| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 24,062,917 – 24,063,029 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.738972 |
| Location | 24,062,917 – 24,063,029 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.30 |
| Mean single sequence MFE | -60.02 |
| Consensus MFE | -37.53 |
| Energy contribution | -38.70 |
| Covariance contribution | 1.17 |
| Combinations/Pair | 1.42 |
| Mean z-score | -1.69 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| SVM decision value | 0.44 |
| SVM RNA-class probability | 0.738972 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 24062917 112 - 27905053 CUGUCCGGGCUGAAGGGCACUGGCGGGGGCUGCCGCCGGAUAUGUGGGUGCCGGCGGGUACCAGUAUCCGGCCACCUGCUGUCCGUAGGCAGCCGCUGCGGCCGCCGC---UGCC-- .(((((........)))))..(((((.(((.(((((.((((((...((((((....)))))).))))))(((..(((((.....)))))..)))...))))).))).)---))))-- ( -64.00) >DroVir_CAF1 279860 115 - 1 CUGGCCGGGCUGCAAGGCACUUGCCGGUGCCGCUGUGGGAUAUGUGGGUGCCGGUGGAUACCAGUAACCGGCCACUUGCUGCCCAUAGGCGGCUGCUGCUGCGGCCGCGGCAGCU-- .......((((((..((((((....)))))).(((((((....(..(((((((((...........))))).))))..)..)))))))((((((((....)))))))).))))))-- ( -66.10) >DroPse_CAF1 276949 114 - 1 NNNNCCCGGCUGCAGGGCGCUGGCCGGGGCCGCAGUGGGAUAUGUGGGUGCCGGUGGAUACCAGUAGCCGGCCACCUGCUGCCCGUAGGCAGCCGCUGCAGCUGCUGC---AGCCGC ......(((((((((.(.((((((....)))(((((((.....(..(((((((((..((....)).))))).))))..)((((....)))).))))))))))).))))---))))). ( -65.00) >DroWil_CAF1 308821 115 - 1 UUGGCCCGGCUGCAAGGUACUGGCCGGCGCUGCUGGGGGAUAUGUUGGAGCCUGUGGAUACCAAUAGCCGGCCACCUGCUGUCCAUAGGCAGCCGCUGCAGCGGCAGCAGCUGCG-- .(((((..(((....)))...)))))((((((((...............((((((((((......(((.((...)).))))))))))))).(((((....))))))))))).)).-- ( -52.60) >DroMoj_CAF1 293793 115 - 1 CUGGCCCGGCUGCAGGGCGCUGGCCGGUGCUGCAGUGGGAUAUGUGGGAGCUGGUGGAUACCAAUAGCCGGCCACUUGCUGCCCAUAGGCGGCAGCUGCUGCGGCUGCGGCGGCC-- ...(((((((((((((((..((((((((.(..((........))..)....((((....))))...))))))))..(((((((....)))))))))).))))))))).)))....-- ( -60.40) >DroPer_CAF1 278685 114 - 1 CUGACCCCGCUGCAGUGCGCUUGUCGUGGUCGCAGUGAGAUAUGUGGGUGCCGGUGGAUUCCAGUAGCCGGCCACCUGCCGCCCGUAGGCAGCCGCUGCAGCUGCUGC---AGGCGC ................((((((((.(..((.((((((......(..(((((((((..((....)).))))).))))..).(((....)))...)))))).))..).))---)))))) ( -52.00) >consensus CUGGCCCGGCUGCAGGGCACUGGCCGGGGCCGCAGUGGGAUAUGUGGGUGCCGGUGGAUACCAGUAGCCGGCCACCUGCUGCCCAUAGGCAGCCGCUGCAGCGGCUGC___AGCC__ ........((((((((((....)))..((((((..((((....(..(((((((((.(....)....))))).))))..)..))))...)))))).)))))))............... (-37.53 = -38.70 + 1.17)
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