((....))))(((((((....))))))))))))..))))))))).((((((......))))--)).....-.---.-----..... ( -44.20)
>DroSim_CAF1 256296 105 - 1
GUGGCUGCCGCUGCACUGGCCAGCUGGGGCUGGGGCGGCACACUCUGCCAGGUGCCGGGCAGCUGGACGCCCAUUCUGAAGCGAUAA--AGA-AUAGAGAGGGCAUAA
..(((((((.(.(((((..(((((....)))))(((((......))))).))))).))))))))....((((.(((((...(.....--.).-.))))).)))).... ( -49.10)
>DroEre_CAF1 269831 107 - 1
GUGGCUGCCGCUGCACUGGCCAGCUGGGGCUGGGGCGGCACACUCUGCCAGGUGCCAGGCAGCUGGACGCCCAUUCUGAAGUAGCAAAAAUA-AUAUGCAGGGCAUAA
..(((((((...(((((..(((((....)))))(((((......))))).)))))..)))))))....((((((......)).(((......-...))).)))).... ( -44.60)
>DroYak_CAF1 269385 105 - 1
GUGGCAGCCGCUGCACUGGCCAGCUGAGGCUGGGGCGGCACACUCUGCCAGGUGCCAGGCAGCUGGACGCCCAUUCUGAAGUGGCAA--ACA-AUGAACAGAACAUAA
(.(((..(((((((.(((((((((....)))).(((((......)))))....)))))))))).))..)))).(((((...((....--.))-.....)))))..... ( -43.10)
>DroPer_CAF1 278942 101 - 1
GUGCCUGCAGCGGCACCCGCCAAUUGCGGCUGUGCUGGGACACUCUGCCAGGUUCCCGGGAGCUGCACGCCCAUUCUGGAAAG-UAAAAAUAGCU------GAAAGAA
(.((.(((((((((((((((.....))))..)))))((((.(((......)))))))....)))))).)).).((((....((-(.......)))------...)))) ( -35.10)
>consensus
GUGGCUGCCGCUGCACUGGCCAGCUGAGGCUGGGGCGGCACACUCUGCCAGGUGCCAGGCAGCUGGACGCCCAUUCUGAAGCG_CAA__AUA_AUA_A_AGGGCAUAA
(.(((..(((((((.(((((((((....)))).(((((......)))))....)))))))))).))..)))).................................... (-26.82 = -27.97 +   1.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	24,063,223 – 24,063,342
Length	119
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.22
Mean single sequence MFE	-56.70
Consensus MFE	-30.77
Energy contribution	-30.72
Covariance contribution	-0.05
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-2.08
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.757176
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24063223 119 - 27905053
GGCAAUGCGCUGCCCACGCUCUGUGUGAUCUGCGGCGCAGUGGCUGCCGCUGCACUGGCCAGCUGAGGUUGGGGCGGUACACUCUGCCAGGUGCCGGGCAGCUGGACGCCCAUUCUGAA
(((..((((((((.(((((...)))))....))))))))..(((((((.(.(((((..(((((....)))))(((((......))))).))))).))))))))....)))......... ( -58.70)
>DroVir_CAF1 280104 119 - 1
GGCAGCGCGCCGCCAACGCUCUGAGUAAUCUGUGGCGCUGCGGCGGCUGCUGCACUGGUUAGCUGCGGCUGUGGCGGGACACUCUGCCAAGUGCCUGGCAGCUGUACGCCCAUGCUAUU
((((((.((((((...((((..((....))...))))..))))))))))))(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))...)))..)))))))...)))..))).... ( -62.40)
>DroGri_CAF1 237513 119 - 1
GGCAAGGCACCGCCGACGCUCUGUGUGAUCUGUGGUGCAGCAGCGGCCGCAGCGCUGGUCAACUGCGGCUGUGGCGGCACACUCUGCCAAGUGCCGGGCAGCUGCACACCCAUACUAUU
((....(((((((.(((((.....))).)).))))))).(((((.((((((((((.(.....).)).))))))))(((((..........))))).....)))))....))........ ( -54.90)
>DroWil_CAF1 309114 119 - 1
GGCAAUGCACUGCCCACACUCUGUGUUAUCUGUGGAGCAGUGCCAGCUGUGGCACUGGUCAGUUGGGCCUGCUGUGGCACACUUUGCCAGGUGCCAGGCAACUGAACGCCCAUUCUAAA
(((((.((((((((((((............))))).)))))))..((((..(((..((((.....)))))))..)))).....))))).((((.(((....)))..))))......... ( -50.80)
>DroMoj_CAF1 294055 119 - 1
GGCAGAGCCCCGCCCACGCUCUGCGUGAUCUGUGGCGCUGCAGCGGCCGCUGCGCUGGUCAGCUGCGCCUGCGGCGGCACACUCUGCCAAGUGCCCGGCAGCUGAACGCCCAUGCUAUU
(((((((..((((((((((...)))))....(((((((.(((((....)))))(((....))).))))).)))))))....)))))))....((..(((........)))...)).... ( -56.30)
>DroAna_CAF1 268054 119 - 1
GGCAGGGCACUGCCCACGCUCUGGGUGAUCUGAGGAGCGGCAGCUGCCGUAGCUCCCGCCAACUGCGGCUGAGGCGGUACGCUCUGCCAGGUUCCCGGCAACUGGACACCCAUUCUAAA
((((((((((((((..((((((.((....))..)))))).(((((((.((.((....))..)).))))))).))))))..)))))))).((((((.(....).))).)))......... ( -57.10)
>consensus
GGCAAGGCACCGCCCACGCUCUGUGUGAUCUGUGGCGCAGCAGCGGCCGCUGCACUGGUCAGCUGCGGCUGCGGCGGCACACUCUGCCAAGUGCCCGGCAGCUGAACGCCCAUUCUAAA
(((........)))..(((.....)))...((.((((...((((.(((...(((((((((......))))..(((((......))))).)))))..))).))))..))))))....... (-30.77 = -30.72 +  -0.05)

alignment

secondary structure

dotplot

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