Locus 8939

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 23,982,979 – 23,983,089
Length 110
Max. P 0.880600
window14332

overview

Window 2

Location 23,982,979 – 23,983,089
Length 110
Sequences 6
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.93
Mean single sequence MFE -26.63
Consensus MFE -26.79
Energy contribution -27.35
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -0.87
Structure conservation index 1.01
SVM decision value 0.91
SVM RNA-class probability 0.880600
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 23982979 110 + 27905053
GGGUGUGC--GUGU----GUGUUUGUGUUUGAGACUAACUUGAUGGCACAUCCUCCAUGGGGAUUUACAAGUGCUUAGUUCUAUGUCGCAAAAAAACGCUUUAAUAUUAUUAUACU
.((((((.--((((----((((((...((((.(((.((((....((((((((((.....)))))......))))).))))....))).)))).))))))....))))...)))))) ( -26.30)
>DroPse_CAF1 198647 109 + 1
GUGCGAGUGUG--U----GUGUUUGUAUUUGAGACUAACUUGAUGGCACAUCCUCUAUGGGGAUUUACAAGUGCUUAGUUCUAUGUCGCAAA-AAACGCUUUAAUAUUAUUAUAUU
.....(((((.--.----((((((...((((.(((.((((....((((((((((.....)))))......))))).))))....))).))))-))))))....)))))........ ( -23.90)
>DroSim_CAF1 180538 110 + 1
GGGUGUGC--GUGU----GUGUUUGUGUUUGAGACUAACUUGAUGGCACAUCCUCCAUGGGGAUUUACAAGUGCUUAGUUCUAUGUCGCAAAAAAACGCUUUAAUAUUAUUAUACU
.((((((.--((((----((((((...((((.(((.((((....((((((((((.....)))))......))))).))))....))).)))).))))))....))))...)))))) ( -26.30)
>DroEre_CAF1 193183 110 + 1
GGGUGUGC--GUGU----GUGUUUGUGUUUGAGACUAACUUGAUGGCACAUCCUCCAUGGGGAUUUACAAGUGCUUAGUUCUAUGUCGCAAAAAAACGCUUUAAUAUUAUUACACU
.((((((.--((((----((((((...((((.(((.((((....((((((((((.....)))))......))))).))))....))).)))).))))))....))))...)))))) ( -28.20)
>DroYak_CAF1 193991 114 + 1
GGGUGUGC--GUGUGUGUGUGUUUGUGUUUGAGACUAACUUGAUGGCACAUCCUCCAUGGGGAUUUACAAGUGCUUAGUUCUAUGUCGCAAAAAAACGCUUUAAUAUUAUUAUACU
.((((((.--..((((..((((((...((((.(((.((((....((((((((((.....)))))......))))).))))....))).)))).))))))....))))...)))))) ( -29.90)
>DroAna_CAF1 193324 110 + 1
ACGUGUCU--GUGU----GUGUUUGUGUUUGAGACUAACUUGAUGGCACAUCCUCCAUGGGGAUUUACAAGUGCUUAGUUCUAUGUCGCAAAAAAACGCUUUAAUAUUAUUAUACU
..((((..--((((----((((((...((((.(((.((((....((((((((((.....)))))......))))).))))....))).)))).))))))....))))....)))). ( -25.20)
>consensus
GGGUGUGC__GUGU____GUGUUUGUGUUUGAGACUAACUUGAUGGCACAUCCUCCAUGGGGAUUUACAAGUGCUUAGUUCUAUGUCGCAAAAAAACGCUUUAAUAUUAUUAUACU
..(((((...((((....((((((...((((.(((.((((....((((((((((.....)))))......))))).))))....))).)))).))))))....))))...))))). (-26.79 = -27.35 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:23:09 2006